福建省自然科学基金(2011J01104)
- 作品数：3 被引量：12H指数：2
- 相关作者：陈坚连肖华钟少杰林新坚陈彬更多>>
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- 相关领域：农业科学更多>>
- 水稻转录因子基因SUSIRI的过表达及RNA干扰对水稻分子及表型效应的分析被引量：1
- 2013年
- 在克隆到水稻转录因子基因SUSIRI的基础上,构建其过表达及RNA干扰载体进行水稻的遗传转化。由潮霉素筛选及分子检测得到的T0代植株经大田栽植,共有34株过表达及46株RNA干扰植株获得T1代转基因种子。继续种植T1植株收获T2代种子,同时用半定量RT-PCR分析苗期及穗期野生型水稻中SUSIRI基因的时空表达谱并比较过表达及RNA干扰植株的SUSIRI基因在叶片及幼穗中的表达状况,发现过表达植株与野生型对照的基因表达基本相同,但RNA干扰植株的表达受到明显抑制。对过表达及RNA干扰植株稻穗性状考察表明:与野生型对照相比,无论是过表达还是RNA干扰,转基因植株的穗粒数、结实率降低,RNA干扰植株表现得尤为严重(P<0.05),但对水稻谷粒粒重的影响并不显著(P>0.05)。SUSIRI基因的过表达未出现使稻穗性状明显改良的株系,而RNA干扰会导致水稻的结实能力严重降低。
- 陈坚连肖华杨志敏陈彬郑斯平朱炳耀
- 关键词：水稻WRKY结实率
- SUSIRI基因的生物信息学分析及亚细胞定位被引量：4
- 2015年
- 转录因子是植物生长发育及其对外界环境的应答反应中起重要作用的蛋白调控因子,一般含有DNA结构域、转录调控域、寡聚化位点和核定位信号。WRKY蛋白是一类具有重要作用的转录调控因子。在水稻的基因组中预测到的WRKY基因多达103个,对这些基因的功能加以注释具有重要的意义。SUSIRI基因是前人从粳稻日本晴中克隆的一个WRKY家族的转录因子。其开放阅读框长度为1755 bp,可编码584个氨基酸,具有典型的双WRKY结构域。为了进一步研究SSUSIRI基因,阐明它在水稻中的生物调控功能。通过应用生物信息学的方法,对该基因的预测蛋白进行了结构与功能的分析。利用EBI的interpro数据库分析SUSIRI基因序列的基序(motif),并结合NCBI的CDD(conserved domains)数据库分析该蛋白的保守结构域,用DNAMAN软件和CBS的TMHMM软件分析蛋白氨基酸残基的亲(疏)水性特点和跨膜结构域,用CBS的Protcomp version9.0软件和Protfun软件分别分析了蛋白的亚细胞定位和功能预测;通过实验设计把SUSIRI基因与GFP基因相融合,构建了由actin启动子驱动的SUSIRI基因的荧光表达载体p NSUGFP。通过采用基因枪法把该载体转入洋葱表皮细胞进行亚细胞定位鉴定。结果表明,生物信息学预测值显示:SUSIRI基因具有转录、转录调控、信号转导类功能的可能性最高,预测值分别为0.973、1.598和0.602;同时,其参与翻译功能、中间代谢功能和脂肪酸代谢功能的可能性也较大,预测值分别为4.800、1.490和1.265;由于SUSIRI蛋白中含有的亲水性氨基酸残基较多,该蛋白不具有跨膜性,是一种非跨膜类蛋白。对其亚细胞定位预测表明:在其氨基酸序列中含有较强的核定位信号,所以定位于细胞核内的可能性很大。进一步用荧光显微镜对基因枪轰击的洋葱表皮细胞的观察发现:对照的GFP蛋白主要沿细胞壁表达,而SUSIRI-GFP融合蛋白在细胞核中有很强的�
- 连肖华陈坚
- 关键词：水稻核蛋白亚细胞定位基因克隆生物信息学
- 取样策略对SSR标记鉴别紫云英品种能力的影响被引量：7
- 2015年
- 紫云英属于异花授粉植物,品种内个体基因型杂合,品种鉴定难度大。本研究以紫云英闽紫系列3个审定品种为材料,采用SSR标记进行取样策略对3个品种鉴别能力影响的研究。结果表明：（1）固定4对引物组合,从5~50进行梯度取样时,品种内的扩增位点总数、观测等位基因数趋于增多,但有效等位基因数、Shanon信息指数、遗传多样性指数增大到最大值后趋于下降,其中取样量为30时总体样品出现最大值;随着样品量的增加,品种间Nei氏遗传距离以及分子方差分析的品种间期望变异系数比例值（Phi PT）均呈减少趋势,但Phi PT值的置信度在增大;（2）固定品种的样品容量为30和50,再加入2对能扩增出在品种间形成频率差异的标记位点的SSR引物对,基于这6对SSR引物可以将参试的3个紫云英品种有效的区分,品种间期望变异系数比例值（Phi PT）提高且差异的置信度为极显著。主成分分析进一步表明：3个参试品种30个样品与50个样品的散布状况基本一致。对紫云英取样策略的研究表明：为提高对参试品种的鉴别能力,样品取样量以30株为宜,即达到较佳鉴别效果又降低分析成本。
- 陈坚林新坚钟少杰
- 关键词：紫云英SSR分析异花授粉
