国家自然科学基金(81160383)
- 作品数：2 被引量：4H指数：1
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- 相关领域：理学化学工程更多>>
- 基质金属蛋白酶S'_1结合袋的分子动力学模拟被引量：1
- 2013年
- 研究基质金属蛋白酶(MMPs)的S'1结合袋的分子动力学特点,并从分子水平上研究其对于设计特异性抑制剂的结构特点。对去除抑制剂后的MMP-7、MMP-2和MMP-3原酶进行长时间分子动力学模拟。结果显示,MMP-7和MMP-2的S'1结合袋处于关闭状态,而MMP-3的S'1结合袋处于半关闭状态,说明S'1结合袋环区的柔性在结合抑制剂时发挥了重要作用。
- 涂国刚王嘉琦熊胜涛匡滨海李少华
- 关键词：基质金属蛋白酶分子动力学
- MMP-26的同源模建及S_1'结合袋的结构特点被引量：3
- 2014年
- 以基质金属蛋白酶-12(MMP-12)的晶体结构为模板,采用同源模建方法构建了基质金属蛋白酶-26(MMP-26)的三维结构,并阐明了其S1'结合袋的结构特点,MMP-26中His233残基插入S1'结合袋,限制了S1'结合袋的深度,符合中袋MMPs的特点,因此MMP-26属于中袋MMPs.在此基础上,研究了抑制剂GM6001与MMP-26的相互作用模式,发现GM6001中异羟肟酸结构的羰基氧和羟基氧与催化锌离子发生双齿配位,符合异羟肟酸类MMPs抑制剂的配位特点.
- 涂国刚刘超廖一静熊胜涛李少华
- 关键词：基质金属蛋白酶-26同源模建分子对接
