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8种鲤养殖品种线粒体Cyt b基因的遗传多样性和系统进化分析被引量：7: 2013年; 对8种鲤养殖品种的线粒体Cyt b基因部分序列进行测定,并比较分析其遗传多样性和系统进化关系,结果获得425 bp的Cyt b序列,其中T、C、A、G的平均含量分别为26.8%、29.0%、29.7%、14.5%,A+T含量(56.5%)高于G+C含量(43.5%),翻译为141个氨基酸,其中突变多数存在于缬氨酸和异亮氨酸之间(两个氨基酸都为不带电荷的疏水性氨基酸),其变异不影响Cyt b的功能,说明该蛋白是一个进化缓慢的蛋白,适合用于遗传进化分析。140个个体中共检测到4个单倍型,其中75.5%的个体属于单倍型Hap 2,而单倍型Hap 1主要分布在3种表现型为镜鲤的品种。AMOVA分析结果和利用Kimura 2-parameter模型分析的系统发育关系结果表明,德国镜鲤、散磷镜鲤和松浦红镜鲤亲缘关系较近,而蓝鳞鲤、荷包红鲤抗寒品系和高寒鲤亲缘关系较近。; 肖同乾鲁翠云李超张明昭顾颖孙效文; 关键词：细胞色素B

镜鲤与建鲤生长性状共享QTL标记及优势基因型被引量：6: 2015年; 本研究以1个镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系(190个个体)构建的微卫星遗传图谱(992个标记)为基础,从体重、体长、体高和体厚的QTL区间内发掘了54个标记,其与性状具有显著相关性,进而通过对不同基因型性状间的比较,筛选出83个优势基因型。在此基础上,用54个镜鲤QTL标记分析了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)作图群体,其中40个标记在建鲤中表现出多态性,比例为74.07%;相关性分析结果显示,其中22个标记与建鲤家系的体重、体长、体高或体厚性状具有显著相关性(P<0.05),占多态标记的55.00%;镜鲤与建鲤共享的22个QTL标记中,18个标记与至少1个相同的性状具有显著相关性(P<0.05),从中筛选出建鲤性状具有优势的基因型30个,可用于指导建鲤的选育。品种间共享QTL的发掘能够扩展QTL标记的使用空间,减少新品种重新构建图谱进行QTL标记定位的工作量和成本。; 鲁翠云顾颖李超郑先虎程磊曹顶臣俞菊华何立川孙效文; 关键词：镜鲤建鲤

镜鲤头长及头长体长比性状的主效QTL挖掘被引量：2: 2014年; 为挖掘镜鲤头长及头长体长比性状的主效QTL区间,实验利用368个SSR、336个SNP标记对镜鲤良种后代杂交F1群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap 4.0软件包构建遗传连锁图谱。该图谱包含535个分子标记并被分配到50个连锁群上,覆盖基因组总长度为2 244.66 cM,标记间平均距离为4.63 cM。利用MapQTL 5.0（interval mapping,IM）区间作图法进行QTL检测。结果显示,共得到2个与头长相关的QTL区间,分别分布在LG21和LG42,可解释型变异分别为28.2%、32.6%;6个与头长体长比性状相关的QTL位于LG8、LG15、LG18、LG21、LG39、LG40,可解释表型变异范围是16.4%－49.3%。全部QTL区间中贡献率大于20%的主效QTL有7个,HL-21和HL-42是头长性状的主效区间;HBR-8、HBR-15、HBR-21、HBR-39和HBR-40是头长体长比性状的主效QTL区间。利用SPSS的一般线性模型（GLM）针对另一群体进行验证,结果表明HLJ692与镜鲤头长体长比显著相关。; 单云晶鲁翠云张晓峰李超程磊孙效文; 关键词：镜鲤遗传连锁图谱

建鲤生长性状QTL区间及其与镜鲤同源性比对被引量：4: 2013年; 以建鲤（Cyprinus carpio var．jian）F．群体的94尾个体为材料，利用254个微卫星标记构建了建鲤的遗传图谱，并对体长、体高和体厚性状进行了QTL定位，共检测到17个生长相关性状QTL，分布在10个连锁群上，解释表型变异为10．8％～35．2％。以相同的分子标记，构建建鲤与镜鲤（Cyprinus carpio L．）的比较图谱，分析了建鲤和镜鲤群体生长性状QTL的同源性关系。结果表明，建鲤与镜鲤图谱具有广泛的共线性或同线性关系，建鲤每个连锁群在镜鲤图谱中均找到了对应的同源连锁群，其中建鲤10个生长性状QTL与镜鲤13个相同性状QTL具有同源性，同源比例高达58．8％。同时发现，建鲤QTL置信区间相对较大，与之同源的镜鲤QTL置信区间较小，通常位于建鲤QTL子区间内，定位结果更精细。此外，建鲤与镜鲤连锁群上都存在QTL的富集区域，而这些富集区域常常存在于同源连锁群的共线性区域，可作为标记辅助选择的重点区域。鲤通用QTL的发掘，为分子标记辅助育种和更进一步的精细定位打下基础。; 顾颖鲁翠云张晓峰李超俞菊华孙效文; 关键词：建鲤镜鲤生长性状共线性 QTL

