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多种信息融合的细胞凋亡蛋白质的亚细胞定位预测: 2016年; 研究表明mRNA的序列和结构特性与蛋白质的亚细胞定位有一定关系。本文提取了细胞凋亡蛋白质的两种mRNA信息:三阅读框3-mer mRNA序列频数信息、mRNA二级结构-序列模式信息,并结合细胞凋亡蛋白质的氨基酸物理化学性质、氨基酸黏性特征和进化信息,构成特征向量来表示mRNA和蛋白质序列,利用支持向量机算法,对四种不同亚细胞位置的细胞凋亡蛋白质进行预测。研究发现融合mRNA信息与氨基酸信息后预测效果更佳,在Jackknife检验下,预测总精度达到82.18%,且独立测试集预测总精度达到78.26%。结果表明,mRNA的序列和结构特性有助于细胞凋亡蛋白质的亚细胞定位预测。; 薛济先陈颖丽翟媛媛; 关键词：MRNA二级结构亚细胞定位

与肺癌相关的基因共表达网络的构建与分析: 2016年; 肺癌是目前世界范围内发病率和死亡率最高的恶性肿瘤,它是一种复杂的分子网络疾病。为了进一步了解肺癌致病的分子机制,我们使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法,对肺癌组织与其癌旁正常组织的差异表达基因进行分析,进而对差异表达基因进行模块的划分以及枢纽基因(hub gene)的识别,共得到了八个模块。通过计算每个模块特征向量基因(module eigengene)与样本特征的皮尔森相关系数,最终得到一个与肺癌高关联的模块(blue模块),发现blue模块的枢纽基因为碳酸酐酶4 (carbonic anhydrase 4, CA4),这一枢纽基因在模块中起着重要的作用。使用在线工具DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)对blue模块进行GO功能富集及KEGG通路分析。GO分析显示blue模块具有Rho 蛋白的信号转导调控、生物粘附、糖结合等生物功能;KEGG分析显示blue模块参与了轴突导向和O 型聚糖的生物合成通路。这些分析结果表明,文中识别的肺癌高关联模块和枢纽基因在肺癌的发生发展过程中起着潜在的重要作用。; 翟媛媛陈颖丽薛济先; 关键词：肺癌

基于化学位移和伪氨基酸组分信息预测抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质: 2014年; 凋亡蛋白质是一种有着特殊功能的蛋白质,在生物体的生长和维持体内平衡中扮演着重要的角色.在细胞凋亡过程中抗与促凋亡蛋白质对细胞凋亡的调控起着不同的作用.如果抗凋亡蛋白质或者促凋亡蛋白质失活,将导致癌症和其它疾病的发生,所以对抗凋亡蛋白质和促凋亡蛋白质的识别,将有助于更好的了解凋亡蛋白的致病机理.建立一个新的凋亡蛋白质数据集,并基于化学位移信息和伪氨基酸组分信息采用支持向量机(SVM)方法对新的数据集进行了预测.融合后的特征信息用Jackknife检验预测成功率达到77.01%,从预测结果可以看出提取有效的特征信息是提高预测成功率的重要因素.; 于淼陈颖丽; 关键词：化学位移支持向量机

不同细胞器基因组转录的ncRNA的序列特征分析和识别被引量：1: 2015年; 统计分析了不同细胞器基因组转录的非编码RNAs(non-coding RNAs,ncRNAs)的kmer频数、约化后的碱基组分、结构-序列模式中三联体偏好.并以上述三种特征提取方法分别构成特征向量表示ncRNA序列,利用支持向量机,对四类细胞器基因组转录的ncRNAs的序列进行识别.分析两种不同的碱基约化方式发现,嘌呤/嘧啶约化(MN约化)更能反应不同细胞器基因组转录的ncRNAs的序列信息;考虑结构和碱基种类的结构-序列模式(stru-seq mode)中的三联体短片段(k=3),揭示出ncRNA与编码蛋白质的mRNA或蛋白质相互作用可能存在局域结构三联体偏好.在Jackknife检验下,预测总精度最高达到83.10%.采用不同参数的预测结果表明,结构-序列模式(stru-seq mode)中的短片段(k=3)结构有助于不同细胞器基因组转录的ncRNAs区别.; 武成艳李前忠陈颖丽; 关键词：非编码RNA

使用蛋白质和mRNA序列信息预测蛋白质亚线粒体定位: 2017年; 线粒体是很重要的半自主性细胞器,主要为细胞提供能量,还承担了许多其他生理功能,而线粒体的某些功能只有在特定亚线粒体位置中才能实现.对亚线粒体定位的研究有助于进一步了解蛋白质的功能.文章计算了蛋白质的进化信息、同源序列的go信息、氨基酸指数信息、氨基酸粘性、氨基酸组分、平均化学位移,并结合mRNA序列的三联体频数,利用支持向量机算法和离散增量算法对蛋白质亚线粒体定位进行预测,在jackknife检验下准确率达到97.64%,同时用独立检验也取得较好的结果.; 刘娟娟李前忠闫振河薛济先

抗凋亡与促凋亡蛋白质的结构分析被引量：1: 2016年; 针对SwissProt数据库所建立的239条抗凋亡蛋白质与222条促凋亡蛋白质数据集进行结构域、模体信息的搜索与分析,发现抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质所特有的结构域和模体结构,也发现有部分结构域、模体信息是抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质所共有的.在PDB数据库中找到上述结构域的二级和三级结构,再利用MEME搜索序列模体,从而提取出具有凋亡作用的保守的高级结构特征与信息,这些特征信息可以为抗凋亡与促凋亡作用机制的研究提供帮助.; 赵晋桃陈颖丽闫振河; 关键词：结构域

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