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中国马铃薯Y病毒的检测鉴定及CP基因的分子变异被引量：29: 2013年; 【目的】查明马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)病在中国的发生情况,及时、准确地鉴定出PVY并对其分子变异进行分析。【方法】采用ELISA方法对采自中国14个省(直辖市)马铃薯种植区疑似受PVY感染的样品进行了检测,并对其中的部分材料镜检验证,然后根据CP基因序列设计1对简并引物针对随机选择感染PVY的14个省(直辖市)代表样品进行CP基因扩增克隆,将测序得到的序列进行分子变异分析,并使用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)重建系统发育关系。【结果】ELISA检测结果表明,691份样品中220个样品与PVY抗体呈阳性反应,其余呈阴性反应;ELISA检测的阳性材料在透射电镜下均可观察到明显的风轮状内含体,14个PVY分离物均成功扩增出预期大小(约800 bp)的特异性片段,CP基因的核苷酸序列与已报道PVY不同株系的核苷酸序列一致性均在88%以上;在14个PVY分离物CP基因中共发现有29个多态性位点,其中6个简约信息位点,23个单一变异位点。系统发育分析结果显示,14个PVY分离物与PVYN:O株系相聚成簇,表明其在系统发育关系上,与PVYN:O株系的亲缘关系最近。【结论】PVY CP基因高度保守,但不同地区分离物也存在一定的分子变异,本研究可为今后了解PVY病毒病流行、变异趋势及其防治提供依据。; 高芳銮沈建国史凤阳方治国谢联辉詹家绥; 关键词：马铃薯Y病毒 ELISA 外壳蛋白基因分子变异贝叶斯法

马铃薯Y病毒pipo基因的分子变异及结构特征分析被引量：11: 2013年; 为揭示马铃薯Y病毒（Potato virus Y,PVY）pipo基因的分子变异和结构特征,文章根据文献报道的马铃薯Y病毒属（Potyvirus）pipo基因保守区序列设计一对简并引物,从感染PVY的马铃薯病叶中克隆获得pipo基因的cDNA全长序列,分析其核苷酸序列和氨基酸序列的特征,并基于氨基酸序列使用贝叶斯法重建了Potyvirus的系统发育树。结果显示：20个PVY分离物成功扩增出预期大小（约235bp）的特异性片段,其核苷酸序列与已报道的其它PVY株系的pipo基因核苷酸序列一致性均在92%以上;5′端均含有典型的G1-2A6-7基序（motif）,无碱基插入/缺失,所有的核苷酸变异都是碱基置换,共发现13个多态性位点,其中4个简约信息位点,9个单一变异位点,表明该基因高度保守,但不同分离物也存在一定的分子变异;PIPO蛋白理论等电点11.26~11.62,无信号肽和跨膜区,是可溶的亲水性蛋白;整个蛋白含有3个保守区,其中位于10~59aa的基序最为保守。该蛋白主要定位于线粒体中,可能是线粒体导肽。系统发育分析结果显示,源于PVY不同株系优先相聚成簇,而向日葵褪绿斑驳病毒（Sunflower chlorotic mottle virus,SuCMoV）与辣椒重花叶病毒（Pepper severe mosaic virus,PepSMV）的亲缘关系较PVY相比更近,与前人的结果相一致,表明PIPO蛋白可以作为研究Potyvirus系统发育关系的新的分子标记。; 高芳銮沈建国史凤阳常飞谢联辉詹家绥; 关键词：马铃薯Y病毒

TC/IC-RT-PCR检测黄瓜绿斑驳花叶病毒被引量：6: 2012年; 根据GenBank上登录的黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)外壳蛋白基因保守序列,设计特异性引物,利用试管捕捉RT-PCR(TC-RT-PCR)和免疫捕捉RT-PCR(IC-RT-PCR)技术对黄瓜绿斑驳花叶病毒进行检测.结果表明,TC-RT-PCR和IC-RT-PCR均具有良好的特异性,检测灵敏度分别比DAS-ELISA高10和100倍;通过对一批进境黄瓜样品的检测,验证了2种检测技术的实际应用效果.因此,本研究建立的TC-RT-PCR和IC-RT-PCR检测技术,可有效应用于CGMMV的快速检测.; 沈建国林双庆蔡伟李海明王念武翁瑞泉黄可辉; 关键词：黄瓜绿斑驳花叶病毒

马铃薯Y病毒福建分离物P1基因的分子变异和结构特征被引量：9: 2014年; 为揭示马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)P1基因的分子变异及结构特征,并查明福建分离物P1基因的变异来源。文章设计一对简并引物从感染PVY的马铃薯病叶扩增、克隆获得福建分离物P1基因的cDNA全长序列,分析其核苷酸序列和氨基酸序列的特征,并采用贝叶斯法重建P1基因的系统发育树。结果显示,12个福建分离物均成功扩增出预期大小(约915 bp)的特异性片段,P1基因的核苷酸序列与已报道的PVY不同株系的核苷酸序列一致性为73%～99%;QK44、XT02、XT08、LH05分离物的309 nt位置均检测到一个强烈的重组信号。12个PVY分离物中,P1蛋白有85个变异的氨基酸位点,表明其高度变异;P1蛋白的第41～275位是一个高度保守的结构功能域,含有3个保守的活性位点(H192、D201、V235);系统发育分析显示,福建分离物形聚为3种不同的簇,其对应的卷曲结构(Coiled-coil domain)和空间结构也不相同,表明不同株系型的P1基因在系统发育关系上分化较大。该研究结果表明PVY P1基因在核苷酸序列、氨基酸序列以及空间结构具有高度变异性,但行使P1蛋白功能的活性位点所在的氨基酸(H192、D201和V235)均高度保守;福建分离物P1基因的变异源主要来自碱基突变和基因重组。; 史凤阳高芳銮沈建国常飞詹家绥; 关键词：马铃薯Y病毒 P1基因

