国家科技基础条件平台建设计划(2005DKA64001)
- 作品数：17 被引量：20H指数：3
- 相关作者：曹以诚杜正平周杰刘鹏飞董守斌更多>>
- 相关机构：华南理工大学北京大学兰州大学更多>>
- 发文基金：国家科技基础条件平台建设计划国家自然科学基金广东省粤港关键领域重点突破项目更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术医药卫生生物学文化科学更多>>
- 水稻基因结构分析与预测建模
- 2008年
- 将水稻基因结构预测问题划分为基因级、元件级和特征级等多个层次上的一系列较简单子问题,分析了各特征与序列C+G含量之间的依赖关系,通过采用从简单到复杂逐级优化的策略建立了不同序列C+G含量的水稻基因结构模型,设计了基因结构寻优的动态规划算法,开发了水稻基因结构预测软件Rice-GenePRE.采用测试数据集OsSNG550对该软件进行测试的结果显示:RiceGenePRE在核苷酸、外显子和基因水平上的预测效果均优于水稻基因结构预测系统FGENESH.
- 周艳红朱建丽马闯程遥
- 关键词：水稻基因组
- 三重表达肺结核DNA疫苗在细胞水平的检测
- 2008年
- 目的:评估整合siRNA、融合抗原基因、hIL-12的新型肺结核DNA疫苗在人胚肾细胞293中三个表达单元独立互不干扰表达。方法在已构建含有靶向抗调亡基因Mcl-1L的siRNA、结核分枝杆菌抗原基因Ag85B-ESAT6(PVAE)、hIL-12三个独立表达单位的新型肺结核DNA疫苗pVAX-siRNA-PVAE-IL-12基础之上,将抗原基因与增强型绿色荧光蛋白(EGFP)基因融合,得到真核表达质粒pVAX1-siRNA-PVAE[EGFP]-hIL12。并将DNA疫苗中的靶向抗凋亡基因Mcl-1L的序列置换为靶向EGFP基因的siRNA序列[siEGFP],得到pVAX1-[siEGFP]-PVAE[EGFP]-hIL12表达质粒。用质粒pVAX1-siRNA-PVAE[EGFP]-hIL12、pVAX1-[siEGFP]-PVAE[EGFP]-hIL12转染人胚肾细胞293,以EGFP为报告基因,分别证实融合抗原基因与siRNA编码序列的表达。以ELISA测定培养细胞上清中hIL-12的表达。结果经酶切鉴定和测序证实肺结核DNA疫苗改造成功。转染细胞中检测到绿色荧光,证实了融合抗原基因的表达。对照组证实了siRNA编码序列表达的抑制效果。转染48h后细胞培养液中hIL-12的检出量为1571.63pg/ml;72h后细胞培养液中hIL-12的检出量为2392.25pg/ml。结论已构建的肺结核DNA疫苗能在真核细胞中有效表达siRNA、抗原基因与hIL-12。为进一步研究该DNA疫苗抗肺结核的免疫保护率和基因治疗效果打下基础。
- 马爱丽曹以诚张珍武
- 关键词：肺结核DNA疫苗SIRNA融合抗原
- 基于XWiki的科研协作管理支撑平台被引量：2
- 2008年
- 针对传统科研活动环境中信息资源相对孤立、项目成员间协作性差、项目管理和协作过程复杂以及整体效率低下等问题,提出一种基于XWiki的科研协作管理支撑平台架构设计方案,并对其进行具体实现。该平台便于科研项目管理,实现了科研团体内部知识的高效共享,并提高了科研协作管理效率,有效推动了科研协作管理信息化进程。
- 张瑞生王东云范晓亮赵志立
- 网格环境下蛋白质多重结构比对的架构及其实现
- 2007年
- 针对蛋白质多重结构比对需要大量运算的问题,基于渐进式成对结构比对策略,设计了并行化的蛋白质多重结构比对架构及其在网格计算环境下的实现机制.实验结果表明并行算法大大提高了比对效率,减少了比对时间,提高了重用性.该并行蛋白质多重结构比对架构及实现方法可应用于其他的多重结构比对.
