浙江省重点科技计划(2003C22007)
- 作品数：14 被引量：209H指数：9
- 相关作者：薛庆中刘庆坡张金锋冯英田振涛更多>>
- 相关机构：浙江大学中国科学院杭州华大基因研发中心更多>>
- 发文基金：浙江省重点科技计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 遗传密码子及其应用被引量：13
- 2006年
- 作为生命信息的基本遗传单位,基因组遗传密码的破译对于人们加深对生命本质的认识具有重要的理论价值和现实意义.目前,遗传密码子的研究重心已由遗传密码子的破译及反常密码子的发现转入到遗传密码子的起源与进化及扩张等研究.遗传密码子的起源与进化是当今基因组学研究的热点命题之一,相关的学说、假设层出不穷,但尚未取得实质性突破.另一方面,无义密码子的再定义及遗传密码的扩张等研究却极大的丰富和发展了遗传密码子的科学内涵,推动了生命科学研究的发展.文章综述了遗传密码子的多态性、起源与进化、无义密码子的再定义及遗传密码的扩张等方面的研究进展,并就其应用价值作了评述,期待为其在基因组学、医学等相关领域的应用研究提供参考.
- 刘庆坡薛庆中
- 关键词：遗传密码进化
- 粳稻叶绿体基因组的密码子用法被引量：33
- 2004年
- 基因组密码子使用受多种因素的影响 ,本试验通过对应分析探讨了若干重要因子对粳稻品种“日本晴”叶绿体全基因组序列密码子用法的效应。结果指出 ,在影响最大的第一条向量轴上 ,基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)和GC3s极显著相关 (r =0 785 和 - 0 80 4 ) ,而CAI与GC3s高度负相关 (r =- 0 917 ) ;说明基因表达水平的高低是影响密码子使用的主要因素 ,并且高表达的基因强烈偏好使用以T或A结尾的密码子。基因编码区碱基组成的影响力远不及基因的表达水平 ,G +C含量与ENC、CAI以及第一条向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0 344 、- 0 4 2 2 和 - 0 4 2 1 ;相关性测验和方差分析均表明基因长度对密码子的使用影响不大 ,估计与那些编码未知功能的ORFs的存在有关 ;复制转录对密码子的使用没有明显的选择。将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合 ,确定了TGT和GAA等 12个密码子为叶绿体基因组的主要偏爱密码子。
- 刘庆坡薛庆中
- 关键词：叶绿体基因组密码子使用基因表达水平G+C含量
- 稻飞虱为害胁迫对水稻植株内主要保护酶活性的影响被引量：61
- 2004年
- 研究了水稻植株受白背飞虱和褐飞虱为害后体内的活性氧清除系统主要酶活性的变化动态。结果表明,受白背飞虱为害后,稻株体内的超氧化物歧化酶(SOD)活性增加、过氧化氢酶(catalase)活性下降,过氧化物酶(POD)活性变化在抗虫和感虫材料中有差异,前者活性增加,后者下降;受褐飞虱为害后,SOD活性增加,catalase和POD活性在抗虫材料中下降,而在感虫材料中增加;其为害造成的抗虫材料SOD活性增长率和感虫材料catalase活性下降率均比白背飞虱高。这和褐飞虱的取食量明显高于白背飞虱的取食量趋势相似。
- 张金锋薛庆中
- 关键词：白背飞虱抗虫植株为害水稻稻飞虱
- 起译密码子AUG侧翼序列对水稻基因表达水平的影响被引量：1
- 2004年
- 对541条水稻基因序列测定了其起译密码子AUG侧翼区序列(-20～+6)不同位点的同义密码子偏性及基因表达水平。结果表明,与密码子适应指数(CAI)和密码子偏好指数(CPP)、mRNA丰度呈显著或极显著相关的位点分别有5个(-19、-18、-9、-4和+5)、8个(-19、-18、-14、-9、-6、-4、-1和+5)和7个(-18、-16、-15、-9、-7、-1和+6),其中只有-4和+5位点与CAI和CPP的值正相关,表明上述位点在转录水平上处于有利进化的自然选择压。对高表达的变应原蛋白基因7个特殊位点(-18、-16、-15、-9、-7、-1和+6)的碱基作定点突变分子模拟,其表达量分别降低63.3%和72.5%,显示了这些位点对基因表达的重要性。AUG侧翼序列适应指数(AUGCAI)与侧翼区的G+C含量呈高度正相关(r=0.625),表明在AUG侧翼富集G+C对翻译起始更有效。紧邻起译密码子AUG侧翼序列8个位点(-6～-1和+4～+6,除-4外)对G或C强烈偏好,暗示这是调节翻译起始效率以及同义密码子偏性的重要因素之一,尤其是在高表达基因中。
