国家自然科学基金(31201648)
- 作品数：4 被引量：101H指数：4
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- 相关机构：浙江省农业科学院湖北大学江西省农业科学院更多>>
- 发文基金：浙江省博士后科研项目择优资助项目中国博士后科学基金国家自然科学基金更多>>
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- 建兰转录组的测序与分析
- 目前对兰属植物的分子生物学研究十分有限,其相关的基因序列也非常之少。我们为了研究挖掘花发育或者开花的相关基因,这里我们提取了建兰花苞和成花的RNA对其进行了测序,取得了9.52 Gb去杂的数据,包含了98 819 349...
- 李小白向林田胜平吴超谢鸣孙崇波
- 文献传递
- 转录组测序(RNA-seq)策略及其数据在分子标记开发上的应用被引量：89
- 2013年
- 新一代测序技术已经广泛应用于转录组的研究(即RNA-seq),其数据几乎涵盖了特定组织和特定时期的所有转录本。由于其高通量和低成本的优势,RNA-seq越来越受到研究者的青睐,特别是在那些缺乏基因组信息的物种上。在此综述中,讨论了RNA-seq的测序策略,包括物种遗传背景的考量,测序平台和数据拼接软件的选择。RNA-seq数据对于SSR和SNP等分子标记的开发是非常有用的,由于这些标记在相关物种中有很高的通用性,因此在比较作图中有其不可替代的优势。
- 李小白向林罗洁胡标林田胜平谢鸣孙崇波
- 关键词：转录组分子标记
- 中国兰的遗传多样性和遗传结构分析
- 中国兰隶属于兰属兰科,具有很高的观赏价值。这里,我们一共收集了85个中国兰品种,利用29个SSR和12个ISSR标记分析其遗传背景。这些品种之间有很高的遗传多样性,它们两两之间的遗传距离范围为0.259~1.000,平均...
- 李小白金凤向林秦德辉谢鸣孙崇波
- 关键词：中国兰
- 文献传递
- 建兰唇瓣和侧内瓣的比较蛋白组学分析
- 兰花花器官为独特的左右对称结构，第二轮花被为3个内瓣，且中间的内瓣高度特化成舌状，故称之为"唇瓣"。唇瓣在形状和大小上往往不同于其同源的两个侧内瓣。在此研究中，我们利用双向电泳技术发现在建兰唇瓣和侧内...
- 李小白金凤金亮马广莹
- 关键词：唇瓣兰科建兰蛋白组
- 建兰基因内部SSR标记的初步开发
- 建兰是兰属植物中的一种,香气袭人,具有很高的观赏价值。目前,其分子标记数量有限。为了开发可靠、有效的分子标记,本研究对建兰转录组数据进行SSR搜索,根据基元、长度和所在位置选取30个SSR进行引物设计。在10个建兰品种中...
- 李小白金凤向林秦德辉谢鸣孙崇波
- 关键词：建兰SSR标记
- 文献传递
- 建兰转录本的微卫星序列和单核苷酸多态性信息分析被引量：8
- 2014年
- 利用建兰转录组数据对其微卫星序列又称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行搜索,并对其所在序列进行注释,从而为建兰分子标记的开发提供有效信息.利用High-Seq技术对建兰转录组进行深度测序,采取从头拼接策略进行拼接,最后得到了101 423个转录产物,其中含139 385 689bp,平均长度为1 374bp.在这个转录组数据库中一共检测到17 793个SSR和16 676个SNP位点,它们的平均密度分别是1.28个SSRs/10kb和1.20个SNPs/10kb.在这些SSR中,除了单核苷酸重复外,二核苷酸和三核苷酸重复是最主流的类型,分别占了所有SSR的20.46%和21.98%.在SNP中,C和T之间以及A和G之间的替换是最主要的形式,分别占了所有SNP的30.80%和28.81%.另外,对含有SSR和SNP序列注释发现:分别有1 748个SSR和1 932个SNP序列具有直系同源基因簇(Clusters of Orthologous Groups,COG)注释;4 994个SSR和4 819个SNP序列具有基因本体论(Gene Ontology,GO)注释;2 107个SSR和2 188个SNP序列具有京都基因与基因组百科(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)注释.这些序列涉及了许多重要的生物功能和代谢途径,预示着这些潜在的标记可能与重要的生物功能有关.这些信息为建兰分子标记的开发和应用奠定了基础.
- 李小白向林罗洁秦德辉孙崇波
- 关键词：建兰功能注释
- Genic-SSR对中国兰的遗传背景分析被引量：4
- 2016年
- 本研究利用本实验室开发的62个genic-SSR标记分析5个中国兰种的43个品种,其中52个标记呈多态性,其多态性指数（PIC）从0.054到0.824不等,平均为0.415,遗传多样性分析显示这43个材料之间的遗传距离平均为0.358,范围为0.016-0.600。对这些材料进行聚类分析和主成分分析,结果表明大多数来自一个物种的中国兰品种聚类在一起,而春兰分别聚类于几个系统树分支上,具有多起源性。与地理分布信息交叉分析发现：同一物种的品种往往聚类于一个大的系统树分支,但来自于不同地区的品种分别聚类于不同小分支;一些来自临近地域的品种往往聚类在一起,而这些品种有时不属于同一物种。这些结果说明遗传背景和地理环境存在一定的联系。
- 金凤李小白金亮马广莹曾庆韬
- 关键词：中国兰