- 刘鹏飞董守斌曹以诚杜正平
- 关键词：并行化网格
- 共表达siRNA和hIL-12的新型乙肝多表位DNA疫苗的研究被引量：3
- 2008年
- 目的:构建含有靶向乙肝表面抗原(HBsAg)基因的siRNA、乙肝复合多表位抗原基因和hIL-12共质粒表达的新型DNA疫苗,并在HepG2细胞中检测siRNA的效果以及各基因的表达。方法:设计并合成复合多表位HBV抗原基因,将其与增强型绿色荧光蛋白(EGFP)基因融合克隆进真核表达载体pVAX1的多克隆位点中,同时将带CMV启动子的完整hIL-12表达单元克隆进载体的BspHI位点之间,再设计并合成乙肝siRNA表达单元,将其克隆进载体的MluI位点之间,得到真核三元共表达重组质粒pVAX1-siHB-HB-EGFP-hIL12。以该重组质粒瞬时转染人肝癌细胞系HepG2,通过EGFP的荧光标记观察多表位抗原的表达,以ELISA测定培养细胞上清中hIL-12的表达,以rtPCR检测siRNA对HBsAg基因的沉默效果。结果:经酶切鉴定和测序证实共表达siRNA、hIL-12的HBV多表位DNA疫苗构建成功。转染细胞中检测到绿色荧光,证实抗原表达;转染后48hhIL-12的检出量为1289pg/ml细胞上清,72h检出量为1712pg/ml细胞上清;转染后HBsAg表达量明显降低,证实siRNA效果良好。结论:成功构建乙肝复合多表位抗原基因与siRNA、hIL-12共质粒表达的DNA疫苗,并能在真核细胞中有效表达抗原与hIL-12基因,而且siRNA对HBsAg显示出明显的沉默效果,为进一步研究该复合型DNA疫苗抗HBV的治疗效果打下基础。
- 黄镜贤曹以诚杜正平陶嫦立杨化强
- 关键词：乙型肝炎DNA疫苗多表位抗原SIRNA
- Rspo1-EGFP重组腺相关病毒载体的构建
- 2009年
- 本文通过构建携带Rspo1-EGFP融合基因的重组腺相关病毒载体,包装出含有目标基因的重组腺相关病毒。首先利用PCR从cDNA文库中把Rspo1基因扩增出来,插入到pcDNA6-EGFP中EGFP的上游形成融合基因Rspo1-EGFP。采用AAVHelper-free包装系统,将融合基因用PCR方法从质粒pcDNA6-Rspo1-EGFP上扩增出来,亚克隆到AAV表达质粒pAAV-MCS多克隆位点中,构建出重组质粒pAAV-Rspo1-EGFP。重组质粒与包装质粒pAAV-RC和辅助质粒pHelper磷酸钙法共转染AAV-293细胞制备重组病毒rAAV-Rspo1-EGFP。重组病毒感染AAV-HT1080细胞,荧光显微镜检测病毒介导的目标基因表达,流式细胞技术测定病毒滴度。结果:酶切鉴定和测序确定重组病毒载体pAAV-Rspo1-EGFP构建成功。病毒感染的细胞中检测到绿色荧光,表明重组病毒包装成功并介导融合基因在宿主细胞里表达,病毒滴度达107VP/mL。本研究成功包装出具有侵染性的重组腺相关病毒AAV-Rspo1-EGFP,为今后利用腺相关病毒载体进行Rspo1相关的体内体外研究提供了实验基础。
- 杜淑敏曹以诚李新建
- 关键词：R-SPONDIN增强型绿色荧光蛋白腺相关病毒流式细胞技术
- 基于代理的覆盖网组播生成树算法研究
- 2008年
- 利用覆盖网组播技术构建组播服务平台是一种可行的提供组播服务的方案。基于代理的覆盖网组播兼具覆盖网组播的灵活性和IP组播的高效性的特点。结合节点的带宽、处理延迟和节点间的通信延迟给出一个完善的基于代理的覆盖网组播模型,根据此模型设计了求节点度受限的具有最小平均延迟的组播转发树生成算法。探讨了主机节点在进行数据分组复制转发时的转发顺序对平均延迟的影响,给出并证明了主机节点对数据分组复制转发的最优策略。通过仿真实验验证了所给算法和最优复制转发策略的有效性。
- 林龙新周杰张凌叶昭
- 关键词：生成树
- 面向计算化学研究的网格科研协同工作环境被引量：2
- 2007年
- 为了促进处在不同地域的计算化学家能有效地进行协同研究,以中国教育网格公共支撑平台CGSP为网格平台开发了化学协同工作环境(CCE)系统,CCE为化学家提供了化学领域即时通信、分子可视化和脚本编辑环境等工具.提出了基于CGSP的化学协同工作环境的系统架构,扩展了Jabber/XMPP协议,从而解决了复杂二维、三维化学结构的封装解析以及网络传输问题.以抗艾滋病药物设计为实验,展示了CCE系统向CGSP提交网格作业的步骤.实验说明CCE系统在支持计算化学家之间的协同工作,以及提交网格作业等方面可以满足计算化学研究的需要.
- 张瑞生范晓亮王东云李廉
- 关键词：网格计算计算化学
- 网络资源命名及用户命名行为的分析被引量：4
- 2009年
- 网络资源是指通过互联网传播共享、以文件目录为主要存储组织结构的内容,如书、讲义、音乐等。每个资源的内容具有完整独立性。它们是数字图书馆、教学资源库、专业内容库藏的重要组成。网络资源的一大特点是命名模式不规范,给检索利用带来极大不便。本文以2003～2006年间搜集的61万文件构成的16 284个网络资源为对象,用统计的方法考察网络资源命名特点及其中体现的用户命名习惯。包括资源及其内部子目录、文件的名字长度分布,字符类型熵、常用符号、高频片段模式、语义类型等,并分析无序命名中蕴含的用户命名习惯。本文的意义一方面有助于从混乱命名中净化和提取对检索查询有用的信息,另一方面有助于揭示网络用户参与海量网络资源共享的行为习惯。
- 陈翀闫宏飞
- 关键词：互联网网络资源
- 特异性siRNA质粒的构建及其抑制癌细胞中mcl-1表达的研究被引量：2
- 2010年
- 本文构建了靶向mcl-l基因构建的特异性siRNA重组质粒,在细胞水平检测的其抑制效果,并筛选出能高效抑制mcl-l基因表达的siRNA重组质粒,针对mcl-1的特异性siRNA重组质粒,将其转染到人肝癌细胞HepG2,用Rt-PCR(实时荧光定量PCR)方法和WesternBlot方法分别检测转染前后mcl-1mRNA水平和Mcl-1蛋白表达水平,比较对应不同位点的两个siRNA重组质粒对mcl-1的抑制效果。结果表明,Rt-PCR结果显示对应不同位点的两个siRNA重组质粒对mcl-1均可降低mcl-1mRNA水平,最大抑制效率达70.0%,远高于作为对照非相关组;Western-Blot结果显示转染特异性siRNA重组质粒后Mcl-1蛋白表达受到抑制,最大抑制率为44.2%。合理设计的特异性siRNA重组质粒可大幅度下调mcl-1mRNA水平,能有效抑制Mcl-1蛋白表达。
- 徐爱群曹以诚区镜深张珍武
- 关键词：MCL-1基因沉默实时荧光定量PCR