Genetic mapping and QTL analysis for body weight in Jian carp (Cyprinus carpio var.Jian) compared with mirror carp (Cyprinus carpio L.)被引量：3: 2015年; We report the genetic linkage map of Jian carp(C yprinus carpio var. Jian). An F1 population comprising 94 Jian carp individuals was mapped using 254 microsatellite markers. The genetic map spanned 1 381.592 c M and comprised 44 linkage groups,with an average marker distance of 6.58 c M. We identified eight quantitative trait loci(QTLs) for body weight(BW) in seven linkage groups,explaining 12.6% to 17.3% of the phenotypic variance. Comparative mapping was performed between Jian carp and mirror carp( Cyprinus carpio L.),which both have 50 chromosomes. One hundred and ninety-eight Jian carp marker loci were found in common with the mirror carp map,with 186(93.94%) showing synteny. All 44 Jian carp linkage groups could be one-to-one aligned to the 44 mirror carp linkage groups,mostly sharing two or more common loci. Three QTLs for BW in Jian carp were conserved in mirror carp. QTL comparison suggested that the QTL confidence interval in mirror carp was more precise than the homologous interval in Jian carp,which was contained within the QTL interval in Jian carp. The syntenic relationship and consensus QTLs between the two varieties provide a foundation for genomic research and genetic breeding in common carp.; 顾颖鲁翠云张晓峰李超俞菊华孙效文; 关键词：QTL分析建鲤镜鲤微卫星标记

基于线粒体COI基因序列的5种鲤养殖品种遗传多样性研究被引量：15: 2013年; 本研究通过对5个鲤养殖品种即高寒鲤（Cyprinus carpio Frigid carp）、松浦鲤（Cyprinus carpio Songpu carp）、蓝鳞鲤（Cyprinus carpio blue var）、松浦镜鲤（Cyprinus carpio Songpu mirror carp）和红镜鲤（Cyprinus carpio Red mirror carp）的线粒体COI基因部分序列的测定, 比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。在5个鲤品种共100个样本的线粒体COI序列中检测到8种单倍型, 其中5个单倍型（H1、H2、H4、H5、H6）涵盖样本较多, 占总样本数的94.06%。蓝鳞鲤的单倍型数最少, 仅有1个, 红镜鲤单倍型数为2个, 其余3个品种的单倍型数均为5个。5个品种单倍型多样性（Hd）在0.160±0.070-0.811±0.055, 其中, 遗传多样性最高的为高寒鲤。AMOVA结果表明, 品种间变异（50.28%）略高于品种内变异（49.72%）, 各品种间的FST值在0.711 4-0.831 2, 其中蓝鳞鲤与其他群体之间差异最大。用MEGA4.0软件构建的基于遗传距离的进化树表明, 5个养殖品种中, 高寒鲤和红镜鲤的遗传距离最近（D=0.31）, 聚为一支; 松浦镜鲤和松浦鲤的遗传距离较近（D=0.33）, 聚为一支; 蓝鳞鲤与其他品种存在较大遗传差异, 单独形成一个分支。除蓝鳞鲤外, 其余4个养殖品种间均存在共享的单倍型（H2、H4、H5、H6）, 可能是由于其在选育过程中亲本的遗传背景存在交叉, 同时也证明DNA条码在分析种内品种间遗传关系时具有可行性但具有一定的局限性。; 单云晶鲁翠云李超张明昭顾颖孙效文; 关键词：DNA条形码 COI基因

利用164个微卫星标记分析镜鲤家系的遗传多样性和经济性状被引量：4: 2013年; 利用来源于细菌人工染色体文库(Bacterial artificial chromosome,BAC)的164个微卫星标记分析了镜鲤Cyprinus carpio L.家系遗传多样性及标记与体质量、体长、体高、体厚4个性状间的相关性。结果表明:镜鲤家系68个个体在164个微卫星位点上共扩增出402条条带,观察杂合度(Ho)为0.220 6～1.000 0,平均为0.62,多态性信息含量(PIC)为0.243 9～0.702 8,平均为0.42,总体表现为中度多态(0.25≤PIC≤0.50),遗传多样性水平较高;利用SPSS 17.0的GLM模块分析标记与性状间的相关性,有25个标记与相应性状相关(P<0.05),其中6个标记与性状的相关性达到极显著水平(P<0.01),使用独立样本T检验和Duncan's多重比较找到了每个位点的优势基因型;利用NCBI的Blast模块将各位点序列与斑马鱼的序列进行比对,有11个位点与斑马鱼基因相关,一致度均在80%以上,其中6个基因功能已知。; 徐浩鲁翠云孙效文; 关键词：镜鲤微卫星体质量体长体高

镜鲤眼径及眼间距性状显著相关的微卫星标记筛选被引量：3: 2013年; 利用镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系68个个体,分析其眼径(ED)和眼间距(EC)与164个细菌人工染色体文库(bacterial artificial chromosome,BAC)末端序列来源的微卫星标记的相关性。结果164个微卫星标记共检测到401个等位基因,463种基因型,利用GLM模型对每个标记与对应的性状做回归分析,Permutation 10 000次检验结果显示,共22个微卫星标记分别与眼径和眼间距具有显著相关性(P<0.05),其中CAFS1526等6个标记仅与眼径具有显著相关性(P<0.05),CAFS0882等11个标记仅与眼间距显著相关(P<0.05),而CAFS1298等5个标记与两个性状均具有显著相关性(P<0.05),CAFS1298和CAFS1423与2个性状的相关性均达到极显著水平(P<0.01)。用SPSS13.0的Duncan’s多重比较找到了每个标记与性状显著相关的基因型,进一步将与眼径和眼间距显著相关的标记整合到遗传连锁图谱上,其中9个微卫星标记与眼径或眼间距的QTL定位结果一致,其可解释表型变异率在13.3%-20.9%。; 鲁翠云徐浩张明昭顾颖李超程磊邱高峰孙效文; 关键词：镜鲤微卫星标记

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国家高技术研究发展计划(2011AA100402-5)

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