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国家自然科学基金(81290345)

作品数：10 被引量：64H指数：4
相关作者：卢珊徐建国虞结梅敖元云李利利更多>>
相关机构：中国疾病预防控制中心中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京航空航天大学更多>>
发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项湖南省教育厅科研基金更多>>
相关领域：医药卫生农业科学生物学电气工程更多>>

文献类型

  • 10篇中文期刊文章

领域

  • 7篇医药卫生
  • 2篇生物学
  • 2篇农业科学
  • 1篇电气工程

主题

  • 6篇病毒
  • 3篇诺如病毒
  • 3篇全基因
  • 3篇全基因组序列
  • 2篇毒力
  • 2篇毒力基因
  • 2篇屎肠球菌
  • 2篇禽流感
  • 2篇球菌
  • 2篇全基因组序列...
  • 2篇猕猴
  • 2篇网络
  • 2篇利用网络
  • 2篇流感
  • 2篇耐药
  • 2篇耐药性
  • 2篇进化分析
  • 2篇基因
  • 2篇基因组
  • 2篇肠球菌

机构

  • 5篇中国疾病预防...
  • 3篇中国疾病预防...
  • 2篇湖南师范大学
  • 2篇北京航空航天...
  • 1篇青岛大学
  • 1篇山东大学
  • 1篇山东省疾病预...
  • 1篇传染病预防控...

作者

  • 3篇敖元云
  • 3篇虞结梅
  • 3篇徐建国
  • 3篇段招军
  • 3篇卢珊
  • 3篇李利利
  • 2篇阚飙
  • 2篇金东
  • 2篇于伟文
  • 2篇周娟
  • 2篇杜鹏程
  • 2篇胡守奎
  • 2篇陈晨
  • 1篇王海印
  • 1篇刘文彬
  • 1篇李金松
  • 1篇林琳
  • 1篇胡园园
  • 1篇白向宁
  • 1篇靳淼

传媒

  • 3篇中华实验和临...
  • 2篇中华流行病学...
  • 1篇中华微生物学...
  • 1篇病毒学报
  • 1篇Scienc...
  • 1篇中国人兽共患...
  • 1篇Fronti...

