教育部“春晖计划”(Z2010085)
- 作品数：6 被引量：28H指数：4
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- 高分辨熔解技术检测类风湿关节炎患者IL-1β和IL-1Ra基因多态性
- 2012年
- 目的探讨IL-1β和IL-1Ra基因多态性与类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)易感性及其血清学指标的关系。方法应用高分辨率熔解(high resolution melting,HRM)技术对452例RA患者和360例对照进行IL-1β和IL-1Ra基因多态性的病例-对照研究,并分析IL-1β和IL-1Ra基因多态性与血清学指标的相关性。等位基因频率比较采用SPSS软件,单倍型构建采用在线SHEsis软件。结果成功建立了IL-1B-511、-31、+3954和IL-1RN(rs4251961)4个位点的PCR-HRM检测方法。结果显示在女性中,IL-1B+3954位点等位基因频率在病例组和对照组之间存在有统计学差异(χ2=5.0,P=0.03),IL-1B-31位点等位基因频率和单倍型IL-1B-511*T/IL-1B-31*C/IL-1B+3954*C/IL-1RN*T(TCCT)在抗-MCV阳性组和阴性组之间存在统计学差异(χ2=5.0,P=0.02;χ2=5.3,P=0.02),单倍型IL-1B-511*T/IL-1B-31*C/IL-1B+3954*C/IL-1RN*C(TCCC)在RF、抗CCP和抗MCV 3个指标均为阳性和3指标非全阳性的2组之间存在统计学差异(χ2=5.1,P=0.02)。结论 PCR-HRM技术是一种值得推广的常规化基因分型新方法。IL-1B+3954*C与女性RA易感性相关,IL-1B-31*C和单倍型TCCT与女性抗MCV阳性相关,单倍型TCCC与女性血清学指标全阳性相关。
- 李菲菲尤崇革王丽萍呼志斌马克君周雅丽施鑫鹤郜莉娜
- 关键词：白细胞介素-1Β白细胞介素-1受体拮抗剂类风湿关节炎基因多态性
- 高分辨率熔解技术检测冠心病关联基因标签单核苷酸多态性被引量：3
- 2015年
- 目的建立高分辨率熔解(HRM)技术检测冠心病关联基因的标签单核苷酸多态性(SNPs)的方法;并探讨其与兰州地区汉族人群冠心病(CHD)易感性及血脂指标的相关性。方法建立CHD 5个关联基因CRP、ACE、NOS3、ENPP1、IQSEC1的7个SNPs位点(rs1205C>T、rs4305A>G、rs4353 G>A、rs7830 C>A、rs12528076C>T、rs939899G>A、rs1108640G>C)的PCRHRM检测方法,并用260例CHD患者和238例体检健康者进行验证。结果标本经PCR扩增后均能进行基因分型,经直接测序验证,其分型正确率达100%。病例-对照分析显示rs4353 G>A和rs12528076 C>T等位基因频率在CHD组和对照组间差异有统计学意义(χ2=3.998,P=0.045;χ2=3.918,P=0.047),rs7830 C>A基因型频率在两组间差异亦有统计学意义(χ2=6.369,P=0.041)。血脂水平分析显示,CHD患者与rs1205位点高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平存在相关性(F=14.067,P=0.001)。结论 PCR-HRM检测是一种快速、准确的基因分型方法。ACE、NOS3和ENPP1与兰州地区汉族人群CHD易感性相关,其中rs1205 C>T联合HDL-C血清水平检测可预警CHD发生。
- 齐晓明尤崇革卢明华李倩男石磊郭心灵
- 关键词：单核苷酸多态性冠心病
- 高分辨率熔解技术检测冠心病患者TNF-α及其受体基因多态性被引量：6
- 2014年
- 目的用高分辨率熔解(HRM)技术检测兰州地区汉族人群肿瘤坏死因子α(TNF-α)及其受体基因单核苷酸多态性(SNP),探讨其与冠心病(CHD)易感性及血脂指标的相关性。方法建立TNFA-238G>A、TNFA-308G>A、TNFA-857C>T、TNFA-863C>A、TNFR1-383A>C和TNFR2-exonT>G 6个SNP位点的PCR-HRM检测方法,并对207例CHD患者和274例健康对照进行病例-对照研究,分析其与CHD易感性及血脂指标的关系。结果仅TNFA-863C>A位点的基因频率和基因型频率在CHD组和对照组之间差异具有统计学意义(P=0.020,0.013),性别分层后仅存在于男性患者(P=0.026,0.018),CA基因型明显增加CHD患病风险(OR=1.999,P=0.029)。针对TNF-α基因的单倍型分析显示TNFA-238G/-308G/-857C/-863A(GGCA)单倍型明显增加CHD患病风险(OR=1.695,P=0.016)。病例组的血脂分析显示TNFR2-exon位点与CHD患者的高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平有关(F=5.126,P=0.024)。结论 TNFA-863C>A位点和单倍型TNFA-GGCA与兰州地区汉族人群CHD易感性相关,TNFR2-exonT>G位点与CHD患者HDL-C水平相关联。
