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国家高技术研究发展计划(2003AA231011): 作品数：13 被引量：37H指数：4; 相关作者：骆清铭李亦学张国庆曹顺良刘谦更多>>; 相关机构：华中科技大学上海生物信息技术研究中心上海交通大学更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划国家科技基础条件平台建设计划国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：自动化与计算机技术生物学农业科学医药卫生更多>>

FluxExplorer:一个通用的基于化学计量矩阵的代谢网络建模和分析平台被引量：2: 2006年; 近年来基于化学计量矩阵的生物代谢网络分析在系统生物学研究领域备受关注.为该领域的研究者开发更加方便和友好的硅上模拟平台已成为一项重要工作.这种平台应提供图形化的操作方式,整合强大的分析模块,帮助生物学研究者更深入地理解代谢系统的特性和行为.基于这种需求,我们开发了一个免费共享的计算机模拟平台FluxExplorer.它整合了多种基于化学计量矩阵的分析方法,如流平衡分析(fluxbalanceanalysis,FBA)等.这些分析方法可对代谢网络的各种特性进行全面而深入的刻画.在该平台上,用户只需通过简单的图形化建模过程,就能直观构建并分析自己的目标网络.同时,该平台能自动地查找模型中不符合建模规则的结点,以便用户修改.此外,该平台支持系统生物学建模语言(systemsbiologymarkuplanguage,SBML).利用该平台成功地构建了哺乳动物线粒体的代谢网络,并得到了一些有生物学意义的模拟结果.可以说,该平台是一个分析功能强大且使用方便的代谢网络模拟工具.; 罗若愚廖莎曾绍群李亦学骆清铭; 关键词：代谢网络计算机模拟系统生物学

大规模蛋白质相互作用数据的分析与应用被引量：14: 2005年; 蛋白质相互作用在生命活动中起着重要的作用.目前已开发出几种实验和计算方法能够得到大规模蛋白质相互作用数据.但是,与传统的实验结果相比,蛋白质相互作用大规模数据中存在着比例较高的假阳性.为了能够充分利用这些数据,需要建立生物信息学方法对这些数据进行系统的评价,进而提高数据的可信度,并从中挖掘出有价值的生物信息.本文对目前蛋白质相互作用大规模数据的计算分析和应用进行了总结,包括蛋白质相互作用数据评估方法、与蛋白质其他信息的关系以及在生物学研究中的应用,并提出了开发分析和挖掘蛋白质相互作用数据工具的主要方向,以期有助于这些数据的研究和应用.; 孙景春徐晋麟李亦学石铁流; 关键词：蛋白质相互作用蛋白质功能预测生物途径大规模数据生物学研究生命活动

钩端螺旋体蛋白质相互作用网络预测与系统分析被引量：4: 2006年; 问号钩端螺旋体是一种致病菌,能够引起人畜共患病．该细菌全基因组序列测序的完成,为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了基础．本研究通过整合4种计算方法(基因融合法、基因邻居法、系统发生谱法和操纵子法)来预测钩端螺旋体赖株蛋白质相互作用网络．对运动和趋化系统、信号传导系统、脂多糖生物合成以及黏附、侵袭等有关蛋白质之间的相互作用进行了详细分析．除此以外,根据蛋白质的相互作用网络以及功能分类,预测了203个未知蛋白质可能的功能．这不仅为进一步研究钩端螺旋体赖株的致病机制提供了一个资料,也为在基因组范围内应用生物信息学方法研究微生物提供了一个实例．; 孙景春徐晋麟曹建平刘琪郭晓奎石铁流李亦学; 关键词：问号钩端螺旋体

GenCenter:一个基因综合信息数据集成系统: 2006年; GenCenter集成了已被实验验证以及功能已经明确了的基因信息,增加了基因相关的核酸序列、蛋白质结构、专利以及与该基因相关的疾病、药物与文献等信息.描述了GenCenter的体系结构、数据库构成、关键技术、功能.; 李杨曹顺良曹文君李亦学; 关键词：基因文本挖掘生物信息学

基于Web的代谢网络仿真环境: 2006年; 针对实时服务的需求和大规模代谢网络的大计算量,构建了一个基于集群系统的多层体系结构的代谢网络仿真环境,主要采用Applet技术、系统生物学描述语言(SBML)、Servlet与Applet之间的通信技术、线程池技术和负载平衡机制来实现。基于这个仿真环境,结合已有的代谢网络仿真技术,提供了一个远程在线的代谢网络的仿真服务。该仿真环境不仅便于升级和维护,而且具有平台无关性、强大的计算性能和对重负荷的支持能力。; 张升蓉罗若愚刘谦李亦学骆清铭; 关键词：APPLET SERVLET 线程池负载平衡机制

基于线性判别分析的基因表达数据分类方法研究被引量：5: 2006年; 由于基因表达数据高属性维、低样本维的特点,Fisher分类器对该种数据分类性能不是很高。本文提出了Fisher的改进算法Fisher_List。该算法独特之处在于为每个类别确定一个决策阀值,每个阀值既包含总体样本信息,又含有某些对分类至关重要的个体样本信息。本文用实验证明新算法在基因表达数据分类方面比Fisher、LogitBoost、AdaBoost、k-近邻法、决策树和支持向量机具有更高的性能。; 张旭东王亚东李霞苏小红; 关键词：决策树支持向量机基因表达数据

生物医学信息系统及Ontology构建: 2006年; 介绍了生物医学信息系统的设计、实现及其功能,并讨论了on to logy及知识库构建的相关问题.基于现有的浪潮天梭TS10000集群系统,采用数据处理的新技术和新方法构建的这一用户化的、可扩展的综合系统,支持用神经影像方法来对脑结构、功能和疾病进行研究;为新的知识发现提供大量的文献数据集及神经影像on to logy和基础知识库.; 游俊张杰骆清铭曾绍群; 关键词：生物医学工程神经信息学神经影像 ONTOLOGY 知识库

数字大鼠整体断层解剖数据集的制备技术被引量：1: 2006年; 从实验动物的选择以及样本的冷冻固定、样本的包埋与冷冻、实验数据的采集等方面探索了大鼠整体数据集的制备技术,并在此基础上获得了一套大鼠全身的高精度数字断层解剖数据集,该数据集包含高质量的二维横断面解剖图像9475张,单张图像的分辨率为4600×2580×24-bit,像素尺寸为0.020 mm×0.020 mm,切片厚度为0.020 mm,数据集总容量达314.68 GByte.断面图像的分析表明数据集的制备质量达到了较高的水平.该制备方法可为今后在整体层次上开展数字大鼠研究提供技术支撑.; 余雳刘谦白雪岭廖银萍骆清铭龚辉

用于时域有限差分计算的通用C++类库: 2005年; 设计了时域有限差分法相关C ++类库 ,在其基础上编制了高斯光束的时域有限差分计算程序 ,所得数值计算结果与精确解进行了比较 ,二者吻合良好。该类库可用于进行确定性电磁场问题的时域有限差分仿真 ,类库结构清晰、代码重利用率高。; 武志刚鲁强龚辉; 关键词：面向对象程序设计时域有限差分法

基于Java的基因本体工具包: 2006年; 针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析.; 张国庆骆清铭鲁强李亦学; 关键词：基因本体解析器图模型语义相似性

国家高技术研究发展计划(2003AA231011)

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