国家自然科学基金(81303164)
- 作品数：1 被引量：59H指数：1
- 相关作者：李翠婷张广辉杨生超马春花孟珍贵更多>>
- 相关机构：云南农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 野三七转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究被引量：59
- 2014年
- 目的分析野三七Panax vietnamensis var.fuscidiscus(PVF)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为野三七分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了野三七转录组测序获得的126 758条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer3设计SSR引物,并随机选择30对SSR引物对13株不同来源的野三七进行多态性扩增分析。结果在野三七的转录组中,共搜索到21 320个SSRs,分布于17 780条unigenes,SSR位点出现频率为16.82%。SSRs位点中二核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的52.52%;其次是三核苷酸重复基序(28.08%)。SSRs所包含的重复基元中,二核苷酸重复基元AG/CT和AT/AT是优势重复基元类型,占总SSRs的46.25%。利用Primer3共设计出39 336对SSR引物。随机选择30对引物进行PCR扩增,其中29对(96.67%)扩增出清晰、可重复的条带,15对(50.00%)扩增条带表现出多态性。利用UPGMA作图,将13个材料分为2类。结论野三七转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。
- 李翠婷张广辉马春花孟珍贵陈军文杨生超
- 关键词：转录组多态性
