广东省自然科学基金(S2012010009166)
- 作品数：12 被引量：67H指数：5
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- 基于BiPLS和cPLS的苯丙酮尿症FTIR/ATR光谱筛查模型的建立与优化
- 2015年
- 目的：基于反向区间偏最小二乘法（BiPLS）和多模型共识偏最小二乘法（cPLS）,建立新生儿苯丙酮尿症的FTIR/ATR光谱筛查模型。方法：利用BiPLS将全光谱划分成若干个子区间,优化子区间数目,优选特征子区间组合,然后分别建立基于全光谱和BiPLS优选波段的定量模型,以均方根误差（RMSE）、平均相对误差（MRE）、预测准确率（Acc）、灵敏度（Sens）、特异性（Spec）为指标,比较2种模型的性能。结果：与全光谱相比,BiPLS优选波段将波长压缩了85.0%~90.5%,但所建模型的多项性能指标却有不同程度地提高。在最优条件下,Phe浓度模型的R、RMSE、MRE分别为0.93、87.0、0.27,Sens、Spec、Acc分别为98.2、98.7和98.4;Phe/Tyr比值模型的R、RMSE、MRE分别为0.93、3.55、0.36,Sens、Spec和Acc均为100。Phe浓度模型对接近筛查切值的样本会产生误判,而辅以Phe/Tyr比值模型可将Sens和Spec提高到100。结论：BiPLS极大地压缩了建模所需波段,降低了模型复杂度,提高了模型精度;与cPLS相结合,本文建立的Phe浓度和Phe/Tyr比值的定量校正模型,有望用于新生儿苯丙酮尿症的大人群快速筛查。
- 王伟伟魏伟伟宋向岗程雅婷陈超王淑美梁生旺
- 关键词：苯丙酮尿症
- 基于基因表达谱与分子指纹技术研究复方丹参滴丸治疗颈动脉粥样硬化的物质基础和作用机制被引量：9
- 2015年
- 该文利用基因表达谱和分子指纹技术研究探讨复方丹参滴丸治疗颈动脉粥样硬化的物质基础和作用机制。首先,收集人颈动脉粥样硬化和正常组织的基因表达谱数据,采用芯片显著性分析(significance analysis of microarray,SAM)方法筛选出差异基因;利用DAVID软件对差异基因进行GO分析和KEGG通路分析;为了避免遗漏部分差异表达不显著却有重要生物学意义的基因,文中进行了GSEA分析;将差异基因集输入到Cmap,获得7个负性富集分数较大的药物分子,预示这些药物能逆转调控疾病组织的基因表达谱;最后,根据结构相似的分子具有相似活性的特点,将复方丹参滴丸的336个成分与7个药物分子进行2D分子指纹的相似度比较。结果显示:SAM法筛选得到147个差异基因,其中上调基因60个,下调基因87个。GO分析中,生物过程(biological process)主要涉及生物附着、损伤反应和炎症反应等;细胞组成(cellular component)主要涉及胞膜外区、细胞外隙和质膜等;分子功能(molecular function)主要涉及抗原结合、金属内肽酶活性和多肽结合等。KEGG通路分析主要涉及JAK-STAT,RIG-I样受体和PPAR等信号通路。复方中有10个成分与Cmap筛选出的药物分子具有非常相似的结构(Tanimoto系数均大于0.85),如hexadecane,提示可能是复方丹参滴丸治疗颈动脉粥样硬化的主要药效成分。该方法可用于研究中药复方的药效物质基础和分子作用机制。
- 周威宋向岗陈超王淑美梁生旺
- 关键词：基因表达谱分子指纹丹参滴丸
- 基于小波和小波包变换的苯丙酮尿症傅里叶变换衰减全反射红外光谱筛查模型的研究被引量：1
- 2016年
- 应用小波和小波包变换对傅里叶变换衰减全反射红外光谱(FTIR/ATR)进行去噪处理,以提高苯丙酮尿症(PKU)筛查模型的性能。首先优化小波和小波包变换的参数,然后分别对原始光谱(OS)、9点平滑光谱(9S)和一阶微分9点平滑光谱(1D9S)进行去噪处理,以均方根误差(RMSE)、平均相对误差(MRE)、预测准确率(Acc)等为指标,考察小波和小波包变换对模型性能的影响。结果与变换前相比,模型性能均有所提高,其中小波变换以1D9S+sym12处理结果为最优,而小波包变换以1D9S+sym1为最优;Acc全部提高为100%。
- 蔡嘉华尹嵩杰陈超王淑美梁生旺
- 关键词：小波变换小波包变换苯丙酮尿症
- 多目标优化方法在中药组效关系研究中的应用被引量：7
- 2014年
- 中药复方药效是方中药物整体作用的结果,组效关系研究即是剖析中药各化学成分和药效作用变化之间的关系。只有采用多药效指标才能更全面地评价中药质量,而要寻求多个指标的同时最优化,即构成多目标优化问题。因此,多目标优化问题是中药组效关系研究及组方设计中所要面对的较为常见的问题。本文简要介绍多目标优化方法中较为常用的权重系数法和第1、2代进化算法,概述其基本原理和在中药组效关系研究中的应用情况,并做出总结。
- 李晓杰苑婕陈超
- 关键词：多目标优化中药
- FTIR-ATR结合膜富集技术测定中药材地龙中微量铜的含量被引量：3
- 2016年
