国家自然科学基金(30571383)
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
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- 口蹄疫分型诊断芯片探针设计初报
- 对O型FMDV8个基因型、A型FMDV3个基因型和AsiaⅠ型口蹄疫病毒(Foot-and-Mouth DiseaseVirus,FMDV)设计出基因型特异性探针,使其不但能够将同一血清型内的不同基因型FMDV序列区分开...
- 相磊陈小玲李伍举梁之昶章振华胡国良徐福洲石岗
- 关键词：FMDVVP1基因基因芯片寡核苷酸探针
- 文献传递
- 口蹄疫病毒分型诊断芯片探针设计初报被引量：3
- 2008年
- 为建立口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)不同血清型与基因型的基因芯片检测方法,设计针对O型8个基因型、A型3个基因型和亚洲1型的特异性探针。从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室基因库下载了O型、A型和亚洲1型FMDV的VP1基因序列547条。对每一血清型序列用DNA Star软件ClastalW程序进行多重比对,做系统发育分析并进行基因分型。用生物学软件BioSun 2.0建立基因型数据库,设计每一基因型的特异性探针。共设计出104条候选探针,通过芯片试验筛选出12条特异性探针。以各型特异性探针所对应的靶序列模板做10倍系列稀释进行PCR扩增,扩增产物与探针杂交,验证各探针的灵敏度。对O型SEA、Euro-SA、ME-SA、WA 4个基因型的各条探针的灵敏度进行了检验,结果这些探针能够检测到102数量级拷贝数的阳性靶标。
- 相磊陈小玲李伍举梁之昶章振华王学文胡国良徐福洲石岗
- 关键词：口蹄疫病毒血清型VP1基因基因芯片寡核苷酸探针
- A型口蹄疫病毒VP1基因序列的基因分型研究
- 2007年
- 为设计A型FMDV基因分型探针建立其3个基因型的数据库,以美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因库和英国口蹄疫世界参考实验室(FMDWRL)基因库中所登记的血清A型口蹄疫病毒(FMDV)VP1基因序列为研究对象,运用双序列比对和构建系统发育树的方法对未知基因型的VP1序列进行基因分型并比较两种方法的分型结果。结果表明,两种分型方法的分型率均达到92%,分型结果基本一致。运用这两种方法都可实现对A型FMDV VP1序列的基因分型。
- 梁之昶陈小玲姚刚章振华相磊杨兵石岗
- 关键词：A型口蹄疫病毒VP1基因分型双序列比对
