国家自然科学基金(81360255)
- 作品数：11 被引量：30H指数：3
- 相关作者：曹得萍李超群樊海宁张耀刚赵海龙更多>>
- 相关机构：青海大学桂林医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部“春晖计划”青海大学中青年科研基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 细粒棘球绦虫转酮醇酶生物信息学分析被引量：10
- 2017年
- 目的利用生物信息学技术对EgTK基因编码蛋白的结构和功能进行预测和分析。方法利用ExPASy系统的ProtParam、ProtScale、SignalP、SOMPA程序与SubLoc v1.0、DNAStar、IEDB、SYPEITHI、Phyre2等生物信息学软件分析EgTK的理化性质、抗原表位、跨膜区、二、三级结构等。结果 EgTK基因由7个外显子,6个内含子构成,CDS长度为1 878bp,编码625个氨基酸,分子式为C_(3015)H_(4791)N_(829)O_(900)S_(22),分子质量为67.76ku;为跨膜蛋白,位于细胞质,二级结构主要以α螺旋、无规则卷曲为主。EgTK有16个潜在的B细胞线性表位,11个CTL细胞表位,13个Th细胞表位;EgTK三级结构与人类转酮醇酶相似性为97%;经多重比对,除去两端多余序列,共有473个氨基酸残基参与比对,发现195个变异位点、123简约性信息位点、72单态突变位点。结论生物信息学技术分析EgTK蛋白存在多个B、T细胞表位,具有良好的免疫原性,可为该蛋白的基因克隆、表达等提供理论依据。
- 张耀刚曹得萍李超群樊海宁
- 关键词：细粒棘球绦虫生物信息学抗原表位
- 细粒棘球绦虫延伸因子1生物信息学分析被引量：2
- 2017年
- 目的利用生物信息学技术对细粒棘球绦虫的延伸因子1(EF-1)进行分析,探讨其诊断价值。方法通过Expasy系统预测EF-1的理化性质,使用DNAStar软件分析蛋白亲水性、柔性区域、抗原指数及表面可及性,利用ABCpred与IEDB软件综合预测B细胞线性抗原表位,通过DNAStar软件预测T细胞表位,使用SOPMA软件预测二级结构,SWISS-MODEL网站构建EF-1的三级结构,使用MEGA软件选择neighbor joining法构建EF-1氨基酸序列的系统发育树。结果 EF-1基因序列全长1 412 bp,含有2个内含子;EF-1亲水性得分较高的区域为35~45、52~70、126~140、158~183、301~322、357~380、424~448;柔性区域为26~45、54~71、162~176、300~318、357~381、432~448;抗原性指数得分较高的区域分布与柔性区域一致;表面可及性得分较高的区域较少,主要分布在39~54、62~76、128~132、161~170、220~234、315~329、354~372、424~448;可能的B细胞线性表位的氨基酸序列为120~130、286~295、306~320、365~378;可能的优势性T细胞表位区域为34~48、164~177、222~244、280~290、321~330、396~407;EF-1的二级结构中α螺旋占32.81%、β折叠占22.54%、β转角占10.94%、无规则卷曲占33.71%;系统发育树结果表明多房棘球绦虫为一枝,其余聚于一枝,且内部形成许多梳齿状分枝。结论得到4个可能形成B细胞表位的区域、6个优势性T细胞表位区域,EF-1具有较高的保守性,可作为免疫诊断和药物治疗靶点。
- 李超群樊海宁张耀刚曹得萍
- 关键词：细粒棘球绦虫生物信息学
- 利用细胞色素B行青海藏区棘球绦虫系统发育学研究被引量：1
- 2014年
- 目的利用线粒体DNA细胞色素B(CYTB)分子标记重新分析流行于青海高原的棘球绦虫基因多态性及系统发育学。方法 PCR方法扩增CYTB基因,测序得到的基因序列碱基通过ClustalX软件比对,构建贝叶斯进化树。结果流行于青海地区的棘球绦虫大部分与细粒棘球绦虫G1型聚在一枝,有四个样本与多房棘球绦虫(AB018440)聚在一枝。结论大部分棘球绦虫基因型属于细粒棘球绦虫G1型,其基因型各不相同,具有多样性。
