国家自然科学基金(31360486)
- 作品数：9 被引量：24H指数：3
- 相关作者：哈斯阿古拉马勇巴德仁贵邵琪牛一丁更多>>
- 相关机构：内蒙古大学包头师范学院巴彦淖尔市农牧业科学研究院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家级大学生创新创业训练计划内蒙古自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 甜瓜持绿蛋白的生物信息学分析被引量：2
- 2014年
- 采用生物信息学方法,对甜瓜持绿蛋白(stay-green protein,SGR)理化性质、信号肽、前导肽、功能型位点、疏水性和亲水性、跨膜结构域、蛋白质二级结构和三级结构进行预测和分析,并构建系统进化树.结果表明:甜瓜含有4个持绿蛋白家族成员,进化分析发现有2个同源基因对,同源的基因对之间功能上完全冗余,4个蛋白都不具有信号肽和跨膜结构域,属于非分泌型蛋白,推测SGR可能在细胞质基质中发挥功能.采用同源建模法预测其三级结构,并通过拉氏构象图分析准确性和合理性,证明了同源建模的结果相对可靠性.
- 巴德仁贵殷振琦李爽马勇哈斯阿古拉
- 关键词：甜瓜基因家族生物信息学分析
- 甜瓜CmERFⅡ-9基因在果实成熟中的功能分析被引量：1
- 2019年
- 乙烯应答因子(ethylene-responsive factors, ERFs)是仅在植物中存在的一类转录因子,调控许多重要的生理过程。为研究乙烯应答因子在甜瓜果实发育过程中的功能,本研究选择在甜瓜果实发育过程中高表达的CmERFⅡ-9基因作为研究对象,克隆了其c DNA全长序列,长度为962 bp,包含完整的ORF序列。构建了CmERFⅡ-9的超表达载体pPZP221-CmERFⅡ-9和RNAi载体pART27-Cm ERFⅡ-9,并利用子房注射法将两个载体分别稳定遗传转化至甜瓜,分别获得超表达和RNAi T1代阳性植株15株和18株,对其果实的成熟期调查统计发现:对照果实成熟期为40.5 d,超表达果实平均成熟天数为35.7 d,比对照早熟4.8 d;RNAi果实平均成熟天数为46.7 d,比对照晚熟6.2 d;显著性分析发现,超表达和RNAi果实成熟期均与对照存在极显著差异。上述研究结果表明CmERFⅡ-9具有促进甜瓜果实成熟的作用。
- 郭呈宇李思学苏庚辰萨仁其木格哈斯阿古拉
- 关键词：甜瓜转录因子果实成熟
- 甜瓜14-3-3基因家族全基因组鉴定与进化分析被引量：3
- 2013年
- 以拟南芥的14-3-3蛋白保守结构域为探针序列,对甜瓜全基因组的蛋白质数据库进行搜索,获得9个14-3-3蛋白序列,其中ε类5个、非ε类4个。对甜瓜14-3-3基因家族进行了系统发生分析、内含子数量分析、序列相似性比对,通过对所有甜瓜的14-3-3蛋白相匹配的Unigene分析后发现,部分基因在多种组织中均有表达,部分基因在甜瓜果实以及花中高丰度特异表达,而且不同成员之间的表达模式存在较大差异。甜瓜14-3-3基因家族成员的分子进化及表达模式的研究结果表明基因重复后发生功能分化。
- 马勇刘嘉荣巴德仁贵哈斯阿古拉
- 关键词：甜瓜基因家族进化分析
- 甜瓜CmERFIII-1转录因子基因cDNA的克隆与表达分析被引量：1
- 2015年
- 根据甜瓜ERF亚家族成员聚类结果,选取第三亚群的Cm ERFIII-1(甜瓜基因组数据库登录号MELO3C005465)基因为研究对象,根据其c DNA序列设计基因特异引物,应用RT-PCR技术从甜瓜品种河套蜜瓜果实的总RNA中克隆得到Cm ERFIII-1基因c DNA,序列长711 bp,编码236个氨基酸组成的多肽。序列比对及系统发育分析表明,Cm ERFIII-1 c DNA编码的蛋白质氨基酸序列与黄瓜中ERF亚家族两个成员的序列(Gen Bank登录号:XP_004143677.1、XP_004158119.1)亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析结果表明,该基因在甜瓜根、茎、叶和授粉后不同时期果实中均有不同程度表达,在叶片中表达量最高。
- 郭呈宇孙晓蕾邵琪白立华牛一丁哈斯阿古拉
- 关键词：甜瓜ERF转录因子
- 甜瓜EIN3/EILs基因家族全基因组鉴定与进化分析被引量：4
