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基于多种描述参数的嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组密码子偏好性分析: 2014年; 进化是生物最本质的特征,一直以来,密码子偏好分析是基因组进化研究领域的热点命题之一.文中以极端嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组为研究对象,基于不同密码子偏好描述参数对该基因组大、小染色体及质粒的蛋白质编码基因中密码子使用特点进行了系统研究.结果表明Haloarcula hispanica基因组各组分蛋白质编码基因倾向使用以G/C结尾的密码子,在偏好的26个密码子中只有两个密码子的使用在大、小染色体和质粒之间存在差异.进一步基于多种描述参数的对应分析发现大、小染色体中各参数的相关系数存在相似性,而与质粒则出现了较大的差异,这可能与三者之间的进化关系有关,因而该工作为今后原核生物大小染色体与质粒之间进化关系的研究提供了可靠依据.; 毕胜男于家峰; 关键词：嗜盐古菌基因组

基于同义密码子使用的原核生物基因组大、小染色体及质粒进化特征分析被引量：2: 2015年; 基于同义密码子偏好分析,对54个原核基因组大、小染色体及质粒中蛋白质编码基因的序列特征进行了对比分析。结果表明,大、小染色体中蛋白质编码基因的GC含量分布相近,质粒中蛋白质编码基因的GC含量分布与所在物种全基因组的GC含量差别较大。进一步的分析表明,大、小染色体共同偏好的密码子最多,且具有相近的起始密码子和终止密码子使用特征。基于对应分析的同义密码子使用模式分析表明,大、小染色体具有相近的序列特征,且大、小染色体及质粒之间具有不尽相同的影响因素。这些结果可为今后原核生物基因组进化研究提供可靠的方法和理论依据。; 毕胜男于家峰任景王吉华; 关键词：质粒

Reannotation of the protein-coding genes in Shewanella loihica PV-4 genome based on a hybrid method: ＜正＞As an excellent exoelectrogen in Microbial fuel cell,the genome of Shewanella loihica PV-4 was sequenced an...; Qing-Bin LiuJing RenJia-Feng YuJi-Hua Wang; 文献传递

不同类型细胞穿膜肽二级结构特征研究被引量：2: 2018年; 细胞穿膜肽是一类能以受体依赖或非受体依赖方式介导胞吞作用的小分子短肽,能够携带不同分子穿过细胞膜,这一特性使细胞穿膜肽成为一种有效的运输载体,为药物靶向治疗提供了新希望.本文从生物信息角度针对不同长度区间、运输不同类型分子细胞穿膜肽之间的异同二级结构特征进行了系统研究,同时进一步对不同穿膜方式对应的细胞穿膜肽二级结构特征进行了对比研究,结果表明不同类型细胞穿膜肽之间在二级结构组成上具有不同程度差异特征,为今后揭示细胞穿膜肽相关分子结构机制奠定可靠的理论基础.; 屈昂王哲于家峰王吉华

Shewanella oneidensis MR-1基因组蛋白质编码基因重注释预测及功能分析: 2016年; 公共数据库中蛋白编码基因错误注释问题影响了数据库的使用质量.通过综合运用多种计算方法对在生物能源及环境治理中具有重要应用的Shewanella oneidensis MR-1菌基因组蛋白编码基因进行了重注释,结果得到2个过注释基因,并发现了289个新基因.基于功能已知的蛋白质编码基因表明所采用的过注释算法得到的Ac、MCC、AUC分别为99.90%、0.9982和0.9999.基于BLAST和COG对预测得到的289个欠注释基因进行功能预测表明有152个欠注释蛋白质编码基因得到明确的生物学功能,为今后的深入研究提供了数据支持.; 刘青斌任景于家峰; 关键词：生物能源 SHEWANELLA

基于DNA序列分析的固有无序蛋白序列特征研究: 2016年; 固有无序蛋白是一类没有稳定三维结构,却能行使重要生物学功能的蛋白质,广泛参与多种生理与病理过程.目前对固有无序蛋白的研究还停留在蛋白质序列,因此借助混沌可视化模型,首次比较分析了固有无序蛋白有序区和无序区序列对应DNA序列的差异特征.结果表明,固有无序蛋白有序区和无序区在对应DNA序列的碱基组成及二联体核苷酸使用等序列特征存在差异.可为今后固有无序蛋白相关研究提供新思路.; 隋天翔王春玲于家峰; 关键词：DNA序列

基于氨基酸分类的固有无序蛋白序列特征分析被引量：2: 2014年; 固有无序蛋白是一类缺乏稳定结构的特殊蛋白质,在生命活动中行使重要的生物学功能,与人类重大疾病密切相关.通过将混沌可视化模型及氨基酸分类应用于蛋白质序列分析中,系统研究固有无序蛋白序列的多聚体特征.结果表明,运用CGR方法可以直观分析固有无序蛋白序列相关信息,也可以定量描述相关序列特征.对固有无序蛋白二聚体氨基酸的具体研究表明,固有无序蛋白对二聚体氨基酸的使用具有明显偏好性,为今后蛋白序列多聚体特征研究提供良好的研究思路.; 武恩斯于洋于家峰王吉华

基于密码子偏好特征的原核基因组多拷贝基因序列分析: 2014年; 基因重复是普遍存在的现象，与基因组进化密切相关，是基因组和遗传系统分化的重要推动力.目前针对原核基因组中蛋白质编码基因序列中的重复基因的系统研究还很少.本文以四种具有不同GC%含量的原核生物基因组为研究对象，用CodonW软件对各基因组中完全相同的功能基因的密码子使用偏好进行分析，用CD-hit软件对各基因组中以80%为阈值的重复蛋白编码基因进行分析.结果表明四个基因组的蛋白编码基因中普遍存在基因重复序列，其比例占到2.77%~7.03%.对序列完全相同的功能已知基因的分析表明其序列长度分布在50bp到1000bp左右的范围，多数长度在500bp以下；功能分析表明所研究基因组中大部分重复基因与转座酶有关，还有少量的编码转移酶、水解酶、跨膜蛋白、阻遏蛋白等.对各基因组中重复基因中序列完全相同的基因的密码子偏好性分析表明这些多拷贝基因坐落在基因组中某一特定区域并集中分布，展现出明显的共性特征.本文的尝试性工作将为今后原核基因组研究提供新思路.; 陈清利毕胜男于家峰; 关键词：重复基因

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国家自然科学基金(61302186)