国家自然科学基金(81272483)
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
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- 相关机构：南方医科大学华南理工大学广东省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：广东省科技计划工业攻关项目国家自然科学基金NSFC-广东联合基金更多>>
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- 中国MERS输入病例病毒基因组测序及分析
- 2015年
- 为测定分析中国第一例输入性中东呼吸综合征冠状病毒基因组序列.采用PCR分段扩增、测序、拼接的方法,组装病毒基因组序列,应用BLAST,MEGA6.0,SIMPLOT,RDP等软件分析病毒序列的相似性、变异、进化、重组事件.结果发现,所完成的病毒序列长度为29928 bp,与韩国报道的序列最为接近.病毒核苷酸序列与近期中东地区分离到的病毒株序列相似性高达99.53%~99.92%;在多聚蛋白ORF1ab中有3个新发突变,而S,E,M,N蛋白未出现变异;核苷酸序列无明显的片段重组现象.本研究表明,中国广东第一例输入性MERS患者的序列没有出现明显的变异,一些位点突变后功能变化仍需进一步研究.
- 谢茜曹宇娟苏娟吴娴波万成松柯昌文赵卫张宝
- 关键词：基因组测序冠状病毒
- 肝细胞癌基因表达谱分析被引量：3
- 2012年
- 目的:通过分析肝细胞癌(HCC)基因表达谱改变来探讨HCC发病机制。方法:从GEO数据库中下载HCC基因表达数据GSE14215和GSE29217,采用Genespring 11.0软件分析差异表达基因,运用统合分析(meta-analysis)方法确定共同差异表达基因,利用DAVID、KEGG、String和FABLE等生物信息学软件确定相关的生物学过程、分子功能、相互作用通路等。结果:HCC组织与正常肝组织相比,共同下调、上调的差异表达基因分别是281和227个,其中作为转录因子36个;与文献报道的HCC相关基因一致的有181个。差异表达基因主要与细胞周期调控、代谢调节、药物代谢酶系、DNA的损伤复制、p53和过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路(PPAR)等信号通路有关。结论:HCC基因表达谱数据分析表明,细胞周期紊乱主要发生在S、M期;转录因子FOXM1/HNF3高表达与HCC的细胞周期紊乱密切相关。
- 张宝唐锴鹰孙世强刘坤冯春琼吴清华陈虎郑文岭马文丽
- 关键词：肝细胞基因表达谱计算生物学细胞周期转录因子
