国家自然科学基金(31371339)
- 作品数：3 被引量：5H指数：2
- 相关作者：孙啸刘宏德谢建明刘亚军张峰更多>>
- 相关机构：东南大学南京审计大学新疆医科大学第一附属医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划新疆维吾尔自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 下一代测序技术在干细胞转录调控研究中的应用被引量：2
- 2017年
- 基因转录调控及其机制分析是后基因组时代生物学研究的重点之一。随着高通量测序技术的发展,人们可以从不同层面研究基因的转录调控行为,从转录组、转录因子结合,到染色质局部结构和整体空间构象,可系统分析转录调控的分子机制。干细胞分化过程的转录调控分析对研究再生医学和理解细胞癌变机制等具有重要意义。本文综述了下一代测序技术在干细胞转录调控研究中的应用,包括:(1)基于基因芯片或RNA测序的转录组分析;(2)基于染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,Ch IP)测序的表观基因组和转录因子结合信息的分析;(3)基于DNase酶切测序(DNase-Seq)的染色质开放性分析;(4)基于高通量染色质构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术的染色体远程相互作用分析。从基因表达谱、转录因子结合和基因组三维结构等层面展开介绍,重点关注了一些多能性转录因子(Oct4、Sox2和Nanog等)在维持干细胞干性和分化中的调控作用,以期为干细胞转录调控的研究提供借鉴和参考。
- 刘亚军张峰刘宏德孙啸
- 关键词：胚胎干细胞转录组CH
- Hi-C的干细胞染色质多重相互作用特征分析
- 2017年
- 染色质高级结构是基因转录调节的重要因素,染色质多重相互作用是高级结构中的一种,是多个(≥3)染色质片段在空间上相互接触而形成的紧凑结构。为了解染色质多重相互作用这类高级结构的特征及其在干细胞中分化中起到的作用,通过对Hi-C数据进行相关分析并计算基因的FPKM表达量,研究了染色质多重相互作用。分析发现:多重相互作用约占所有作用的30%,包含近70%的基因;此类作用区域的高表达基因多于低表达基因;且与组蛋白乙酰化相关性高。在分化过程中,多重作用位点数目和比例减少;位于多重作用区域的基因的表达略有降低;组蛋白乙酰化(H3K27ac和H3K23ac)在多重作用区域的减弱,而组蛋白甲基化(H3K4me3和H3K27me3)倾向于增强。结果表明,染色质多重相互作用是一种广泛存在的染色质高级结构,在干细胞分化中有重要作用,此类结构多具有H3K27ac修饰,调节基因的表达。总之,染色质多重相互作用是一种重要的基因转录调节因素,在细胞分化中具有调控作用。
- 张峰刘亚军谢建明孙啸刘宏德
- 关键词：基因表达组蛋白修饰
- 多细胞类型间表观基因组测序信息的差异识别方法和工具
- 表观遗传指由非DNA序列变化引起的可遗传的能改变细胞基因表达的因素。表观基因组是在组学尺度上研究这些表观遗传因素的信息，主要包括各类组蛋白修饰、DNA甲基化、核小体分布、非编码RNA作用等。 核小体是染色质的基本结构单...
- 谢嘉浩
- 文献传递
- 核小体及染色质修饰的基因组分布模式和染色质状态被引量：3
- 2013年
- 染色质是真核DNA的存在方式,可以通过影响DNA的可及性调节基因转录,其基本单元为核小体,系由约147 bp的DNA缠绕在组蛋白八联体上形成的结构,核小体之间以连接DNA相连.核小体组蛋白上能发生甲基化和乙酰化等化学修饰.核小体位置、DNA的甲基化和组蛋白的修饰等对染色质状态(常染色质或异染色质)及基因组之间的长程相互作用有重要影响.近年,基于高通量测序技术,核小体位置和染色质修饰在多种细胞中的基因组分布已被测定.结果显示,这些标记的分布模式具有位点特异、动态变化、相互偶联和高度复杂的特征.本文详细回顾并评述了核小体位置和染色质修饰的分布模式、对应生物学功能、修饰之间的关联、实验测定技术、染色质状态的计算分析等内容.该工作对于深入认识和理解染色质的表观遗传调节机制有重要意义.
- 刘宏德罗坤马昕翟金城谢建明孙啸万亚坤
- 关键词：染色质核小体组蛋白修饰
