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国家自然科学基金(299925902)

作品数:8 被引量:75H指数:4
相关作者:徐筱杰侯廷军茹炳根安钰廖宁更多>>
相关机构:北京大学北京工业大学更多>>
发文基金:国家自然科学基金北京市自然科学基金更多>>
相关领域:理学医药卫生生物学更多>>

文献类型

  • 7篇中文期刊文章

领域

  • 4篇理学
  • 2篇医药卫生
  • 1篇生物学

主题

  • 4篇分子
  • 2篇蛋白
  • 2篇动力学
  • 2篇金属硫蛋白
  • 2篇晶体
  • 2篇聚体
  • 2篇二聚体
  • 2篇分子动力学
  • 1篇电势
  • 1篇动力学模拟
  • 1篇动力学稳定性
  • 1篇阳离子
  • 1篇药物
  • 1篇药物分子设计
  • 1篇药效团
  • 1篇药效团模型
  • 1篇质谱
  • 1篇质谱联用
  • 1篇中草药
  • 1篇中草药活性成...

机构

  • 7篇北京大学

作者

  • 7篇徐筱杰
  • 5篇侯廷军
  • 3篇安钰
  • 3篇茹炳根
  • 2篇廖宁
  • 1篇朱丽荔
  • 1篇谢建春
  • 1篇唐有祺
  • 1篇骆宏鹏
  • 1篇吴增茹

传媒

  • 3篇物理化学学报
  • 1篇高等学校化学...
  • 1篇无机化学学报
  • 1篇化学学报
  • 1篇化学进展

年份

  • 1篇2004
  • 2篇2002
  • 4篇2000
8 条 记 录,以下是 1-7
排序方式:
大鼠金属硫蛋白晶体堆积形式的理论研究被引量:5
2002年
考虑到蛋白质在结晶过程中溶液和晶体之间的动态平衡 ,蛋白质在溶液中的聚合状态决定了晶体堆积的最小单元 .通过动态光散射实验以及计算机模拟 ,对大鼠金属硫蛋白亚型 和兔肝金属硫蛋白亚型 和 的聚合物形式进行了比较 ,可以确定大鼠金属硫蛋白亚型 在结晶条件下的缓冲液中应该以四聚体而不是二聚体形式存在 .通过考察晶体的模型也可以发现 ,晶体的确可以通过四聚体的形式堆积得到 。
侯廷军安钰茹炳根徐筱杰
关键词:二聚体三聚体四聚体X射线晶体学
分子烙印亲和色谱与质谱联用实现中草药活性成分分离鉴定一体化被引量:20
2002年
以骆驼蓬种籽中抗肿瘤活性化合物哈尔明及哈马灵的结构类似物哈尔满作为模板 ,用非共价键法制备了对哈尔明及哈马灵具有强亲和性的分子烙印聚合物 .此分子烙印聚合物作为液相色谱固定相与大气压电离飞行时间质谱联用 ,直接分离鉴定了草药骆驼蓬种籽甲醇粗提物中所含的哈尔明及哈马灵两种抗肿瘤活性成分 .实验结果证明了通过分子烙印亲和色谱与质谱联用方法 ,快速有效地对中草药活性成分分离鉴定是可能的 .
谢建春朱丽荔徐筱杰
关键词:质谱中草药活性成分分子烙印骆驼蓬联用技术
晶体工程及其在化学中的应用被引量:36
2000年
晶体工程是实现分子到材料的一条重要途径 。
徐筱杰唐有祺
关键词:晶体工程分子间相互作用分子晶体
丙型肝炎病毒抑制剂的三维药效团和构效关系被引量:1
2000年
通过CATALYST软件包得到了两类HCVNS3丝氨酸蛋白酶抑制剂的三维药效团模型.尽管这两类抑制剂具有完全不同的骨架结构,但得到的药效团却具有共同的特性.这表明当这两类抑制剂和受体发生相互作用时,可能采用了相似的结合模式.根据药效团模型,进行了三维构效关系的研究.结果表明 ,得到的药效团模型具有很好的预测能力 (线性回归系数R=0.89).
侯廷军吴增茹廖宁李正骆宏鹏汪家权徐筱杰
关键词:药效团模型
三种金属硫蛋白动力学稳定性的理论研究被引量:3
2000年
对三类金属硫蛋白 (大鼠金属硫蛋白亚型II,兔肝金属硫蛋白亚型I和兔肝金属硫蛋白亚型II)的单体和二聚体进行了水溶液条件下的分子动力学模拟.其中大鼠金属硫蛋白亚型II的结构直接来自于晶体数据 ,兔肝金属硫蛋白亚型I和II的结构则通过同源蛋白模型搭建.动力学模拟的结果显示,这三种单体在水溶液中都具有相当大的柔性 ,柔性主要来源于柔性区的氨基酸残基.三类金属硫蛋白单体的动力学模拟均表明α结构域的动力学稳定性都要优于 β结构域.从主链的坐标均方根偏差可以看到,二聚体的动力学稳定性要明显优于单体 ,这主要因为在形成二聚体后柔性区域残基的构象空间受到了一定的限制.
侯廷军安钰茹炳根徐筱杰
关键词:分子动力学金属硫蛋白动力学稳定性
金属硫蛋白聚合中阳离子作用机制的研究
2000年
It has been proven by experiments that cations play a very important role in metallothioneins polymerization. In this paper, three kinds of metallothioneines including MT-Ⅱfrom rat liver, MT-Ⅰand MT-Ⅱfrom rabbit have been investigated.From the analyses of electrostatic potential, two binding sites of cations can be determined:The first one is located between the dimer interface; the other one is located in the negative electrostatic potential hole.The binding capacity between two monomers in a dimer can be regulated by these cations to some extent.
侯廷军安钰廖宁茹炳根徐筱杰
关键词:金属硫蛋白静电势阳离子二聚体
基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法被引量:9
2004年
近些年 ,基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注 ,其中MM PBSA就是最具代表性的方法。在MM PBSA中 ,体系的焓变采用分子力学 (MM )的方法计算得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Poisson Boltzmann(PB)方程的方法计算得到 ;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积 (SA)计算得到。本文结合我们科研组的工作 ,就近几年MM PBSA方法的最新进展做了较为详细的阐述 ,同时对MM PBSA的发展前景进行了展望。
侯廷军徐筱杰
关键词:分子动力学模拟自由能计算方法药物分子设计计算机辅助设计
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