年份

  • 2篇2018
  • 2篇2017
  • 3篇2016
  • 1篇2015
  • 2篇2014
共 10 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
中国广西龙虎山野生猕猴粪便的病毒宏基因组学分析被引量：3
2016年
非人灵长类携带的病毒种类繁多,其中部分对人具有致病性。为深入了解我国野生猕猴携带病毒的状况,本研究应用MiSeq高通量测序及生物信息学分析技术,对从广西采集的280份猕猴粪便标本进行了病毒宏基因组学的分析。高通量测序共获得了233 726 79条读长(Reads),其中4641条序列与病毒相关,进一步注释到27个病毒科(包含细小病毒科中的细小病毒亚科和浓核病毒亚科),包括其中5种脊椎动物病毒(占78.2%)、6种昆虫病毒(占5.5%)、11种植物病毒(占10.4%)、其他的病毒(占9.8%);遗传进化分析结果显示,被注释为萨佩罗病毒、肠道病毒、细小病毒、腺相关病毒等序列与已知病毒相似,部分序列呈现明显的差异;应用PCR扩增进一步证实了病毒序列的真实存在。本研究初步确定了广西地区猕猴粪便中病毒的病毒谱,为深入分析和研究其中有潜在公共卫生意义的病毒奠定了基础。
刘文彬张翠媛虞结梅李利利敖元云段招军
关键词：猕猴高通量测序
河南睢县3岁以下儿童携带屎肠球菌耐药性及多位点序列分型研究被引量：1
2016年
目的：了解河南睢县3岁以下儿童携带屎肠球菌耐药性和携带毒力基因情况,并对分离菌株进行多位点序列分型研究。方法应用K-B纸片法检测屎肠球菌对15种常见抗生素的耐药性；PCR方法检测屎肠球菌携带毒力基因的情况；多位点序列分型（ multilocus sequence typing, MLST）方法对分离菌株进行分型。结果从120份河南睢县3岁以下儿童粪便标本中分离到47株屎肠球菌。在47株屎肠球菌中耐药菌株的比例为95.7%,分离菌株对大环内酯类、四环素以及利福平等多种抗生素广泛耐药,对临床常用于屎肠球菌感染治疗的β-内酰胺类以及氨基糖苷类抗生素耐药率亦高。未检测到对万古霉素、利奈唑胺、氯霉素和呋喃妥因耐药的菌株。3种以上抗生素耐药菌株都属于一个克隆群,其中包括12株携带透明质酸酶（ hyalronidase,hyl）毒力基因的克隆复合群17（clonal complex 17, CC17）屎肠球菌。结论河南睢县3岁以下儿童携带屎肠球菌对多种抗生素广泛耐药,耐药菌株中存在携带毒力基因的CC17克隆群的菌株。
胡守奎周娟胡园园熊衍文金东
关键词：屎肠球菌耐药性毒力基因
广西猕猴中发现GⅡ.17型诺如病毒及其全基因组序列分析被引量：1
2017年
目的 了解广西省龙虎山猕猴粪便标本中的GⅡ.17型诺如病毒的流行情况、基因结构和进化特征.方法 2015年3月～8月收集400份野生猕猴粪便标本,利用建立好的HISEQ高通量测序技术在粪便标本中发现了GⅡ.17型诺如病毒,命名为GX213.采用反转录-聚合酶链反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR）技术对其进行了序列鉴定、全长扩增和检测研究,并对三个开放阅读框（Open reading frames,ORFs）进行了序列和遗传进化分析.结果 筛查结果显示阳性率为0.5％ （2/400）.诺如病毒GX213毒株基因组全长为7 565 bp（包括PloyA尾）,其基因组分为三个ORFs：ORF1（10～5112nt）、ORF2（5093 ～ 6715 nt）和ORF3（6715 ～ 7494nt）,其中ORF1与ORF2之间重叠20 bp,ORF2和ORF3之间重叠1 bp.GX213病毒株全基因组序列分析显示,其与引起2014年至2015年亚洲部分地区暴发的新型人GⅡ.17型诺如病毒变异株CUHK-NS-613（GenBank ID：KU561248）同源性最高（同源性最高为99.5％）.ORF1和ORF3区核苷酸和氨基酸序列都与CUHK-NS-613同源性最高（分别为99.5％,99.4％;99.5％,99.2％）.ORF2区分析序列发现其与CUHK-NS-491毒株（GenBank ID：KP698928）同源性最高,核苷酸和氨基酸同源性分别为99.4％和99.8％,仅P1.1区发现了一个氨基酸的突变aa245P→S.另外,RdRp核苷酸和VP1氨基酸序列进化树分析显示该病毒株与人GⅡ.17型诺如病毒CUHK-NS-613和CUHK-NS-491的进化关系最近,而与首次被发现的猴GⅡ.17型诺如病毒KM1509（GenBank ID：KX356908）次之.结论 本研究发现的GX213属于2014年至2015年在亚洲地区引起暴发的新型人GⅡ.17型诺如病毒变异株,提示GⅡ.17型诺如病毒为人猕猴共患病毒.
信云云敖元云李利利虞结梅李金松林琳张兵
关键词：猕猴诺如病毒进化分析
青藏高原牦牛携带屎肠球菌及其毒力基因和耐药性检测被引量：11
2015年
