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杂交群体动物基因聚合被引量：1: 2012年; 基因聚合是通过优化设计杂交方案,选择利用目标基因或与其紧密连锁的分子标记,通过世代选择实现将来源于多个不同群体的优势目标基因或基因型聚合到同一个理想个体中,进而达到生产出超级经济性状个体的目的。针对聚合不同目标基因个数,设计4类杂交方案——两群体、三群体、四群体级联、四群体对称。在相同的杂交方案中,比较基因型选择和表型选择策略,分析不同杂交组合、性状遗传力、初始基因频率、基础群体规模对聚合设计的影响,并筛选出最佳的聚合方案。研究结果表明,在较大的基础群体规模和较高初始群体基因频率下,获得聚合多个目标基因的理想个体的可能性较大。在四群体杂交方案中,亲本的杂交次序对于级联杂交比对称杂交的影响较大。模拟结果表明,运用基因型选择进行聚合育种优于表型选择。文章所开发设计的聚合模拟育种的统计分析方法和相应软件为指导杂交育种方案和选择策略的设计提供理论参考,同时,为进一步设计开发聚合设计模拟育种平台奠定基础。; 徐凌洋赵福平任航行陆健张莉魏彩虹杜立新; 关键词：基因聚合优化设计杂交群体

深度测序鉴定绵羊microRNA转录组被引量：4: 2013年; 本研究采集的Texel绵羊胎儿的背最长肌样品包括5个发育阶段:70、85、100、120和135 d。通过采用Solexa测序技术对混池样品进行了microRNA(miRNA)深度测序,获得了16532850条原始序列读数。使用ACGT101-miR v4.2分析软件对miRNA测序数据进行了深度发掘;通过与最新的哺乳动物成熟miRNA序列(miRNA数据库:miRBase v17.0)、miRNA前体序列、绵羊基因组序列(绵羊基因组数据库,2010年2月)的比对分析,对绵羊microRNA转录组数据库进行了大幅更新,pre-miRNA(miRNA前体)序列增至1529条,编码的miRNA成熟体序列增至1999条。通过实时荧光定量PCR技术对深度测序获得的5个miRNA在混池样品中进行了验证。绵羊miRNA的研究起步较晚,而miRNA的发现与鉴定将促进基因调控机制及miRNA功能的研究。; 张世芳魏彩虹陆健张小宁周鑫磊张淑珍王光凯曹家雪赵福平张莉杜立新

苏尼特羊拷贝数变异的基因组分布特征研究被引量：5: 2013年; 本试验利用Illumina OvineSNP50 Bead Chip芯片对71只苏尼特羊进行了分型,共检测到134个拷贝数变异区域(copy number variation regions,CNVR),大小范围为29.48kb～1.30Mb之间,总长度达到25.95Mb。基因注释及功能分析结果显示,这些基因与嗅觉感官知觉、化学刺激的感官知觉、感官知觉、识别等环境应答有关。选取5个CNVR进行qPCR验证,其中3个CNVR得到验证。通过对苏尼特羊基因组拷贝数变异的分析可以进一步了解绵羊基因组结构的特点,为今后开展绵羊基因组结构变异与重要经济性状的关联研究提供参考。; 刘佳森张莉李蕴华赵福平魏彩虹杜立新; 关键词：苏尼特羊基因组拷贝数变异单核苷酸多态

绵羊体重性状全基因组关联分析被引量：10: 2014年; 本研究旨在利用全基因组关联分析方法(genome-wide association studies,GWAS)挖掘影响绵羊体重性状的遗传标记和功能基因。采用Illumina OvineSNP50BeadChip中密度商业化羊芯片,对3个品种(苏尼特羊、德国肉用美利奴羊和杜泊羊)共计329只绵羊的体重性状(初生重、断奶重、6月龄重、断奶前日增重、断奶后日增重、日增重)进行GWAS分析。统计分析和基因注释基于TASSEL软件、混合线性模型和2012年10月公布的最新版绵羊基因组Ovis_aries_v3.1序列信息。结果表明,有10个SNPs位点在全基因组显著水平上与断奶后日增重相关,部分位点分布在羊注释基因内(MEF2B、RFXANK等);除此之外还检测到22个SNPs在染色体显著水平上与其他体重性状存在相关性,获得一批重要的候选基因。这些基因对绵羊体重性状功能基因的挖掘具有重要的理论意义和参考价值。; 张莉刘佳森徐凌洋赵福平陆健张世芳王慧华张晓宁魏彩虹陆国彬郑友民杜立新; 关键词：绵羊体重性状全基因组关联分析

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国家自然科学基金(30972094)