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国家自然科学基金(30500106)

作品数:3 被引量:4H指数:1
相关作者:陈铭何飞吴平施清芸李霞更多>>
相关机构:浙江大学哈尔滨医科大学更多>>
发文基金:国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
相关领域:农业科学更多>>

文献类型

  • 3篇中文期刊文章

领域

  • 3篇农业科学

主题

  • 2篇水稻
  • 2篇基因
  • 2篇基于WEB
  • 1篇水稻基因
  • 1篇基因芯片
  • 1篇基因组
  • 1篇功能基因
  • 1篇功能基因组
  • 1篇ORYZA_...
  • 1篇WEB-BA...
  • 1篇AFFYME...
  • 1篇RICE
  • 1篇ANNOTA...
  • 1篇MICROA...

机构

  • 2篇浙江大学
  • 1篇哈尔滨医科大...

作者

  • 2篇陈铭
  • 1篇吴超
  • 1篇陈迪俊
  • 1篇张帆
  • 1篇施清芸
  • 1篇吴平
  • 1篇李霞
  • 1篇何飞

传媒

  • 1篇中国科学(C...
  • 1篇中国水稻科学
  • 1篇Rice s...

年份

  • 1篇2009
  • 2篇2007
3 条 记 录,以下是 1-3
排序方式:
RiceDB:基于Web界面的水稻基因芯片注释整合数据库被引量:3
2007年
开发了1个基于Web界面在生物学背景下注释水稻基因芯片的整合数据库RiceDB,它的注释信息比同类针对水稻Affymetrix 57K全基因组表达谱芯片的注释数据库更全面、更快捷且可以自动更新。它由8个功能模块组成,RiceMap建立水稻Affymetrix 57K探针组与基因的对应关系,从而提供来自各个水稻生物信息学数据库功能描述信息;RiceGO整合Gene Ontology数据库从生物学途径/分子功能和细胞构建对Affymetrix 57K探针组进行注释;RiceKO确定Affymetrix 57K探针组代表的基因可能参与的代谢与调控路径;RiceUP、RiceDO、RiceMR、RiceCD、RiceGF分别确定Affymetrix 57K探针组代表的基因上游小于1 kb启动子序列、结构功能域组成、受哪些水稻MicroRNA调控、染色体定位、基因家族分类。
何飞施清芸陈铭吴平
关键词:水稻
RiceDB:A Web-Based Integrated Database for Annotating Rice Microarray
2007年
RiceDB, a web-based integrated database to annotate rice microarray in various biological contexts was developed. It is composed of eight modules. RiceMap module archives the process of Affymetrix probe sets mapping to different databases about rice, and aims to the genes represented by a microarray set by retrieving annotation information via the identifier or accession number of every database; RiceGO module indicates the association between a microarray set and gene ontology (GO) categories; RiceKO module is used to annotate a microarray set based on the KEGG biochemical pathways; RiceDO module indicates the information of domain associated with a microarray set; RiceUP module is used to obtain promoter sequences for all genes represented by a microarray set; RiceMR module lists potential microRNA which regulated the genes represented by a microarray set; RiceCD and RiceGF are used to annotate the genes represented by a microarray set in the context of chromosome distribution and rice paralogous family distribution. The results of automatic annotation are mostly consistent with manual annotation. Biological interpretation of the microarray data is quickened by the help of RiceDB.
HE Fei SHI Qing-yun CHEN Ming WU Ping
关键词:AFFYMETRIX
基于Web的水稻芯片数据注释和分析平台被引量:1
2009年
国际水稻基因组测序计划(IEGSP)顺利完成,水稻基因的研究也进入了后基因组研究阶段.水稻基因芯片数据注释分析是一项重要的功能基因组学研究内容,它为理解水稻基因的生物学意义提供了帮助.本研究开发了一个基于Web的水稻基因芯片数据注释和分析平台(Rice Chip),它比同类的注释数据库更加全面快捷.本平台共由5个功能模块组成:Bio Chip模块为水稻基因表达数据提供快速检索和高级检索,可依次按照Probe Set ID,Locus ID,Analysis Name等字段进行检索;Bio Anno模块整合多个生物学数据库,为水稻基因提供基因功能、蛋白质结构、生物代谢途径以及转录调控等方面的注释信息;BioSeq模块则收集水稻基因组的序列信息,支持对水稻基因与芯片探针的序列查询;BioView模块是系统图形可视化的核心模块,提供友好的访问界面与结果输出,方便研究人员使用;BioAnaly模块结合R/Bioconductor统计分析工具提供高通量芯片数据的在线分析.本系统从不同的方面依次提供了数据检索、基因注释、序列分析、数据可视化和数据分析等功能,其数据收集的全面性与功能分析的强大性在同类水稻基因芯片数据注释和分析平台中都较突出.
陈迪俊张帆吴超李霞陈铭
关键词:水稻基因芯片功能基因组
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