病原微生物生物安全国家重点实验室开放基金(SKLPBS0919)
- 作品数：2 被引量：11H指数：2
- 相关作者：许红梅王均常国辉蔡丽君更多>>
- 相关机构：重庆医科大学军事医学科学院更多>>
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- 相关领域：医药卫生更多>>
- 2009年重庆地区手足口病病毒分离鉴定被引量：4
- 2010年
- 目的：对2009年2-4月重庆地区流行的手足口病（Hand-food-and-mouth disease,HFMD）病原进行分离鉴定,以调查本地区HFMD流行病原学情况。方法：采集47例手足口患儿脑脊液、疱疹液、粪便、咽拭子、肛拭子共100份标本,分别接种于人横纹肌肉瘤细胞（Human rhabdomyosarcoma,RD）中进行病毒分离培养,对出现细胞病变（Cytopathic effect,CPE）的细胞上清,分别用肠道病毒通用引物、EV71属特异性引物和柯萨奇A16属特异性引物进行RT-PCR检测,并对PCR产物进行回收克隆测序鉴定,以确定本次疫情中肠道病毒（Enteroviruses,EV）的病原,将测序结果用生物学软件Bioedit同国际代表BrCr株进行序列比对及同源性相关分析,以鉴定此毒株遗传变异情况。结果：在处理后的100份HFMD患儿临床标本的细胞培养中,有份观察到明显的细胞病变,通过RT-PCR检测有7份呈肠道通用引物阳性,EV71特异性引物检测有3份呈阳性结果,而CA1特异性引物检测结果均为阴性,这3份EV71阳性临床标本来自2例门诊患儿和1例临床诊断疑似病例患儿,其PCR产物测序结果也证实为EV71病毒。结论：重庆地区2-4月发生的HFMD疫情主要是由EV71型引起的。
- 蔡丽君王均常国辉许红梅
- 关键词：手足口病肠道病毒71型
- 重庆地区2009年手足口病病原分离鉴定及病毒基因组特征被引量：7
- 2010年
- 目的对2009年重庆市手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)患儿粪便标本的病原进行分离鉴定及全基因组序列测定,并同相关毒株序列进行同源性比对和进化分析,以了解新分离病毒基因组序列特征及可能的传播来源。方法将47例手足口病患儿临床标本接种人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma,RD)进行分离培养,采用EV、EV71、Cox A16特异性引物对出现细胞病变的细胞上清进行PCR鉴定,同时电镜观察病毒颗粒形态,将鉴定的病毒基因组分为4个片段进行RT-PCR扩增,扩增产物纯化后进行PCR测序。通过末端重叠序列拼接成全长病毒基因组序列,利用生物信息学软件对序列进行比对分析,绘制进化树。结果在47例HFMD患儿临床标本接种RD细胞培养中,有7份观察到明显的细胞病变,通过RT-PCR检测有3份呈EV特异性引物及EV71特异性引物阳性,而所有标本Cox A16特异性引物检测为阴性,EV71特异性引物的PCR产物测序结果证实为EV71病毒,同时用电镜观察形态病毒感染的RD细胞,为圆形无包膜病毒颗粒,证实所分离病毒为EV71。测序获得的3株EV71病毒基因组全长分别为7 409、7 406 nt和7 404 nt,其VP1氨基酸序列同源性达99%以上。Blast分析表明重庆毒株Chongqing-2-09-China(GQ994990.1)、Chongqing-3-09-China(GQ994991.1)均与安徽阜阳2008年分离的3株EV71毒株同源性较高,重庆毒株Chongqing1-09-China(GQ994989.1)与2005年台湾分离984 polyprotein、1235 polyprotein序列毒株同源性最高,进化分析表明属于C4基因亚型。结论新分离的重庆EV71毒株基因组序列符合肠道病毒特征,与国内2008年安徽阜阳及台湾2005年分离的EV71病毒可能具有相同来源。
- 蔡丽君王均许红梅常国辉
- 关键词：手足口病EV71病毒基因组进化分析