- 目的利用傅里叶变换-衰减全反射红外光谱（FTIR-ATR）结合膜富集技术,建立中药材地龙中微量铜质量分数的快速、经济的测定方法。方法首先,对30批校正集样品进行湿法消解,利用铜与金属络合剂1-（2-吡啶偶氮）-2-萘酚（PAN）发生络合反应,优化各种反应条件,包括p H、PAN用量、反应时间。再将络合物抽滤富集在微孔滤膜上,采集其FTIR-ATR光谱,经9点平滑、一阶导数9点平滑等预处理后,利用随机森林回归算法建立其铜质量分数的定量校正模型。校正集按3∶1随机分配为训练集和测试集,对模型进行参数优化和评价。利用优化后模型预测广东、广西和福建3个产地地龙样品中铜的质量分数,并与ICP-MS测定结果进行比较。结果最优模型预测3个产地地龙样品的质量分数在5.85~6.98 mg/kg之间,与ICP-MS分析结果相比,相对误差均小于20%。结论本方法利用膜富集技术提高了FTIR-ATR的检测灵敏度,为中药材重金属元素的定量分析提供了一种新方法。
- 蔡嘉华尹嵩杰陈超王淑美梁生旺
- 关键词：FTIR-ATR地龙重金属
- 基于随机森林算法的川芎成分-靶点-疾病网络的预测研究被引量：11
- 2014年
- 该研究搜集KEGG数据库中小分子药物及其酶、离子通道、G蛋白、核蛋白等4类药靶数据作为训练集,建立基于随机森林法的药物-靶点相互作用模型;采用十折交叉验证评价模型精度,获得4类药靶模型的预测正确率分别为71.34%,67.08%,73.17%,67.83%。利用该模型对川芎26个化学成分进行靶点预测,并构建其成分-靶点-疾病网络,所得结果得到了较好的文献验证。该文所建模型具有较高的预测精度,可用于发现其他中药成分的潜在作用靶点。
- 苑婕李晓杰陈超宋向岗王淑美
- 关键词：网络药理学川芎心脑血管疾病
- 基于分子对接及生物网络功能模块识别的复方丹参滴丸的网络药理学研究被引量：15
- 2017年
- 目的运用分子对接及生物网络功能模块识别等网络药理学技术,阐述复方丹参滴丸治疗动脉粥样硬化的物质基础和作用机制。方法首先通过分子对接技术确定复方成分和靶点的对应关系,结合由分子相似性构建的复方成分-成分网络,以及靶点相互作用网络,建立了二阶异质网络;然后经模式分析,将二阶异质网络拆解为不同功能的模块。结果模块分析结果显示,复方丹参滴丸治疗动脉粥样硬化的机制涉及炎症、免疫和氧化应激;进一步分析复方成分作用通路,得出了复方主要作用成分,包括丹参素、原儿茶醛、丹参酮Ⅵ等。结论本方法为阐释中药复方多成分、多靶点、多途径的作用机制等同类研究提供了参考。
- 袁文锋涂铭扬陈超王淑美梁生旺
- 关键词：分子对接复方丹参滴丸
- 不同预处理方法对苯丙酮尿症FTIR/ATR光谱筛查模型的影响被引量：2
- 2015年
- 建立苯丙酮尿症的FTIR/ATR光谱筛查模型,比较基线校正、平滑、求导、傅里叶退卷积等光谱预处理方法对模型精度的影响。利用多模型共识偏最小二乘法(cPLS)建立干血片中苯丙氨酸浓度的校正模型,以相关系数(r)、预测均方根误差(RMSEP)、平均相对误差(MRE)和预测准确率(Acc)等指标,考察不同预处理方法对建模效果的影响。结果一阶微分9点平滑处理方法效果最好。与原始光谱相比,模型的r,RMSEP,MRE和Acc分别从0.822 7,115.8,0.395和94.6改善到0.889 9,102.2,0.286和100。本方法直接快速、不消耗试剂、不产生污染,有望成为PKU大人群快速筛查的简便、绿色新技术。
- 王伟伟魏伟伟宋向岗程雅婷陈超王淑美梁生旺
- 关键词：苯丙酮尿症光谱预处理偏最小二乘法
- 基于网络药理学方法预测银杏叶治疗心脑血管类疾病的有效成分及其潜在靶点被引量：19
- 2014年
- 目的:采用网络药理学方法,研究银杏叶"成分-靶点-心脑血管相关疾病"复杂网络,预测银杏叶治疗心脑血管类疾病的有效成分及其潜在靶点。方法:建立药物分子-靶点相互作用的随机森林预测模型,对银杏叶化学成分进行靶点预测,然后构建和分析银杏叶"成分-靶点-心脑血管相关疾病"复杂网络。结果:对银杏叶的34个化学成分预测出多个作用靶点,结果得到了文献验证;进一步网络分析的结果初步揭示了银杏叶治疗心脑血管类疾病的有效成分和潜在靶点。结论:本方法可用于研究中药的物质基础和分子作用机制。
- 苑婕李晓杰陈超宋向岗王淑美
- 关键词：网络药理学银杏叶心脑血管疾病
- D-最优设计响应面法优选复方脑得生提取工艺被引量：2
- 2017年
- 目的采用D-最优设计响应面法,优选脑得生方提取工艺。方法以脑得生方提取工艺的关键参数乙醇浓度、乙醇用量和提取时间为自变量,进行D-最优设计;采用可见分光光度法和高效液相色谱法,测定脑得生方中主要指标成分总皂苷、总黄酮和阿魏酸的含量,并以它们的加权含量为因变量,进行响应面分析,优选出脑得生方提取的最佳工艺。结果以10.81倍用量、浓度为80%的乙醇回流提取45 min,作为提取的最佳工艺。结论利用D-最优设计响应面法能够优选脑得生方提取工艺参数,提高了有效成分的提取效率,有助于脑得生方的质量标准研究。
- 朱雨薇陈超王淑美梁生旺成金乐
