“重大新药创制”科技重大专项(2009ZX09501-002)
- 作品数：2 被引量：15H指数：2
- 相关作者：王艳玲王任小李婕朱怀球刘永初更多>>
- 相关机构：中国科学院北京大学更多>>
- 发文基金：“重大新药创制”科技重大专项国家高技术研究发展计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学生物学更多>>
- 有机化合物脂水分配系数和溶解度的计算方法被引量：13
- 2010年
- 有机化合物的脂水分配系数和溶解度在药物化学以及环境化学的研究中是十分重要的物理化学性质,在许多涉及有机化合物在生物体内的吸收、转运、代谢以及在环境中迁移等过程的定量构效关系研究(QSAR)中发挥着不可替代的作用.目前在实践中应用较多的计算有机化合物脂水分配系数和溶解度的理论方法主要有片段加合法和基于描述符的方法.本文总结了这两大类方法的优缺点以及在该领域中未来可能的发展方向.
- 王艳玲李婕王任小
- 关键词：溶解度LOGS
- 基于迭代自学习的操纵子结构预测被引量：2
- 2011年
- 原核生物操纵子结构的准确注释对基因功能和基因调控网络的研究具有重要意义,通过生物信息学方法计算预测是当前基因组操纵子结构注释的最主要来源.当前的预测算法大都需要实验确认的操纵子作为训练集,但实验确认的操纵子数据的缺乏一直成为发展算法的瓶颈.基于对操纵子结构的认识,从基因间距离、转录翻译相关的调控信号以及COG功能注释等特征出发,建立了描述操纵子复杂结构的概率模型,并提出了不依赖于特定物种操纵子数据作为训练集的迭代自学习算法.通过对实验验证的操纵子数据集的测试比较,结果表明算法对于预测操纵子结构非常有效.在不依赖于任何已知操纵子信息的情况下,算法在总体预测水平上超过了目前最好的操纵子预测方法,而且这种自学习的预测算法要优于依赖特定物种进行训练的算法.这些特点使得该算法能够适用于新测序的物种,有别于当前常用的操纵子预测方法.对细菌和古细菌的基因组进行大规模比较分析,进一步提高了对基因组操纵子结构的普遍特征和物种特异性的认识.
- 吴文琪郑晓斌刘永初汤凯朱怀球
- 关键词：基因组分析操纵子
