广州市科技计划项目(2013J4100076)
- 作品数：2 被引量：3H指数：2
- 相关作者：欧阳蒲月王瑛曾少华莫小路沈笑飞更多>>
- 相关机构：广东食品药品职业学院中国科学院中国科学院华南植物园更多>>
- 发文基金：广州市科技计划项目广东省粤港关键领域重点突破项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 广藿香α-淀粉酶PcAMY1基因克隆和序列分析被引量：2
- 2014年
- 为了解广藿香对淀粉的利用,克隆了广藿香(Pogostemon cablin)的α-淀粉酶(alpha-amylase,AMY)基因,对其进行相关生物信息学分析。搜索本课题组建立的广藿香转录组数据库,获得AMY基因全长序列,并设计全长引物进行PCR验证;利用生物信息学软件对AMY基因进行生物信息学分析。本研究获得的广藿香AMY基因命名为PcAMY1基因(GenBank登录号为KC862311),该基因全长1 420 bp,编码422个氨基酸。基于生物信息软件分析了PcAMY1基因编码蛋白的理化特性。系统进化树分析结果表明,PcAMY1基因与牵牛(Ipomoea nil)的AMY序列同源性最高,与赤豆(Vigna angularis)、菜豆(haseolus vulgaris)、蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)等植物次之,与自然进化关系保持一致。PcAMY1基因在广藿香嫩茎、成熟茎、老茎、嫩叶、成熟叶、老叶中均有表达,但在老茎中表达量最高。成功克隆到广藿香PcAMY1基因,并对其进行相关生物信息学与基因表达分析。
- 欧阳蒲月刘永亮王瑛严振
- 关键词：基因克隆生物信息学分析
- 广藿香八氢番茄红素脱氢酶PcPDS1基因克隆和序列分析被引量：3
- 2013年
- 目的为阐明广藿香类胡萝卜素代谢途径,克隆了广藿香Pogostemon cablin八氢番茄红素脱氢酶(phytoene desaturase,PDS)基因,并对其进行相关生物信息学分析。方法搜索本课题组建立的广藿香转录组数据库,获得PDS基因全长序列,并设计全长引物进行PCR验证;利用生物信息学软件对PDS基因进行生物信息学分析。结果本研究获得的广藿香PDS基因命名为PcPDS1(GenBank登录号为KC854409),该基因全长1 960个碱基,编码569个氨基酸。基于生物信息软件分析了PcPDS1基因编码蛋白的理化特性。系统进化树分析结果表明,PcPDS1基因与黄龙胆Gentiana lutea的PDS序列同源性最高,与烟草Nicotiana tabacum、番薯Ipomoea batatas次之,与自然进化关系保持一致。结论成功克隆、分析了广藿香PcPDS1基因。
- 欧阳蒲月沈笑飞曾少华王瑛莫小路
- 关键词：广藿香八氢番茄红素脱氢酶基因克隆生物信息学分析