TaqMan-MGB荧光定量IC/TC-RT-PCR检测菜豆荚斑驳病毒: 2016年; 菜豆荚斑驳病毒(Bean pod mottle virus,BPMV)是我国重要的检疫性有害生物,BPMV传入的风险随大豆进境数量增多而加大。本文针对菜豆荚斑驳病毒,以大豆种子提取液为材料,分别建立了TaqMan-MGB荧光定量IC-RTPCR和TaqMan-MGB荧光定量TC-RT-PCR快速检测方法。根据GenBank公布的BPMV外壳蛋白基因序列,选择其保守区域,设计1对特异性引物和1条TaqMan-MGB探针,测定了TaqMan-MGB荧光定量IC-RT-PCR和TaqMan-MGB荧光定量TC-RT-PCR方法的特异性和灵敏度,并将TaqMan-MGB荧光定量IC-RT-PCR、TaqMan-MGB荧光定量TC-RTPCR、IC-RT-PCR和TC-RT-PCR 4种检测方法的灵敏度进行比较。结果表明:所建立的两种检测方法特异性良好;TCRT-PCR的灵敏度为10-1倍病毒提取液原液;IC-RT-PCR和TaqMan-MGB荧光定量TC-RT-PCR灵敏度相当,为10-3倍病毒提取液原液;TaqMan-MGB荧光定量IC-RT-PCR灵敏度最高,为10-5倍病毒提取液原液,是IC-RT-PCR和TaqMan-MGB荧光定量TC-RT-PCR检测方法的102倍,是TC-RT-PCR检测方法的104倍;两种检测方法均能较好应用于实际大豆样品的检测。本文所建立的TaqMan-MGB荧光定量IC/TC-RT-PCR检测方法利用抗原特异性或试管非特异性捕捉病毒粒子,无需提取RNA,为进境大豆种子上BPMV的检测提供了稳定、快速、简便的技术依据,其较高的灵敏度和特异性具有较好的应用价值。; 蔡伟金晶沈建国高芳銮廖富荣吴祖建; 关键词：菜豆荚斑驳病毒

一步RT-PCR检测水仙黄条病毒被引量：6: 2014年; 目的:建立用于快速检测水仙黄条病毒(Narcissus yellow stripe virus,NYSV)的一步RT-PCR方法。方法:根据已报道的NYSV基因序列设计特异性引物,采用一步RT-PCR建立了快速检测水仙黄条病毒的方法。结果:该方法具有良好的特异性,能够从感染水仙黄条病毒的水仙样品上扩增出预期大小的特异性目的片段,而与其他病毒无交叉反应;一步RT-PCR产物序列测定结果表明,该产物的序列与NYSV序列高度同源,同源性达99%;灵敏度测定结果显示,一步法RT-PCR与两步法RT-PCR的灵敏度相当,可以检测稀释到10-4倍的RNA。结论:应用建立的一步RT-PCR对一批水仙样品进行NYSV检测,结果与两步法RT-PCR完全相同,说明该方法可准确用于NYSV的检测。; 沈建国高芳銮林双庆李敏于文涛虞赟蔡伟

火龙果细菌性软腐病菌的分离与鉴定被引量：12: 2015年; 火龙果（Hylocereus undatus Britt．et Rose）属仙人掌科三角柱属植物，是集水果、花卉、蔬菜、保健为一体的热带亚热带果树，在中美洲、美国南部地区，以及以色列、越南、泰国和我国的台湾、海南、广东、福建等地均有种植。近年来，随着火龙果种植面积不断扩大，火龙果病害呈逐渐加重趋势．严重威胁火龙果的产业发展。; 林武镇廖富荣陈细红陈青陈红运黄蓬英林石明; 关键词：火龙果

水仙花叶病毒RT-PCR检测方法的建立及应用被引量：8: 2012年; 旨在建立水仙花叶病毒(narcissus mosaic virus,NMV)的分子快速检测方法。根据已公布的NMV基因序列,设计一对特异性引物,以提取的水仙样品总RNA为模板进行RT-PCR,并对该方法的特异性、灵敏度、重复性及实际检测效果进行测定。从感染NMV的水仙样品中成功扩增出预期大小(约483bp)的特异性目的片段,而健康水仙上未扩增到相应的片段。特异性、灵敏度及重复性测定结果表明,研究建立的RT-PCR方法特异性强、灵敏高、重复性好。应用该方法成功检测了一批口岸送检的水仙样品。研究建立的RT-PCR方法可为水仙上NMV的检测提供可靠的技术支持。; 沈建国高芳銮蔡伟于文涛虞赟李敏闫诚; 关键词：RT-PCR

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福建出入境检验检疫局科技计划项目(FK2011-07)

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