目的了解青藏高原牦牛携带屎肠球菌(Enterococcus faecium)情况,以及耐药性和毒力基因。方法使用链球菌培养基分离细菌;使用生化反应和16srDNA序列分析方法鉴定;采用PCR方法检测从牦牛粪便中分离的屎肠球菌携带细胞溶血素(cytolysin,cylA)、明胶酶E(gelatinase,gelE)、表面蛋白(enterococcal surface protein,esp)、胶质蛋白粘附素collagen-binding-adhesin of Enterococcal faecium,acm)、聚集物质(aggregation substance,asa1)及透明质酸酶(hyalronidase,hyl)6种毒力基因的情况;应用K-B纸片法对屎肠球菌分离株进行16种抗生素的敏感性分析;参照PulseNet脉冲场凝胶电泳(Pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)实验方法对屎肠球菌分离株进行PFGE分型分析。结果我们从320份牦牛粪便分离到33株屎肠球菌。这些菌株中毒力基因asa1的阳性率最高,为6.1%,acm和hyl次之,均为3.0%,其他毒力基因皆未检出。33株牦牛屎肠球菌中,有19株菌株具有抗生素耐药性,包括4株多重耐药菌株和15株单耐菌株。牦牛屎肠球菌对利福平耐药率最高,为48.5%;对其他抗生素的耐药率从高到低依次为青霉素G15.2%、四环素12.1%、强力霉素12.1%、红霉素9.1%、环丙沙星6.1%、氨苄西林6.1%、高浓度庆大霉素6.1%、磷霉素6.1%、左氧氟沙星6.1%。所有菌株对万古霉素、替拉考宁和氯霉素均敏感。细菌染色体DNA酶切片段的PFGE分析发现,33株屎肠球菌分离株共产生30种PFGE带型,可分为A-H 8个聚类群,耐药菌株分布在6个聚类群中。结论青藏高原牦牛携带屎肠球菌,呈现高度遗传多态性,部分菌株携带毒力基因,对多种抗生素耐药。研究提示,屎肠球菌可能会通过牦牛相关食品传播。
周娟金东卢珊濮吉白向宁杨晶胡守奎徐建国
关键词：屎肠球菌毒力基因耐药性脉冲场凝胶电泳牦牛
诺如病毒河北卢龙株NHBGR59全基因组序列分析被引量：1
2016年
目的 分析河北卢龙县腹泻儿童粪便标本中存在的诺如病毒株NHBGR59的全基因组序列，了解其基因结构特点和进化特征。方法根据454高通量测序获得的两个重叠群（contig）和诺如病毒参考株序列（GenBank登录号KM198534）设计NHBGR59特异性引物，用重叠反转录聚合酶链反应（ReversetranscriptionPCR，RT—PCR）和cDNA末端快速扩增的技术（rapid—amplificationofcDNAends，RACE）的方法扩增其全长基因，经过分子克隆、测序获得全基因组序列，然后进行三个开放阅读框（OpenReadingFrames，ORFs）序列和系统进化树的分析。结果诺如病毒河北卢龙珠HBGR59病毒全基因组全长为7563bp（除了PolyA尾），病毒基因组分为三个ORFs：ORF1（5～5098nt）、ORF2（5079—6731nt）和ORF3（6731～7510nt），其中ORFl和ORF2之间有20bp重叠，ORF2和ORF3之间有lbp重叠。经过全基因组序列分析发现其和基因组II基因型6（genogroupIIGenotypeVI，GII．6）诺如病毒株30443同源性最高（同源性为98．O％）。ORF2以及ORF3核苷酸和氨基酸序列与株30443同源性最高（分别为97．0％，98．0％；99．0％，98．0％）。ORFI的基因和氨基酸序列与台湾暴发的急性胃肠炎GII．6株11-FJ-5（GenBank号KM461694）同源性最高（99．0％，99．3％），只在高突变P2区发生一个氨基酸突变位点：aa308D—N；其中衣壳区的氨基酸序列与其他GII-6型诺如病毒相似度为73．0％～99．3％。进化树分析发现河北卢龙株HBGR59与GII．6型株30443和11-FJ-5亲缘关系最近。结论河北卢龙株HBGR59为诺如病毒GII．6型，进化关系上与已报道的GII.6型株30443和11-FJ-5最近。
敖元云虞结梅李莉莉靳淼段招军
关键词：诺如病毒进化树基因组
Landscape of emerging and re-emerging infectious diseases in China： impact of ecology, climate, and behavior被引量：25
2018年
为过去的几十年，在中国的传染疾病侧面在社会、经济的方面，环境，食物的质量，水，住房，和公共健康基础结构与快速的开发一直在变。尤其是， 5 应具报的传染疾病几乎被根除了，并且 18 另外的应具报的传染疾病的发生显著地被减少了。出人意料地，包括 HIV，普鲁斯病，梅毒，和登革热发烧，超过 10 应具报的传染疾病的发生一直在增加。不过，经常的传染疾病爆发 / 事件每年几乎被报导了，并且进口了传染疾病自从 2015，增加了。已知的病原体的新病原体和超过 100 新遗传型或 serotypes 被识别了。一些传染疾病似乎被各种各样的因素加重，包括快速的都市化，大量候鸟工人，在气候的变化，生态学，和政策，例如把农田还给森林。这评论在设法出现和 re-emerging 从中国总结当前的经验和课传染疾病，特别生态学的效果，气候，和行为，它应该在帮助另外的国家控制并且阻止传染疾病有优点。
Qiyong LiuWenbo XuShan LuJiafu JiangJieping ZhouZhujun ShaoXiaobo LiuLei XuYanwen XiongHan ZhengSun JinHai JiangWuchun CaoJianguo Xu
关键词：传染疾病公共健康
利用网络爬虫技术分析我国活禽贸易与H7N9禽流感病毒传播的关系被引量：4
2014年
采用网络爬虫技术分析2013年中国各省份通过活禽贸易携带H7N9禽流感病毒活禽的可能传播方向和范围，并预测疫情发展趋势。数据分析显示，有18个省份存在高感染风险，其中13个省份截止2014年2月已有报告病例。预测5个无感染风险的省份迄今未报告病例。
卢珊陈晨于伟文王海印杜鹏程阚飙徐建国
关键词：网络数据