- 毋德芳樊海宁赵海龙白海燕曹得萍
- 关键词：棘球绦虫系统发育学细胞色素B
- 细粒棘球绦虫在人体内棘球蚴原头节、囊壁蛋白质表达谱分析被引量：7
- 2014年
- 目的初步掌握流行于青海省细粒棘球绦虫幼虫棘球蚴(原头节、囊壁)在中间宿主人体内蛋白质表达情况。方法利用SDS-PAGE和western-blot分析棘球蚴原头节和囊壁蛋白质表达谱,进一步利用2DE和MALDI-TOF质谱分析技术对原头节和囊壁蛋白质构成情况进行全面的研究分析。结果在原头蚴、囊壁组织的双向电泳图中,各蛋白点通过MALDI-TOF-MS检测,原头蚴和囊壁分别有40个蛋白质点和8个蛋白质点得以初步鉴定,包括有:(1)细胞骨架蛋白:肌动蛋白、原肌球蛋白。(2)代谢相关酶类:苹果酸脱氢酶;磷酸丙糖异构酶;脯氨酸氧化酶;谷胱甘肽-S-转移酶;类胡萝卜脱氢酶;肽基脯氨酰顺反异构酶;(3)物质转运相关蛋白:载脂蛋白A-I;(4)应激反应蛋白(HSP70,HSP20相关蛋白)。结论初步鉴定了寄生人体细粒棘球蚴原头蚴、囊壁组织中的部分蛋白质点,其中,原头蚴中共有40个蛋白点,囊壁中有8个蛋白点。这些蛋白可能与细粒棘球蚴运动、生长、发育、代谢调控等方面有关。
- 曹得萍樊海宁毋德芳白海燕赵海龙
- 关键词：细粒棘球绦虫囊壁蛋白质表达谱
- 细粒棘球绦虫磷酸丙糖异构酶抗原表位预测与分析
- 2019年
- 目的利用生物信息学的方法对细粒棘球绦虫EgTPI B、T细胞表位进行预测,为细粒棘球绦虫诊断抗原的筛选提供分子生物学依据。方法采用Expasy中的protparam数据库推测EgTPI的理化性质;利用IEDB、ABCpred软件分析B细胞抗原表位。AMPHI法预测Th细胞的抗原表位;使用Jpred 4软件和SWISS-MODEL构建TPI的二、三级结构;应用MEGA 4.0软件比对细粒棘球绦虫TPI和人类TPI、日本血吸虫TPI、肝片吸虫TPI等7种生物的序列。结果通过分析得出EgTPI二级结构中直链结构占15.6%、α螺旋占38.9%、转角结构占12.0%、其他结构占42.2%;经多序列比对,人类TPI与细粒棘球绦虫TPI—致度仅为40.08%,较大的差异更有利于形成抗原表位。预测可能的T细胞表位有16-30、71-85、98-119、142-154、178-200;可能的B细胞表位有28-39、50-60、70-80、131-139、150-159、213-231。结论 EgTPI可能形成T细胞表位区域有5个,B细胞表位的区域有6个,EgTPI抗原表位预测分析为疾病诊断的候选分子筛选奠定分子生物学理论依据。
- 彭文军李超群张耀刚姜博璠刘佳曹得萍
- 关键词：细粒棘球绦虫抗原表位生物信息学
- 细粒棘球绦虫Eg18抗原表位预测被引量：3
- 2017年
- 目的通过生物信息学技术预测细粒棘球绦虫Eg18抗原B、T细胞表位,为细粒棘球绦虫筛选具有保护性抗原表位的抗原提供理论基础。方法使用Expasy系统预测理化性质;二、三级结构的预测使用在线预测网站Predict Protein;通过在线软件ABCpred、LEPS结合二级结构、亲水性指数、表面可及性指数、柔韧性指数对B细胞表位进行预测;应用SYFPEITHI及IEDB软件预测MHC-Ⅰ类HLA-A0201限制性T细胞表位。结果 Eg18抗原二级结构中α-螺旋结构占氨基酸残基总数的98.1%,无规则卷曲占1.9%,无β-折叠结构;选出具有优势的30~41、55~71、110~126、136~144四个可能为Eg18蛋白B细胞表位的氨基酸序列区域;17~27、32~41、61~72、96~105四个较有可能形成T抗原表位的氨基酸序列区域。结论通过生物信息学预测Eg18抗原可能有4个B细胞表位且为构象表位,有4个T抗原表位,可为进一步了解Eg18抗原提供参考。
- 张耀刚李超群曹得萍
- 关键词：细粒棘球绦虫抗原抗原表位生物信息学
- 青南藏区多房棘球绦虫系统发育学分析被引量：1
- 2015年
