国家重点基础研究发展计划(2012CB721002)
- 作品数：2 被引量：10H指数：2
- 相关作者：欧竑宇李鹏谭之磊贾士儒徐珍更多>>
- 相关机构：上海交通大学天津科技大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 链霉菌基因组中放线菌型整合性接合元件的识别被引量：2
- 2013年
- 【目的】链霉菌染色体重组和外源DNA片段插入是影响其遗传多样性的主要因素。旨在考察放线菌型整合性接合元件(AICE)在链霉菌遗传多样性中所发挥的作用。【方法】基于AICE的特征性模块,采用隐马尔科夫模型预测链霉菌基因组序列中的AICEs。【结果】在已全测序的12条链霉菌染色体和35个质粒中,共识别出29个AICEs,其中12个为首次报道。Streptomyces coelicolor基因组中发现了4个AICEs,而其近缘的Streptomyces lividans却没有。【结论】AICEs都整合在链霉菌染色体的核心区,且都具有典型的整合环出、复制和接合转移等核心模块,这些可自行转移的元件在链霉菌基因组可塑性中扮演了重要角色。
- 徐珍毕德玺李鹏谭之磊邓子新欧竑宇贾士儒
- 关键词：隐马尔科夫模型
- 链霉菌基因组岛和次生代谢物合成相关的生物信息学工具及数据库被引量：8
- 2013年
- 随着DNA测序技术的进步,迄今为止已有12个链霉菌基因组被测序。面对海量组学的数据,急需采用生物信息学方法来大规模深度挖掘这些重要微生物资源,进而实现链霉菌资源挖掘和代谢潜力释放的深度互动。围绕链霉菌基因组比较分析中菌株特有的基因组岛和次生代谢物生物合成基因簇的识别及功能解析等两个常见问题,本文收集了近期开发的一些常用生物信息学工具和二级数据库。以链霉菌染色体核心区和两臂的划分、天蓝色链霉菌和变铅青链霉菌基因组岛的识别、卡特利链霉菌巨型质粒的鉴别为例,简介了这些生物信息学资源的使用方法。此外,还简述了我们课题组进行放线菌型整合性接合元件识别和开发硫肽生物合成基因簇预测新工具的一些尝试。生物信息学工具和二级数据库在链霉菌基因组比较分析中有重要作用,可将研究重点迅速地聚焦在某株菌的可移动遗传元件和次生代谢物生成基因簇上,确定其对应的菌株特有表型,及解析新型化合物生物合成和调控机理。
- 欧竑宇
- 关键词：生物信息学