- 2014年
- 以拟南芥的EIN3/EILs蛋白保守结构域为探针序列,对甜瓜全基因组的蛋白质数据库进行搜索,搜索后获得4个EIN3/EILs蛋白序列。对甜瓜EIN3/EILs基因家族的系统进化、序列相似性、基因结构进行了分析。通过对所有甜瓜的EIN3/EILs基因的表达谱分析得知该基因家族在各组织中均有表达,其中在果实以及愈伤组织中高丰度特异表达,不同基因之间的表达模式差异明显。
- 马勇莘少红巴德仁贵哈斯阿古拉
- 关键词：甜瓜基因家族进化分析
- 甜瓜乙烯应答因子基因CmERF Ⅰ-14的生物信息学分析被引量：8
- 2016年
- 本研究采用生物信息学的方法对甜瓜数据库中的甜瓜乙烯应答因子基因ERFⅠ-14(登录号:MEL O3C014441)的启动子特性、RNA结构、理化性质、导肽、信号肽、跨膜结构域、蛋白质二级结构、三级结构及功能域等进行预测和推断。结果表明,CmERFⅠ-14基因的开放阅读框(ORF)长645 bp,编码214个氨基酸,蛋白质的分子量约为23 kD,理论等电点为6.59,不存在导肽和信号肽,无跨膜结构域,二级结构中最主要的结构元件是无规则卷曲,包含一个AP2/ERF功能结构域,预测到8个可能的互作蛋白和多个启动子元件,没有预测到CpG岛。系统发育分析发现,其与黄瓜ERF3-like蛋白(XP_004140127.1)亲缘关系最近。
- 鞠林芳段尚尧张妍哈斯阿古拉牛一丁
- 关键词：甜瓜ERF生物信息学分析
- 甜瓜持绿蛋白基因家族的全基因组鉴定及进化分析被引量：3
- 2014年
- 持绿蛋白在调节植物叶绿素降解和衰老过程中起到非常重要的作用,利用公布的甜瓜基因组数据,使用生物信息学方法对甜瓜全基因组SGR基因的结构、系统进化关系、保守基序及表达谱进行分析.结果表明：甜瓜中共有4个SGR类型基因,命名为CmSGR01～CmSGR04,其蛋白质在167～257 aa之间,通过系统进化树分析,发现甜瓜与黄瓜属同一科,它们的SGR聚在一起,说明相对其他物种,二者的SGR蛋白在其他物种分化后进化较小;MEME软件分析发现了SGR基因含有5个保守的基序.通过甜瓜SGRs基因家族的系统分析,为进一步阐明甜瓜中SGR蛋白结构及功能提供理论基础和有价值的资料.
- 巴德仁贵赵乾任凤蕊马勇哈斯阿古拉
- 关键词：甜瓜基因家族生物信息学分析
- 甜瓜CmERFIV-5基因cDNA的克隆·表达分析及载体构建被引量：1
- 2015年
- [目的]研究甜瓜Cm ERFIV-5基因的克隆、表达分析及超表达和RNAi载体构建。[方法]根据Gen Bank上登录的甜瓜一个乙烯应答因子(ethylene responsive facter,ERF)基因c DNA序列(登录号:MELO3C024315)设计合成特异性引物。应用RT-PCR技术从甜瓜品种河套蜜瓜(Cucumismelo L.cv.Hetao)成熟果实中克隆得到该基因c DNA序列,命名为Cm ERFIV-5,分析了该基因在甜瓜根、茎、叶及果实发育过程中的表达特性,将其构建到过量表达载体p PZP221中,得到重组植物表达载体p PZP221-Cm ERFIV-5。同时,构建了该基因RNAi载体p ART-27-Cm ERFIV-5。[结果]序列分析显示,所克隆的c DNA长度为808bp,编码255个氨基酸。荧光实时定量PCR分析表明,Cm ERFIV-5基因在甜瓜根、茎、叶及不同发育时期的果实中均有表达,在叶片中表达量最高。[结论]构建了Cm ERFIV-5基因的过量表达载体与RNAi载体,为进一步研究该基因的功能奠定了基础。
- 金乌云邵琪郝鑫鲍牧兰哈斯阿古拉
- 关键词：甜瓜乙烯
- 甜瓜ERF转录因子基因CmERFII-11 cDNA克隆及表达分析被引量：1
- 2015年
- 根据已报道的甜瓜Cm ERFII-11基因c DNA序列设计特异性引物,采用RT-PCR技术从甜瓜果实中克隆得到Cm ERFII-11基因。采用相关分析软件对该基因进行了生物信息学分析,利用荧光实时定量PCR进行表达分析。结果表明,所克隆的c DNA长度为954 bp,编码255个氨基酸,编码蛋白质的分子量为28.33ku,理论等电点为7.62。该基因在根、茎、叶组织以及授粉后不同时期果实中均有表达,在叶片组织中的表达量最高。
- 额贺希格鲍牧兰邵琪柴运佳哈斯阿古拉
- 关键词：甜瓜ERF转录因子