- 齐晓明张蕊李倩男卢明华尤崇革
- 关键词：肿瘤坏死因子Α单核苷酸多态性冠心病
- 高分辨率融解曲线技术检测冠心病患者IL-1β和IL-1Ra基因多态性被引量：8
- 2015年
- 目的为探讨白细胞介素1β（IL-1β）和白细胞介素1受体拮抗剂（IL-IRa）基因单核苷酸多态性（SNP）与冠心病（CHD）易感及其血清学指标的相关性，应用高分辨率融解曲线分析（HRM）技术建立IL-1β和IL-1Ra基因SNP的分子诊断方法。方法建立IL-1B-511C〉T、IL-1β-31C〉T、IL-1β＋3954C〉T和IL-1RNT〉C这4个SNP位点的PCR-HRM检测方法，对260例CHD患者和274例健康对照进行比较研究，分析其与CHD易感及血清学指标的关系。结果上述4个SNP位点未发现与CHD易感有统计学差异，性别分层后发现男性IL-1β．31C〉T位点和女性IL-1β＋3954C〉T位点的等位基因频率，在病例组和对照组间存在差异；单倍型分析发现IL-1β-511T／IL-1β-31C／IL-1β＋3954C／IL-1RNT（TCCT）单倍型增加CHD发病风险（OR=1．217，95％CI：0．950—1．559，P=0．123），CTCC和玳T单倍型降低cHD发病风险（OR=0．612，95％CI：0．376～0．994，P=0．046；OR=0．365，95％CI：0．154～0．862，P=0．017）；病例组血清学指标的相关性分析未发现其与SNP位点之间有关联性。结论应用HRM技术建立的4个SNP位点PCR—HRM检测方法经测序验证和临床标本检测均能正确基因分型，实现了快速基因分型的均相检测。IL-1β-31C〉T、IL-1β＋3954C〉T位点和单倍型CTCC和TTCT与中国兰州地区汉族人群CHD易感性有关。
- 齐晓明白锋尤崇革郭心灵石磊呼志斌
- 关键词：白细胞介素1Β白细胞介素1受体拮抗剂单核苷酸多态性
- 高分辨率熔解曲线技术常用的仪器和荧光染料被引量：6
- 2012年
- 高分辨率熔解曲线技术(HRM)是近年来发展迅速的一项用于基因突变扫描与检测的新技术。由于具备快速、简便、价廉、高通量和闭管均相检测等优点,HRM已被广泛地应用于突变基因的扫描、基因分型、遗传配型以及法医学鉴定等领域,并受到越来越多的关注且发展迅速。本文就该技术常规应用时的相关仪器与荧光染料的发展及应用进行分析总结。
- 郭心灵尤崇革
- 关键词：聚合酶链反应荧光染料
- 基于高分辨熔解技术进行单核苷酸多态性基因分型的方法学评价被引量：8
- 2012年
- 目的评价高分辨熔解(HRM)技术进行单核苷酸多态性(SNP)基因分型的检验性能。方法以SNP位点rs1205C>T和rs4353A>G为例,采用盲法对361例已分型确认样本进行PCR-HRM检测评价其特异性和灵敏度;通过重复试验评价其重复性和再现性。稳健性评价主要考察DNA模板量和扩增循环数对PCR-HRM检测的影响。结果 PCR-HRM法检测361例标本的rs1205C>T和rs4353A>G两个SNP位点,结果除5例样本的熔解曲线发生飘移接受复查外,其余标本均一次直接基因分型;所有标本的最终分型结果完全正确即灵敏度和特异性达到100%。两个位点的10次批内和3次批间重复试验均显示PCR-HRM法的重复性和再现性良好。rs1205C>T和rs4353A>G的野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数分别为0.7%与0.8%和0.6%与0.5%;统计学分析显示每个位点的两种纯合型样本Tm值之间均存在显著性差异(P<0.001),即可明确区分不同纯合基因型。DNA模板量的变化(10ng、20ng、50ng和100ng)和扩增循环数的波动(38、40和42次)均对PCR-HRM法正确基因分型影响不大。结论基于小片段扩增子对rs1205C>T和rs4353A>G两个SNP位点进行常规化PCR-HRM法基因分型在方法学上是可靠的,值得推广;同时这一评估模式也适于其他分子诊断方法的评价。
- 尤崇革李玉民马克君施鑫鹤郜莉娜李菲菲
- 关键词：基因分型单核苷酸多态性
