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并行计算在MOEA/D-EGO算法中的应用: 2014年; 在MOEA/D-EGO算法中,当建模样本点集合元素太多和种群规模较大时,会导致算法运行时间过长.为了减少MOEA/D-EGO算法的运行时间,文章对MOEA/D-EGO算法的建模过程和种群优化过程同时并行化.在综合考虑实验条件限制的情况下,使用了基于主从式的并行模型,模型在充分考虑计算机资源的使用效率与负载均衡等因素下,增加了主进程的任务,主进程不仅需要为子进程分配计算任务、分发数据、进行算法配置、收集子进程返回的计算结果,还需要参与子进程的任务,完成与子进程相当量的计算任务.实验结果表明文章的并行MOEA/D-EGO算法能有效求解多目标优化问题,且能够大幅缩短算法运行时间.; 马永格吴钊; 关键词：并行计算

草鱼CD81基因的克隆及功能分析被引量：1: 2015年; 为研究白细胞表面分化抗原81(CD81)的功能,对草鱼CD81进行了克隆,CD81全长共1376 bp,其中5′非翻译区87 bp,3′非翻译区581 bp,开放阅读框为708 bp,包括8个外显子,7个内含子,编码235个氨基酸。实验采用实时荧光定量PCR的方法检测了CD81在健康草鱼不同组织中的表达情况及草鱼出血病病毒(GCRV)攻毒前后的表达变化情况。结果显示草鱼CD81在所有被检测组织中均有表达,在头肾中表达量最高。在GCRV攻毒前后草鱼鳃、脾、肝、肠及头肾5个组织中的CD81表达量均有明显变化。同时,采用绿色荧光蛋白(GFP)来示踪CD81的亚细胞表达部位,激光共聚焦显微镜显示,同人类一样,草鱼CD81定位于细胞膜上。; 李华英黄容杜富宽廖兰杰李勇明汪亚平; 关键词：草鱼 CD81 亚细胞定位

草鱼NF-κB2和IκBα基因的组织分布及对GCRV病毒感染的应答分析被引量：1: 2016年; NF-κB是具有多向性调节作用的蛋白质分子,NF-κB信号通路通过调控免疫相关基因的表达在鱼类先天性免疫中发挥重要作用,对该信号通路中2个关键信号分子NF-κB和IκB基因结构和表达模式研究非常重要。本文中,我们克隆了草鱼的NF-κB2和IκBα2个基因。氨基酸序列分析显示,NF-κB2含有1个RHD结构域、1个IPT结构域、6个ANKs结构域和1个Death结构域;IκB含有7个ANKs结构域。Real-time PCR分析发现,健康鱼体内NF-κB2在肝脏组织中表达量最高,IκBα在肾中表达量最高。GCRV病毒感染后,NF-κB2在肠中出现了显著的上调表达;IκBα在肝脏中产生了显著的下调表达,在肠中出现了小幅度的上调表达。说明NF-κB2和IκBα在病毒感染后的肝脏和肠中产生了主要的免疫应答,具体应答机制还有待进一步的研究。本研究结果为NF-κB2和IκBα在硬骨鱼类的抗病毒功能研究提供了重要线索。; 孙家贤郭富华黄容李勇明何利波廖兰杰汪亚平; 关键词：NF-ΚB IΚB 先天性免疫病毒感染

我国科学家解码草鱼全基因组序列: 2015年; 中国科学院水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心、中山大学等机构的研究人员,合作完成了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)基因组序列草图的绘制,相关研究成果于2015年5月4日在Nature Genetics期刊在线发表。草鱼是我国重要的淡水养殖鱼类,也是世界范围内最重要的淡水养殖品种之一,其产量约占全球淡水养殖总量的16%。; 胡景杰杜生明; 关键词：淡水养殖鱼类全基因组序列基因组序列草图 GENETICS 草食性全基因组

一种新型草鱼呼肠孤病毒人工感染方法被引量：3: 2016年; 研究从患病草鱼中新分离到一株草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV),对其进行了病毒纯化与电镜观察、基因组RT-PCR分型以及病毒量定量分析等,并在此基础上探索了一种新的病毒人工感染方法。取病鱼肌肉组织进行病毒纯化与电镜观察,观察到大量病毒粒子,直径在70—80 nm。病毒基因组RT-PCR扩增结果表明,该草鱼呼肠孤病毒新分离株属基因型Ⅱ型GCRV;通过绝对定量的方法,对病毒悬液的浓度进行了测定,为2.97×103 copy/μL。通过灌胃法,对3个组别的实验鱼分别感染不同浓度的病毒液,同时设置灌胃PBS的组别作为对照组。结果显示,3个实验组死亡率均在80%左右,而对照组仅出现一例死亡个体。实验组死亡个体体表发黑,腹部、鳍条基部以及鳃盖处均有明显的出血症状,为草鱼出血病的典型症状。随机选取死亡的个体进行RT-PCR检测,均能检测出Ⅱ型GCRV的条带。以上结果说明,灌胃法可以作为一种新的方法,用于草鱼的GCRV人工感染实验。; 褚鹏飞何利波汪浩陈庚李勇明黄容廖兰杰朱作言汪亚平; 关键词：草鱼呼肠孤病毒水产养殖 RT-PCR

草鱼免疫相关基因Prkrip1的克隆和表达分析: 2013年; 随着草鱼养殖规模的扩大,草鱼的病毒性疾病极大地影响着草鱼的产量。开展鱼类病毒免疫反应相关功能基因的研究意义重大。研究首先通过同源克隆的方法从草鱼中克隆到了一段Prkrip1基因的EST序列,进一步通过RACE、长片段PCR和Genome walking的方法获得了该基因的全长cDNA序列、基因组DNA序列和启动子区序列。氨基酸序列分析显示,Prkrip1含有3个核定位信号和一个双链RNA结合区,并具有与PKR结合的保守N端区;荧光报告基因的表达证实我们所克隆到的启动子区是有活性的,可用于后续该基因的转录调控分析;Real-time PCR分析发现,Prkrip1基因在草鱼的肝和血中表达量最高,GCRV感染后在大部分免疫组织中均上调表达,说明该基因确实与病毒感染相关。研究结果为Prkrip1基因在硬骨鱼类的功能研究提供了线索,也为鱼类天然免疫反应中调控PKR信号通路的系统研究提供了理论依据。; 董锋廖兰杰朱作言汪亚平; 关键词：PKR 克隆病毒感染

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