广东省自然科学基金(S2011010006070)
- 作品数：4 被引量：4H指数：1
- 相关作者：李妍宁云山姜茵何殿殿曾爽更多>>
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- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 基于Mimox工具分析幽门螺杆菌Catalase模拟表位
- 2012年
- 目的利用Mimox软件分析幽门螺杆菌Catalase蛋白模拟表位的性质，并与手工比对结果进行比较。方法将源于噬菌体随机肽库筛选技术获得的5个Catalase模拟表位输入Mimox网站，参数设定为默认值，进行模拟表位的比对，寻找共同序列并分析其性质。结果从ClustalW界面比对结果看，氨基酸P、T、S、L、A出现频率较高，通过统计学的方法推导出的共同序列为-[HST]X[DST]FRPXA[TNQ][LV][Fw]T-，其中氨基酸P（80％）和A（60％）的出现频率较高。通过JalView界面推导出的共同序列为-H—DFRP—AT—T-，保守性上氨基酸T（分值8）、P（分值6）、D（分值5）比较高；特性上氨基酸T（分值2．4595077）、P（分值2．235784）、R（分值2．1615076）比较高；共同性（consensus）上氨基酸P（80％）、A（60％）、T（60％）比较高，与先前手工比对得出的结论基本相符。结论结合噬菌体筛选技术和生物信息学Mimox工具对模拟表位进行分析，可以获得较全面的表位信息。
- 李妍曾爽宁云山
- 关键词：模拟表位幽门螺杆菌CATALASE
- 基于Mimox工具分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位
- 2013年
- 目的利用Mimox软件分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位的性质。方法将源于噬菌体随机肽库筛选技术获得的6个Lpp20模拟表位输入Mimox网站,参数设为默认值,进行模拟表位的比对,寻找其共同序列并分析其性质。结果从ClustalW界面比对结果看,氨基酸D、A、S、G、L在模拟表位中出现的频率较高。通过统计学的方法推导出的共同序列为-[-W][PST][LDE]H[SDE][DM]ASG-[LT][YFW][-R]-,第2位置氨基酸W(50%),第7位置氨基酸D(67%),第8位置氨基酸A(50%),第9位置氨基酸S(50%),第12位置氨基酸L(50%)的出现频率较高。通过JalView界面推导出的共同序列为-WPLHSDASG-LYR-,保守性上第6位置S(分值6)、第7位置D(分值5)、第12位置L(分值5)比较高;特异性上第6位置S(分值2.067 059)、第12位置L(分值2.529 612)、第10位置G(分值1.805 491 4)、第3位置P(分值1.761 471 6)比较高;共同性上第7位置D(66%)、第8位置A(50%)、第9位置S(50%)、第10位置G(66%)比较高。结论结合噬菌体筛选技术和生物信息学Mimox工具对抗原模拟表位进行分析并获得较全面的表位信息,为进一步确定抗原表位及研制新型表位疫苗奠定基础。
- 李妍温月媚曾爽陈中标陈艳宁云山
- 关键词：模拟肽幽门螺杆菌LPP20
- 柱上切除GST标签制备幽门螺杆菌Lpp20蛋白被引量：1
- 2012年
- 目的表达幽门螺杆菌Lpp20-GST融合蛋白,获取切除GST标签的重组蛋白。方法采用异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导重组表达质粒Lpp20/pGEX-4T-1在大肠埃希菌BL21(DE3)中表达,收集菌体并采用反复冻融、溶菌酶裂解及超声破菌3种细胞破碎方法,表达产物在谷胱甘肽琼脂糖树脂4B柱上纯化,利用凝血酶切除GST标签,用鼠抗Lpp20单克隆抗体进行纯化产物western blot鉴定。结果高效表达出Lpp20-GST融合蛋白,相对分子质量约为4.5 kDa,产物以部分可溶性形式表达,凝血酶成功切除GST标签,纯化产物能被鼠抗Lpp20单克隆抗体识别。结论凝血酶柱上切除GST标签获得目的蛋白。
- 姜茵王小平何殿殿李妍
- 关键词：幽门螺杆菌LPP20凝血酶纯化
