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国家自然科学基金(10772042)

作品数：4 被引量：8H指数：2
相关作者：王希诚杨坤蒋华良李红霞康玲更多>>
相关机构：大连理工大学中国科学院更多>>
发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
相关领域：生物学一般工业技术自动化与计算机技术更多>>

文献类型

  • 4篇中文期刊文章

领域

  • 2篇生物学
  • 1篇自动化与计算...
  • 1篇一般工业技术

主题

  • 2篇遗传算法
  • 1篇蛋白
  • 1篇调蛋白
  • 1篇动力学
  • 1篇信息熵
  • 1篇血管
  • 1篇血管支架
  • 1篇优化设计
  • 1篇有限元
  • 1篇有限元分析
  • 1篇模拟方式
  • 1篇分子
  • 1篇分子动力学
  • 1篇分子对接
  • 1篇钙调蛋白
  • 1篇靶向
  • 1篇靶向分子
  • 1篇TMD
  • 1篇CMD
  • 1篇KRIGIN...

机构

  • 4篇大连理工大学
  • 2篇中国科学院

作者

  • 4篇王希诚
  • 2篇杨坤
  • 1篇赵晓宇
  • 1篇李洪林
  • 1篇蒋华良
  • 1篇李红霞
  • 1篇康玲

传媒

  • 2篇大连理工大学...
  • 1篇哈尔滨工业大...
  • 1篇计算力学学报

年份

  • 1篇2011
  • 2篇2010
  • 1篇2009
共 4 条 记 录，以下是 1-4
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排序方式：
一种采用知识打分函数的分子对接方法被引量：1
2010年
分子对接是计算机辅助药物分子优化设计的重要组成部分.引入了一种通过计算原子对间距离来评价结合自由能的知识打分函数,其构造方法与平均力势能函数相似.同时采用基于信息熵的多种群自适应遗传算法,形成一种新型的分子对接程序KGAsDock.给出与著名的分子对接程序DOCK6.1的对接结果比较,数值实验表明,该算法在不降低计算效率的前提下,提高了对接的精度.
王希诚赵晓宇康玲李洪林
关键词：分子对接遗传算法
钙调蛋白构象变化路径被引量：4
2009年
根据已发现的钙调蛋白(CaM)打开和闭合两种不同的构象,研究了拮抗剂对构象变化的影响以及CaM全局构象变化路径.首先,进行了含拮抗剂和不含拮抗剂的两种常规分子动力学模拟,结果表明:CaM在独立存在时具有从闭合状态开启的趋势,它的构象动态变化推动了CaM变构功能的实现;拮抗剂具有将CaM的构象变化"锁住"在闭合状态的功能,有利于CaM控制一些激酶和磷酸酶的活性.在此基础上,进一步用靶向分子动力学模拟了CaM从闭合到打开的构象变化过程,得到一条稳定的变化路径和4个可能的过渡态构象.
杨坤张健蒋华良朱维良王希诚
一种基于路径优化的非平衡自由能预测方法
2010年
提出一种基于路径优化的非平衡自由能预测方法。首先,通过建立蛋白质复合物解离的多目标优化模型找出一条能耗小、速度快的拉伸分子动力学SMD(Steered Molecular Dynamics)解离路径,然后,沿此路径计算解离自由能。与Jarzynski按平均力势PMF(Potentials of Mean Force)的外推方法相比,本文方法有较高的预测效率,数值算例也给出了与实验值比较的预测精度。通过拉伸分子动力学模拟还可以揭示小配体与蛋白质之间的解离全过程,为药物设计提供重要的结构信息。
杨坤王希诚
关键词：遗传算法信息熵
基于不同扩张模拟方式的支架优化设计被引量：3
2011年
为选取一种简洁而有效的支架扩张模拟方式,用于基于有限元分析的结果对支架进行优化设计,本文选用典型的菱形支架作为算例,采用目前两种常用的支架扩张模拟方式:球囊内施加内压和球囊内施加径向位移,利用与改进的拉丁抽样法相结合的Kriging替代模型优化算法,以减小支架扩张过程中的"Dogbon-ing"效应为目的,分别对支架进行了的优化设计,得到了这两种模拟方式下的优化结果.数据结果表明,基于球囊内施加内压模拟分析的优化结果更符合现有的设计理念.
李红霞王希诚
关键词：血管支架有限元分析
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