国家科技重大专项(2013ZX10003006-002-001)
- 作品数：10 被引量：26H指数：3
- 相关作者：万康林刘海灿李马超赵秀芹蒋毅更多>>
- 相关机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所温州医科大学中国农业大学更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 结核分枝杆菌4种新抗原的克隆表达及血清学评价被引量：6
- 2018年
- 目的 初步评价结核分枝杆菌4种新抗原Rv0432、Rv0674、Rv1566c和Rv1547的血清学诊断价值。方法 以结核分枝杆菌实验室标准参照菌株H37Rv全基因组DNA为模板PCR扩增Rv0432、Rv0674、Rv1566c基因的完整序列，Rv1547基因分为两段（Rv1547-1和Rv1547-2）扩增，与PET-32a表达载体构建重组质粒，重组蛋白利用亲和层析的方法进行纯化。待检测血清和BL21（DE3）菌体蛋白孵育进行预处理。各重组抗原用ELISA对151份待检血清（41份健康组血清和110份细菌学阳性结核患者组血清）进行IgG抗体检测。检测结果用受试者工作特征曲线对其诊断效能进行分析和评价。采用t检验比较目的蛋白在结核患者组和健康组的差异性。结果 成功克隆表达和纯化了蛋白Rv0432、Rv0674、Rv1566c、Rv1547-1和Rv1547-2，ELISA结果显示Rv0432、Rv0674、Rv1566c、Rv1547-1和Rv1547-2的敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值、约登指数和曲线下面积分别为43.64%~92.73%、80.49%~92.68%、0.92~0.94、0.38~0.80、0.363~0.732和0.649~0.915。目的蛋白在结核组检测到的IgG抗体水平均大于健康组（P〈0.000 1）。结论 结核分枝杆菌新抗原Rv0432、Rv0674、Rv1566c、Rv1547-1和Rv1547-2具有良好的血清学检测价值，可作为结核病免疫学诊断的候选抗原。
- 罗巧李霜君肖彤洋李马超刘海灿楼永良万康林
- 关键词：结核分枝杆菌抗原免疫学诊断酶联免疫吸附试验
- 结核分枝杆菌抗原Lppx和MT0322人T细胞抗原表位的多态性研究被引量：1
- 2015年
- 目的探讨中国结核分枝杆菌抗原Lppx和MT0322的多态性及对其T细胞抗原表位的影响。方法选取中国多省的173株临床分离株,采用L-J培养基对菌株进行培养,PCR扩增Lppx和MT0322基因序列,Bioedit软件进行比对,比较其T细胞抗原表位区与非表位区的多态性。最后用Mega5软件分别计算同义突变率(d S)和非同义突变率(d N)及其比值。结果在173株菌株中,基因Lppx表现为4个非同义突变和1个同义突变位点,基因MT0322出现了3个非同义突变和1个同义突变位点。其中,有9株菌在Lppx152位的氨基酸和在MT0322的159位分别发生了1个同义突变和1个非同义突变,表现较高的多态性。Lppx有15个T细胞抗原表位中有6个发生了改变,而在MT0322中,2个表位中有1个发生了1个氨基酸的改变。Lppx的d N/d S值为0.19,MT0322的d N/d S值达到了3.69。MT0322的表位区的d N/d S值高于非表位区。结论结核分枝杆菌基因Lppx和MT0322序列具有多态性,并可能反映了这两个抗原参与了逃避宿主免疫的分化选择。
- 郑玉红刘海灿赵秀芹蒋毅万康林
- 关键词：结核分枝杆菌多态性
- 结核分枝杆菌毒素-抗毒素伴侣系统基因多态性初步研究
- 2016年
- 目的 研究结核分枝杆菌毒素-抗毒素伴侣（TAC）系统中higA、higB和Rv1957在结核分枝杆菌及其不同亚型菌株中的基因多态性,并探讨其生理意义。方法 选取183株结核分枝杆菌临床菌株,经间隔区寡核苷酸方法进行基因分型,同时分析TAC系统基因higA、higB和Rv1957的PCR扩增及序列,利用I-Mutant 2.0软件预测非同义突变对蛋白结构和功能的影响。结果 183株中138株（75.41%）属北京家族,45株（24.59%）属非北京家族。共149株菌（81.42%）的TAC系统发生突变,包括2种同义突变和6种非同义突变：同义突变发生于higA基因,仅见于北京家族菌株;3个基因均可见非同义突变,其中2种非同义突变仅见于非北京家族菌株,其余4种突变仅见于北京家族菌株。6种非同义突变中有4种突变可能影响蛋白的功能。位于higA基因的CAC121CAT突变位点在单耐链霉素和单耐利福平菌株中的突变频率高于敏感株,且差异有统计学意义（P〈0.05）。结论 结核分枝杆菌中的TAC系统具有一定的基因多态性,其中北京家族呈现更高的多态性水平,可能更有利于适应不同的宿主环境。
- 肖彤洋赵丽丽刘海灿李马超赵秀芹万康林
- 关键词：结核分枝杆菌基因多态性基因分型
- 结核分枝杆菌Rv1787基因编码蛋白PPE25的原核表达及生物信息学分析被引量：6
