安徽省高校省级自然科学研究项目(KJ2010B133)
- 作品数：14 被引量：12H指数：2
- 相关作者：丁德武黄海生吴璞王汝传何小青更多>>
- 相关机构：池州学院南京邮电大学江南大学更多>>
- 发文基金：安徽省高校省级自然科学研究项目国家自然科学基金安徽高校省级自然科学研究基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学自然科学总论更多>>
- 基于子图模式的巨强连通体局域结构特征(英文)
- 2011年
- 对代谢网络的"蝴蝶结"结构进行研究吸引了众多科研人员的关注。当前,基于复杂网络理论的全局拓扑结构特征已经被广泛用于研究这种"蝴蝶结"结构的组织原则,然而基于局域结构特征的研究相对较少。本文分析了10种有机物代谢网络及其相应的巨强连通体部分的网络模体(即频繁的子图)。结果显示代谢网络及其相应的巨强连通体部分的网络模体非常相似,这从局域结构特征的角度论证了代谢网络巨强连通体部分的重要性。
- 丁德武黄海生何小青彭秀芬
- 关键词：蝴蝶结代谢网络
- 基于链接聚类的代谢网络社团结构研究被引量：2
- 2011年
- 社团结构分析有助于识别代谢网络中的功能模块,有助于理解代谢网络的结构和功能关系,是代谢网络研究领域的一个重要研究课题。然而,当前的社团结构分析方法均依赖于对网络中的节点进行聚类分析,导致每个节点只能属于某一个社团。采用了一种对复杂网络中的链接进行聚类分析的方法,对高质量金黄色葡萄球菌代谢网络模型的巨强连通体进行了社团结构分析,得到了10个具有生物学意义的功能模块,结果表明链接聚类可用于识别新陈代谢网络中的功能社团。
- 丁德武吴璞计博婧王汝传
- 关键词：社团结构功能模块链接聚类代谢网络
- 基于QPSO算法的3D多模医学图像配准被引量：4
- 2011年
- 基于互信息的配准方法具有精度高、鲁棒性强的特点。但基于互信息的目标函数存在许多局部极值,给配准的优化过程带来了很大的困难。把量子行为的粒子群优化算法(QPSO)应用到了3D医学图像配准中。QPSO不仅参数个数少,其每一个迭代步的取样空间能覆盖整个解空间,因此能保证算法的全局收敛。实验结果表明,该算法能够有效地克服互信息函数的局部极值,大大提高了配准精度,与美国Vanderbilt大学的"金标准"比较,达到了亚像素级的精度。
- 丁德武李慧孙俊须文波
- 关键词：图像配准互信息
- 人代谢网络巨强连通体的复杂网络分析被引量：1
- 2011年
- 采用复杂网络理论分析了人代谢网络的巨强连通体。通过对高质量人代谢网络数据的整理,获取了该网络巨强连通体中的所有代谢反应。用代谢物图表示这些反应形成了一个网络,它包含了256个节点和648条连线。选用模拟退火算法对该网络进行社团结构分析,发现得到的模块具备重要的生物学功能。通过多种不同的中心化方法,分析了该网络的关键节点,并讨论了它们的生物学和理疗意义。
- 丁德武刘旭东
- 关键词：代谢网络复杂网络理论社团结构中心化
- Linux与人类代谢的自相似性实证研究
- 2012年
- 对现实世界复杂网络的自相似性进行实证分析是当前该领域的一个热点问题。文章首先介绍了复杂网络自相似性的基本概念,随后阐述了自相似指数及其计算方法盒覆盖算法的基本原理和方法,最后对Linux与人类代谢这两种不同类型的复杂系统进行自相似性实证研究。研究结果表明,它们都是自相似的。
- 丁德武
- 关键词：复杂网络代谢网络自相似
- 激酶与磷酸酶交互网络的中枢(英文)
- 2011年
- 蛋白激酶与磷酸酶是细胞信号转导途径中的最重要元素,最近出版了酵母的全局蛋白激酶与磷酸酶交互(KPI)网络。由于缺乏详尽的热力学参数,拓扑的(或结构的)分析方法被用于研究该网络,例如,度中心化指标被用于识别该网络中央的蛋白。但是,对真实世界的网络模型使用单一的中心化指标明显不合理,需要组合多种指标综合考虑。本文首先比较了14种不同的中心化指标,然后将它们应用于蛋白激酶与磷酸酶交互网络,最后确定了该网络的10个中央的蛋白并讨论了它们的生物学意义。
- 丁德武谢杨梅夏启寿
- 关键词：中心化信号途径系统生物学
- 代谢网络结构与功能的复杂网络分析
- 2011年
- 细胞的新陈代谢过程可以抽象地描述成交互的复杂网络,越来越多的证据表明这种描述和分析有助于理解代谢网络的结构和功能。本文首先对高质量金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)代谢网络数据进行整理,构建了该网络中的所有代谢反应列表。随后用代谢物图(即节点表示代谢物,连线表示代谢反应)来表示这些反应,形成的网络包含了855个节点和1353条连线。最后用复杂网络理论分析了该网络的全局结构特征、巨强连通体的功能模块和关键节点等,并深入分析了网络的蝴蝶结结构,得到的功能模块以及关键节点的生物学功能意义。
- 丁德武黄海生陆克中何小青计博婧
- 关键词：代谢网络复杂网络社团结构中心化
- 基于Petri网T不变量的PHB新陈代谢建模分析(英文)被引量：1
- 2010年
- 从拓扑结构的角度分析生化反应网络是生物信息学研究中的一个热点问题。通过将两种传统的途径分析方法(基元模式和极端途径)与Petri网的T不变量分析进行了比较,结果表明:它们本质上是一致的,但是采用Petri网的T不变量分析更便捷。然后,利用Petri网技术构建了PHB代谢模型。对该模型作了结构分析,将计算得到的23个T不变量进行了分组:I组表示简单的可逆反应,II组表示循环的反应,III组可用于调控ATP/ADP比率,IV组是与PHB生产直接相关的反应,可用于代谢工程以提高PHB的产率。最后讨论了Petri网的T不变量分析在这个领域中的应用。
- 丁德武何小青陆克中吴璞黄海生
- 关键词：代谢网络PETRI网系统生物学
- 极端嗜盐古菌代谢网络研究
- 2012年
- 极端嗜盐古菌(extreInely thermophilic archaea)属于广域古菌界盐杆菌科,是古菌域中的典型生理类群,也是重要的极端微生物资源。文章主要对一种极端嗜盐古菌——盐沼盐杆菌(Halobacterium salinarum R1)——代谢网络的结构与功能进行了分析。对高质量盐沼盐杆菌代谢网络数据进行整理,构建了其中所有的代谢反应列表,并用代谢物图来表示。分析了该网络的功能模块和关键节点,并讨论了它们的生物学功能意义。
- 丁德武
- 关键词：复杂网络代谢网络模块性系统生物学
- 计算机科学领域作者合作网络及其分析被引量：2
- 2010年
- 对作者合作网络的实证分析是当前情报学等领域的一个热点问题。本文运用复杂网络方法研究了计算机科学领域的作者合作网络。对2005年1月至2008年12月间一计算机杂志上的论文作者进行了统计。分析了一些重要的网络统计参数,对各年作者合作网络的最大连通子网络进行了比较分析,并结合采用多种中心化分析指标对最大连通子网络进行了中心化分析。
- 李慧丁德武须文波
- 关键词：复杂网络小世界中心化
