浙江省教委科研基金(20020821)
- 作品数：3 被引量：13H指数：2
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- 汉族人群caspase10基因中存在一个新的微卫星位点(英文)
- 2006年
- 目的检测汉族人群caspase10基因(CASP10)编码区外显子及剪接区域的多态性位点,研究CASP10基因与多基因复杂疾病的关联性。方法采用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)、变性高效液相色谱技术(denaturing high-performanceliquid chromatography,DHPLC)、直接测序及克隆测序技术检测CASP10基因第9外显子及其部分侧翼序列。结果CASP10基因第9外显子在本人群70例血样本中未检测到存在于其他人群中已知的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP),但初步发现在第8内含子中靠近第9外显子处存在连续重复的单核苷酸T,且T的数目在不同的个体中存在差异。测序分析显示该处为一单核苷酸重复序列,提示该位点为一单核苷酸重复微卫星位点。经比较现存的基因组数据库,先前未有类似报道。进一步采用高保真酶扩增及测序都证实同样结果。用DHPLC法检测了70例浙江汉族人群血样本,结果均呈杂合状态,暂命名为IVS8-13(T)n。结论我们的结果提示汉族人群中该位点为一杂合度较高的单核苷酸重复的微卫星位点。这一结果与NCBI的dbSNP数据库中公布的该位点为一缺失型的SNP不同,提示这一位点的遗传差异可能与种族相关。汉族人群CASP10基因中存在的这个微卫星的意义还有待于深入研究。
- 叶月芳周韧毛峥嵘张伟
- 关键词：微卫星汉族
- 浙江地区汉族人群caspase-8、-10基因四个单核苷酸多态性位点的单倍型研究被引量：4
- 2006年
- 目的分析汉族人群caspase-8、-10基因的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisins，SNPs）位点及其构成的单倍型，为研究caspase-8、-10基因与多基因复杂疾病的关联分析奠定基础。方法采用PCR、变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-10基因的第2．5外显子，caspase-8基因的第8-10外显子及其部分侧翼序列的多态性位点；分析配对位点的连锁不平衡关系，最大期望值法估算它们构成的单倍型。结果（1）caspase-10基因的第2、5外显子分别检出一个SNP位点A2823G和A12799G，其中A12799G是新发现的低信息度的SNP；caspase-8基因中检测到3个SNP位点A43466G、G51484A、G52951A，分别位于第8、9外显子和第9内含子；它们均未改变所编码蛋白的一级结构；（2）caspase-10基因中A2823G位点与caspase-8基因中3个位点间已达到连锁平衡，caspase-8基因中A43466G与G52951A、G51484A与G52951A也达到连锁平衡，连锁不平衡系数分别接近于0；只有A43466G与G51484A存在强的连锁不平衡，连锁不平衡系数接近于1；（3）caspase-10基因的A2823G位点与caspase-8基因的3个位点预计产生11种单倍型，其中A-2823／A-43466／G-51484／G-52951是主要单倍型，频率为0．381l，其次是A．2823／A-43466／G-51484／A-52951，频率为0．2536；这4个SNP位点联用，多态信息含量可达到0．7106。结论浙江地区汉族人群caspase-10、-8基因中的SNP位点至少处于3个不同的单倍型块；联合多个相邻的位点构成单倍型，可以弥补单个SNP信息度较低的不足。
- 叶月芳周韧谢云杨水友张伟
- 关键词：单核苷酸多态性单倍型
- 浙江地区汉族人群caspase-3基因三个位点的单倍型研究被引量：9
- 2004年
- 目的分析汉族人群caspase-3基因的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)位点及其构成的单倍型,为研究caspase-3基因对凋亡调节机制的个体差异提供线索。方法用变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-3基因的调控区、第2～7外显子及部分侧翼序列的多态性位点;分析位点间的连锁不平衡关系,估算它们构成的单倍型。结果共检出3个SNP位点(C829A、A17532C、C20541T),分别位于caspase-3基因的5′端调控区、第4内含子和3′调控区;3个位点间存在强连锁不平衡,其中位点A17532C与C20541T呈完全连锁不平衡;54.3%的C-829/A-17532/C-20541是汉族人群的主要单倍型。结论浙江地区汉族人群caspase-3基因上的3个SNP位点间存在强连锁不平衡,它们构成的主要单倍型不同于北美人群。
- 谢云周韧叶月芳杨水友张伟
- 关键词：CASPASE-3基因汉族人群单倍型位点调控区DNA测序技术