- 刘庆坡谭军薛庆中
- 关键词：水稻起译密码子基因表达
- 拟南芥丝氨酸羧肽酶类蛋白家族的基因组学分析被引量：12
- 2005年
- 基于隐马可夫模型,利用已知丝氨酸羧肽酶(SerineCarboxypeptidases,SCP)氨基酸序列作为训练集,搜索拟南芥全蛋白质组数据库,鉴定了54个推定的SCPL(丝氨酸羧肽酶类,SerineCarboxypeptidaseLike)基因,详细分析了各基因的结构特征、染色体定位与编码的蛋白质序列,发现7个可能最近发生复制事件的基因簇聚区,并且其SCPL基因广泛存在交替剪接方式。系统进化分析表明,88.9%基因编码的蛋白质属于双链羧肽酶Ⅰ或Ⅱ亚族,仅11.1%蛋白质属于单链羧肽酶Ⅲ亚族,暗示SCP蛋白不仅具有独特拓扑结构的催化中心与高度保守的“α/β水解酶折叠”三级结构,其DNA或蛋白质序列特征也可以作为系统进化研究依据。
- 冯英刘庆坡贾佳薛庆中
- 关键词：基因家族拟南芥进化
- 淡绿叶标记光温敏核不育水稻叶色及育性的遗传分析被引量：19
- 2005年
- 以2个淡绿叶色标记的粳稻光温敏核不育系(TS1、TS3)和4个正常叶色可育系杂交,对其F2 、F3群体进行叶色和育性遗传分析,结果表明,淡绿叶遗传受2对基因控制,其中1对基因对另1对基因有抑制作用;不育性的遗传由2对主效基因及一些微效多基因共同影响;控制叶色和育性的基因各自独立遗传。应用累积分布曲线基因分析方法证明TS1 Waa2 4F3淡绿叶遗传符合AB 2对基因模型理论曲线。认为淡绿叶标记性状是缺少显性抑制基因(I)控制所致。
- 陶华薛庆中田振涛
- 关键词：水稻雄性不育
- 籼稻恢复系对褐飞虱和白背飞虱的抗性遗传分析被引量：4
- 2005年
- 本研究以3个籼稻花培恢复系TE358、TE363、TE367和2个不育系Ⅱ32A、协青早A的杂交组合F1、F2群体、回交群体BC1F1为材料,在对褐飞虱和白背飞虱的抗性鉴定基础上,进行了抗性遗传联合分析。结果表明,供试籼稻恢复系对白背飞虱的抗性均受1对显性基因控制,对褐飞虱的抗性均受1对隐性基因控制,且两者独立遗传;为杂交水稻抗双飞虱(褐飞虱和白背飞虱)育种实践提供了优良种质和理论依据。
- 张金锋薛庆中
- 关键词：籼稻白背飞虱褐飞虱显性基因隐性基因
- 偏分离分子标记的作图方法被引量：12
- 2004年
- 对取自MAPMAKER软件小鼠F_2群体(含333个体)的5个RFLP连锁标记数据作了共显性分子标记偏分离的分析。先确定选择类型的方程组(配子或合子),随后采用Newton-Raphson迭代法估算标记间的重组值。在构建分子标记遗传图谱时,如果两个相邻标记均存在偏分离,最好采用纳入偏分离因子的估算方法。在估计F_2群体标记间偏分离重组距离上,用连续x^2检测方法比传统x^2检测更为准确。
- 谭军薛庆中
- 关键词：分子标记偏分离
- 植物蛋白质组学研究进展被引量：12
- 2004年
- 植物结构蛋白质组学研究目的在不断变化。早期旨在比较不同基因型和株系,估测系统发育距离。随后是用蛋白N端Edman测序法或氨基酸分析法鉴定蛋白。如今,应用双向凝胶电泳和质谱法,已能联手成功地解决蛋白分离和鉴定问题。这将有助于对不同突变系与野生型作比较和对不同的表达基因鉴定,应用数据库和作图软件有可能获得功能蛋白构象。
- 季芝娟薛庆中
- 关键词：数据库双向凝胶电泳质谱
- 寻找水稻DNA编码与非编码区边界方法的比较研究被引量：2
- 2005年
- 在分析DNA序列复杂度、预测基因编码区和非编码的DNA边界识别等问题中,以熵为基础构造的离散量度量提供了一种强有力的工具。为改进寻找水稻基因编码与非编码区边界的效率,提出了两个新的离散量度量(αKL离散量与αJensenShannon离散量),根据密码子的GC含量对氨基酸对应密码子构建了粗粒化向量。比较了融合JensenShannon离散量、JensenRenyi离散量、αKL离散量和αJensenShannon离散量等不同向量所获得的精度,结果表明,在对水稻基因编码区‘终止子’的识别效率上,构建的密码子粗粒化向量融合新引进的度量方法比Bernaola等人的方法(2000)提高了4～5倍。
- 孙奕钢高雷张忠华薛庆中
- 关键词：编码区水稻
