国家自然科学基金(81141094)
- 作品数：2 被引量：12H指数：1
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- 相关机构：南京军区南京总医院南京大学更多>>
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- miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析被引量：12
- 2012年
- 目的生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。方法运用多个在线数据库,研究miR-144/451基因簇的上游转录因子及下游靶基因间的多个反馈和前反馈环路,对参与miR-144/451基因簇调控环路的基因进行功能聚类分析,绘制miR-144/451基因簇的核心调控网络图。结果 miR-144/451基因簇与其上游转录因子GATA1有17个共调控的靶基因,与生物体蛋白磷酸化、性腺发育、上皮细胞分化、葡萄糖代谢等生化学过程密切相关,并参与胰岛素信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、Toll样受体信号通路、ErbB信号通路及黄体酮调节卵细胞成熟等体内重要生理过程。结论对miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析有助于理解其在细胞发育、细胞周期调控和肿瘤发生过程中的作用机制,为后续实验提供了理论依据。
- 聂伟伟唐林韦凤陈龙邦张辰宇朱琳李冬海管晓翔
- 关键词：微小RNA生物信息学反馈环路基因功能
- p73基因不同启动子区的结合元件和甲基化谱的差异比较
- 2012年
- 目的 p73基因含有两种不同的启动子结构,转录生成一些具有不同甚至相反的功能特性的异构体。利用生物信息学相关软件比较这两种p73基因启动子区的CpG岛以及潜在的转录因子结合位点的差异。方法利用GenBank获取人p73启动子序列,在线MethPrimer软件分析p73启动子序列中甲基化CpG岛;启动子在线分析软件Promoter2.0,Neural Network Promoter Prediction,Promoter SCAN,TFSEACH分析p73基因启动子区序列中潜在的转录因子结合位点。结果 p73基因有两个启动子结构。promoter1序列中含5个CpG岛,promoter2序列中含1个CpG岛。启动子相关软件分析评分在95分以上时,promoter1序列有11个潜在的转录因子结合位点。promoter2序列有9个潜在的转录因子结合位点。结论 p73基因启动子的甲基化区域以及潜在的转录因子结合位点的差异可能是导致转录产物的功能差异的重要因素。
- 唐林聂伟伟韦凤王丽陈龙邦管晓翔
- 关键词：DNA甲基化转录因子结合位点生物信息学分析