Two novel bocaparvovirus species identified in wild Himalayan marmots被引量：4
2017年
Bocaparvovirus(BOV) is a genetically diverse group of DNA viruses and a possible cause of respiratory, enteric, and neurological diseases in humans and animals. Here, two highly divergent BOVs(tentatively named as Himalayan marmot BOV,HMBOV1 and HMBOV2) were identified in the livers and feces of wild Himalayan marmots in China, by viral metagenomic analysis. Five of 300 liver samples from Himalayan marmots were positive for HMBOV1 and five of 99 fecal samples from these animals for HMBOV2. Their nearly complete genome sequences are 4,672 and 4,887 nucleotides long, respectively, with a standard genomic organization and containing protein-coding motifs typical for BOVs. Based on their NS1, NP1, and VP1,HMBOV1 and HMBOV2 are most closely related to porcine BOV SX/1-2(approximately 77.0%/50.0%, 50.0%/53.0%, and79.0%/54.0% amino acid identity, respectively). Phylogenetic analysis of these three proteins showed that HMBOV1 and HMBOV2 formed two distinctly independent branches in BOVs. According to these results, HMBOV1 and HMBOV2 are two different novel species in the Bocaparvovirus genus. Their identification expands our knowledge of the genetic diversity and evolution of BOVs. Further studies are needed to investigate their potential pathogenicity and their impact on Himalayan marmots and humans.
Yuanyun AoXiaoyue LiLili LiXiaolu XieDong JinJiemei YuShan LuZhaojun Duan
关键词：NOVEL
利用网络数据分析我国活禽市场与人感染H7N9禽流感病例的地理关系被引量：17
2014年
目的探讨利用互联网数据分析活禽市场与人感染H7N9禽流感病例之间的地理关系。方法利用网络大数据的方法，对人感染H7N9禽流感病例附近的活禽市场开展基于地理位置和可及性研究，搜索全部有病例报告地区的活禽市场，分析不同城市间活禽市场密度、人群密度、禽类生产密度等因素。结果对42个报告病例的地级以上城市10615个活禽市场与病例所在地的距离分析表明，发病例数与常住人口密度、市场数量及其密度呈正相关性；在已报告的13个H7N9禽流感病毒检测阳性活禽市场中，除广东佛山市的3个市场外，其余都在5km内发现病例，表明活禽交易与病例的居住地分布密切相关；共识别出13个病例较集中的热点区域，分布在杭州、深圳等市。结论H7N9禽流感病毒检测阳性活禽市场所在城市的报告病例数明显高于其他城市，且影响范围多在5km范围内，应重新审视农贸活禽市场在城市中的布局和设置。
于伟文杜鹏程陈晨卢珊阚飙杜孝平徐建国
1株野生鼠诺如病毒的全基因组序列测定及分析
2018年
目的为确定1株通过高通量测序获得的GV型野生鼠诺如病毒（MNV）变异株的基因组序列特征。方法将在山东地区采集的210只鼠经解剖后收集的肠道内容物和肝脏进行核酸提取，质检合格后送于华大基因进行高通量测序，获得一株GV型野生鼠诺如病毒。设计特异性巢式引物利用RT-PCR方法扩增该病毒全基因组。利用DNAMAN，MEGA5．0软件进行序列比对及系统进化分析。结果获得的GV型野生MNV变异株全基因组长度7382bp，与从数据库中选取的30株参考毒株全基因组序列相似度为76．8％～78．1％，其中VP1中的高变区P2编码的氨基酸相似度仅为60．9％～78．1％，表明该株MNV具有较高的变异率。结论本研究分离出了一株野生鼠诺如病毒，丰富了国内MNV的基因库，其变异特征为了解国内MNV的分子遗传特征及进化来源提供了参考依据。
刘蒙蒙李利利林琳王笑峰段招军
关键词：全基因组系统进化分析
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