辽宁省教育厅高等学校科学研究项目(05L558)
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 相关作者：张惠丹方瑾王晓楠单连峰马倩更多>>
- 相关机构：中国医科大学沈阳市肛肠医院更多>>
- 发文基金：辽宁省教育厅高等学校科学研究项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- Chip-based TGCE定量检测大肠癌K-ras基因点突变
- 2010年
- 目的建立一种定量检测大肠癌中K-ras基因突变比例的方法,并分析其与临床病理参数之间的关系。方法利用微流控温度梯度毛细管电泳(Chip-based temperature gradient electrophoresis,Chip-basedTGCE)对4例代表性大肠癌组织切片中的K-ras基因突变进行检测,通过AutoCAD软件计算出K-ras基因突变比例,结果经克隆测序校正后获得线性回归方程。应用该方法定量检测84例石蜡包埋大肠癌组织中的K-ras基因突变比例,并探讨其与临床病理参数的关系。结果 Chip-based TGCE检测K-ras基因突变比例与克隆测序检测K-ras突变比例的线性回归方程为y=0.993x-1.387,K-ras基因突变比例与肿瘤部位和浸润深度有显著相关性(P<0.05),检测获得的最低K-ras突变比例达到2.51%。结论该研究显示Chip-based TGCE是一种快速、灵敏、便捷、经济的基因突变比例定量分析方法。
- 张惠丹单连峰王晓楠任辉方瑾
- 关键词：微流控芯片K-RAS基因
- 基于微流控芯片的温度梯度毛细管电泳检测大肠癌石蜡标本中K-ras基因突变被引量：2
- 2010年
- K-ras基因突变检测可用于大肠癌的早期筛查与诊断,并有利于筛选出抗表皮生长因子受体靶向药物治疗有效的大肠癌患者,以实现肿瘤的个体化治疗.采用以倾斜式热辐射原理建立的微流控温度梯度毛细管电泳(temperature gradient capillary electrophoresis,TGCE)基因突变检测系统,实现了对98例石蜡包埋大肠癌组织中K-ras基因突变的高灵敏度筛查,突变阳性检出率为47.96%,显著高于PCR产物直接测序的23.47%.克隆测序显示该方法至少能检测到2.08%的K-ras基因突变体.K-ras基因突变与临床病理学参数的关系分析显示,直肠癌中K-ras基因突变率明显高于结肠癌(P<0.05),而与年龄、性别、组织学类型和肿瘤分期等无显著相关性.该检测方法为肿瘤早期诊断和指导临床用药提供了一种灵敏度高、检测速度快、便于大规模筛查的有效手段.
- 张惠丹王晓楠周喆马倩方瑾
- 关键词：微流控芯片K-RAS基因突变大肠癌石蜡包埋组织
- 混合法用于基因芯片数据的分类分析被引量：1
- 2009年
- 目的研究广义似然比检验(GLRT)与支持向量机(SVM)相结合的混合法在基因芯片表达数据分类研究中的应用效果。方法结合Golub研究的白血病基因表达数据,利用GLRT寻找白血病表达水平存在显著性差异的基因,再使用SVM对白血病进行分类。结果基于GLRT鉴别得到的特征基因有很强的代表性,SVM分类的效果明显优于其他方法。结论混合法在解决数据量大、维数高、样本量小、非线性问题中具有很强的优势,可以有效的用于基因芯片表达数据的分类研究。
- 单连峰张惠丹周宝森
- 关键词：白血病基因芯片广义似然比检验支持向量机
