上海市科学技术委员会资助项目(1201H116400)
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
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- 相关机构：上海超级计算中心复旦大学更多>>
- 发文基金：上海市科学技术委员会资助项目国家高技术研究发展计划更多>>
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- nPME对GROMACS软件并行计算性能的影响分析
- 2014年
- 在分子动力学并行计算的过程中,正确地处理好并行规模与PME(Particle-Mesh Ewald)方法的任务分配,对于提高分子动力学的并行效率具有非常重要的影响。以常用的分子动力学软件Gromacs[1-3]为例,利用上海超级计算中心"魔方"超级计算平台,就不同并行规模与不同PME任务分配方式下的计算性能进行测试。发现并行能在一定的范围内显著的提高Gromacs的计算效率,但是当并行规模超过一定值后,计算效率反而下降。另一方面,当并行规模较小时,不设置PME专属节点的计算效率较高;但当并行规模较大时,合理的设置PME专属节点,能显著地提高计算的效率。这一结果能对从事分子动力学模拟的研究人员合理分配并行资源提供帮助。
- 寇大治左光宏
- 关键词：并行计算分子动力学GROMACSPME
- 高性能计算系统的可用性检测
- 2013年
- 本文针对高性能计算机系统在启动/重新启动之后的可用性和健康度的检测方面提出了一套检测标准,这一标准流程自系统启动/重新启动开始,至系统所提供的相关高性能计算应用服务完备为止,包括一系列标准行为以及相应的检测模块。据此设计实现了一套针对曙光5000A超级计算机的检测系统并取得了良好的效果。
- 寇大治
- 关键词：高性能计算系统集群系统