- 目的对青南藏区流行的多房棘球绦虫基因多态性及系统发育进行初步分析。方法利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ(COXⅠ)行分子标记,以COXⅠ为基因marker设计引物扩增COXⅠ部分基因序列,将得到的11条碱基序列通过Clustal X软件进行多重序列分析比对,与13条来自Gen Bank的棘球绦虫COXⅠ序列共同构建贝叶斯进化树。结果用于分析的标本序列与来源于亚洲的中国(四川,内蒙古)、哈萨克斯坦和欧洲的法国、斯洛伐克的多房棘球绦虫型聚于一枝,位于发育树的冠部,并在这一枝内部形成梳齿状分支。结论流行于青南藏区的多房棘球蚴标本存在基因多态性,其系统发育复杂。
- 李超群张耀刚曹得萍
- 关键词：多房棘球绦虫系统发育
- 细粒棘球蚴和多房泡球蚴在人体内蛋白质表达谱初步分析被引量：3
- 2016年
- 目的 初步掌握流行于青海省细粒棘球绦虫幼虫棘球蚴（原头节、囊壁、囊液）和多房棘球绦虫幼虫泡球蚴在中间宿主人体内蛋白质表达情况。方法 利用SDS-PAGE和Western-blot分析棘球蚴原头节、囊壁、囊液蛋白质和泡球蚴总蛋白表达谱。结果 细粒棘球蚴原头节的蛋白质浓集在分子量72kDa处,囊壁的蛋白质浓集在72kDa、26kDa和17kDa处,囊液的蛋白浓集在72kDa、43~55kDa、26kDa和17kDa;泡球蚴总蛋白质浓集在分子量72kDa、55~72kDa和26kDa处。结论 不同地区细粒棘球蚴在人体内蛋白的表达存在差异;不同亚种泡球蚴原头节蛋白的表达存在差异。
- 张耀刚李超群毋德芳曹得萍
- 关键词：细粒棘球蚴蛋白质表达谱
- 绵羊肝脏、肺脏细粒棘球蚴原头节差异蛋白质表达分析
- 2020年
- 目的探讨绵羊肝脏和肺脏细粒棘球蚴原头节差异蛋白质表达谱,为虫体生长、发育调控特异性蛋白筛选奠定基础。方法提取寄生于绵羊肝脏与肺脏棘球蚴原头节蛋白质样本进行SDS-PAGE分析后,利用iTRAQ和液相色谱法以及串联质谱分析(LC-MS/MS)寄生于绵羊肝脏和肺脏细粒棘球蚴原头节蛋白质表达谱,通过Mascot软件和GO软件分析寄生于绵羊肝脏和肺脏棘球蚴原头节的差异表达蛋白质。结果本研究共鉴定了1229个有意义的蛋白质点,通过肝脏与肺脏比较有无差异性(肝脏原头节VS肺脏原头节)和调节趋势后获得217个差异表达蛋白质,在肝脏上调蛋白74个(脂肪酸绑定蛋白、ɑ纤维蛋白原、环氧化物酶、过氧化氢酶、酰基COA合成酶、载脂蛋白A4、磷酸化酶、6-磷酸葡萄糖内脂酶、乙酰辅酶酰基转移酶、还有一些未鉴定的蛋白等);下调蛋白143个(乳酸脱氢酶、谷胱甘肽过氧化物酶、内质网氧化还原酶、肌动蛋白、肌球蛋白、天冬酰胺酶、铁蛋白、6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶、热休克蛋白90、胶原纤维I,胶原纤维IV、波形蛋白、玻连蛋白、磷脂转运蛋白、磷酸甘油酸激酶)。结论本研究发现寄生于绵羊肝脏和肺脏棘球蚴原头节蛋白质表达存在差异。
- 彭文军曹得萍张耀刚刘燕姜博璠赵海龙
- 关键词：细粒棘球绦虫原头节蛋白质组学
- 细粒棘球绦虫转酮醇酶克隆表达及免疫性分析被引量：1
- 2018年
- 目的通过原核表达获得细粒棘球绦虫转酮醇酶(TK)表达产物,分析其作为棘球蚴病诊断抗原分子的价值。方法 PCR扩增TK基因,克隆至原核载体p MD19-Eg TK,随后亚克隆至表达载体p ET-28a,构建目的基因TK原核表达质粒p ET-28a(+)-Eg TK,转入大肠埃希菌BL21,分离纯化蛋白,经SDS-PAGE、Western blotting鉴定后,收集细粒棘球蚴病(CE组)、多房棘球蚴病(AE组)患者及健康人(健康组)血清,以酶联免疫吸附试验(ELISA)检测重组蛋白作为诊断抗原的价值。结果成功构建p ET-28a(+)-Eg TK质粒,经SDS-PAGE和Western blotting分析,Eg TK蛋白在70 k Da处出现条带,与理论值一致。ELISA显示,CE组、AE组和健康组血清反应吸光度A450值间差异有统计学意义(F=44.47,P<0.01),CE组(1.46±0.41)、AE组A450值(1.28±0.29)高于健康组(0.66±0.23)(P<0.05),但CE组和AE组间A450值差异无统计学意义(P>0.05)。结论重组TK分子可较好地区分棘球蚴病患者和非棘球蚴病患者,但无法区分细粒棘球蚴病和多房棘球蚴病患者。
- 曹得萍张耀刚李超群李超群姜博璠
- 关键词：细粒棘球绦虫棘球蚴病重组质粒诊断抗原
