国际科技合作与交流专项项目(2004DFA01500)
- 作品数：2 被引量：23H指数：2
- 相关作者：王建国王素华王宝雷李正名马翼更多>>
- 相关机构：南开大学更多>>
- 发文基金：国际科技合作与交流专项项目国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：化学工程更多>>
- 脒类KARI酶抑制剂的分子对接和3D-QSAR研究被引量：14
- 2006年
- 对设计合成的20个单脒类化合物的水稻KARI酶体外抑制活性和体内除草活性进行了分子对接和三维定量构效关系研究.前者采用AutoDock3.0方法,研究发现化合物活性变化趋势与分子对接计算结果基本一致,通过分析化合物9与KARI酶活性氨基酸残基结合模式发现,残基Glu319,Asp315,Glu496,Gly253,Met254,Cys517等对氢键和静电相互作用以及疏水作用都有重要贡献;后者研究采用比较分子力场分析(CoMFA)方法,结果表明立体场和静电场对活性的贡献分别为67.8%和32.2%,交叉验证系数rc2v=0.774,非交叉验证r2=0.999,F=1593.134,标准偏差s=0.036,所建立的3D-QSAR模型对化合物除草活性具有较好的预测能力.两种方法研究结果为进一步设计合成更高活性的KARI酶抑制剂提供了指导.
- 王宝雷王建国马翼李正名李永红王素华
- 关键词：分子对接三维定量构效关系
- N-[2-(4-甲基)嘧啶基]-N′-2-硝基苯磺酰脲的合成、晶体结构、生物活性及其与酵母AHAS的分子对接被引量：9
- 2006年
- 合成了磺酰脲化合物N-[2-(4-甲基)嘧啶基]-N′-2-硝基苯磺酰脲,用元素分析、红外、核磁共振氢谱对产物进行了表征,培养并测定了其晶体结构.晶体属三斜晶系,P1空间群,晶胞参数a=0.54159(1)nm,b=1.1533(3)nm,c=1.1857(4)nm,α=83.907(6)°,β=81.048(5)°,γ=77.637(4)°,V=0.7126(4)nm3,Dc=1.572g/cm3,Z=2,F(000)=348,R=0.0659,wR=0.1217.在晶体结构中,杂环上的一个N原子与脲桥上邻近的N原子上的H构成分子内氢键.测定了对酵母AHAS的离体抑制活性,其抑制常数Ki为(2.48±0.35)×10-7mol/L.用分子对接方法,将目标化合物晶体结构对接到靶酶酵母AHAS的活性位点,发现对接完毕目标化合物的构象与复合物晶体中的磺酰脲分子构象接近,并得到了合理的生物活性预测值.该研究为进一步理解磺酰脲类的分子结构、药物活性并设计新的分子提供了帮助和指导.
- 王建国马宁王宝雷王素华宋海斌李正名
- 关键词：磺酰脲晶体结构生物活性分子对接