- 2019年
- 目的构建结核分枝杆菌Rv1787基因的原核表达质粒进行体外表达,运用生物学信息分析方法分析Rv1787基因编码蛋白PPE25的生物学特征。 方法以结核分枝杆菌H37Rv基因组DNA为模板,PCR法扩增Rv1787基因,并与表达载体pET-32a构建重组质粒。原核表达重组质粒,SDS-PAGE分析表达产物并利用亲和层析的方法进行纯化。利用生物信息学软件ProtParam分析PPE25蛋白的理化性质,TMPRED和SignalP4.1Service预测蛋白的跨膜区和信号肽,NPS@SOPMA和Swissmodel分别预测蛋白的二级结构和三级结构,Bepipred 1.0bserver和DNAStar综合预测蛋白的B细胞抗原表位,综合运用SYFPEITHI、BIMAS、NetCTL、RANKPEP、NetMHCⅡPAN 4.0server预测蛋白的CTL细胞表位,综合运用SYFPEITHI、RANKPEP、NetMHCⅡpan 3.2server预测蛋白的Th细胞表位。 结果pET-32a-Rv1787重组质粒测序结果与目的基因完全一致;SDS-PAGE分析表明,该融合蛋白以包涵体形式存在,相对分子质量为56×10^3,与预期大小相符。生物信息学分析结果显示,PPE25蛋白为疏水性蛋白,含多个跨膜结构域,无信号肽。二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,结构比较松散。综合多种表位预测软件分析结果,筛选出3个优势B细胞抗原表位,7个CTL优势抗原表位和9个Th优势抗原表位。 结论成功构建结核分枝杆菌PPE25蛋白编码基因Rv1787重组原核表达质粒,并利用生物信息学筛选出多个优势抗原表位,为进一步研究PPE25蛋白在结核病发生发展中的作用奠定了基础。
- 刘田万李周勇段佳熙管茶香吴小翠万康林
- 关键词：结核分枝杆菌原核表达生物信息学
- 中国13个省份结核分枝杆菌5种特异性抗原人T细胞表位多态性分析被引量：2
- 2016年
- 目的 分析我国结核分枝杆菌复合群（MTBC）临床分离株中GlnA1、Mpt70、LppX、GroES和LpqH 5种抗原编码基因多态性及其人T细胞表位的多态性。方法 选取13个省份临床分离的173株MTBC,采用PCR扩增5种抗原基因,并运用BioEdit软件进行序列比对,分析其人T细胞表位与非表位的变异情况。利用Mega 6.0软件分别计算同义突变率（dS）和非同义突变率（dN）及其比值。结果 173株菌的基因glnA1非表位区出现2个非同义突变位点;基因mpt70表位区出现1个非同义突变位点;基因lpqH表位区表现为1个非同义突变位点和1个同义突变位点;groES在整个基因中未发现任何突变;基因lppX表位区表现为5个非同义突变和1个同义突变位点,其中152位的氨基酸相同位点有9株菌发生了同义突变,表现较高的多态性。同时基因lppX的15个T细胞抗原表位中有7个表位发生了改变,其dN/dS值为0.19。结论 结核分枝杆菌抗原Mpt70、LppX和LpqH的人T细胞表位区具有多态性,反映了此抗原可能参与逃避宿主免疫的分化选择。GlnA1的非表位区的多态性,对该菌株的免疫反应影响较小。GroES序列相对保守,不具有明显的多态性,可能对结核分枝杆菌的鉴定、诊断及新型疫苗的研制具有重要作用。
- 陈双双徐永娟肖诗琪李马超刘海灿赵秀芹蒋毅吴移谋万康林
- 关键词：结核分枝杆菌复合群特异性抗原T细胞表位多态性
- 中国结核分枝杆菌复合群菌株pstS1基因中人T/B细胞表位多态性分析被引量：3
- 2014年
- 目的研究我国结核分枝杆菌复合群(Mycobacterium tuberculosis complex,MTBC)菌株中pstS1基因及其中的人T细胞和B细胞表位区的序列多态性。方法选取180株临床分离MTBC菌株及11株世界不同来源的BCG疫苗株,PCR扩增其pstS1基因并测序后,结合已经公布的1株牛分枝杆菌(Mycobacterium bovis)及3株BCG菌株的pstS1基因序列,与从免疫表位数据库(Immune Epitope Database,IEDB)中查询到的表位序列进行比对和分析,总结该基因序列中的变异特征。结果在所有菌株中,共发现2个单碱基插入造成的移码突变(Frame-shift mutation)和4个单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,共造成79.17%(19/24)的B细胞表位和65.22%(15/23)T细胞表位区的序列变异。pstS1基因的dN值为0.000 14,其中T细胞表位区与非T细胞表位区的dN值分别为0.000 17和0.000 05,B细胞表位区与非B细胞表位区的dN值分别为0.000 23和0,由于未发现同义突变位点,所有序列区的dS值均为零。结论 MTBC菌株的pstS1基因具有较高的序列多态性,且其中的T、B细胞表位区具有更高的多态性水平。
- 刘海灿蒋毅李马超赵秀芹万康林
- 关键词：结核分枝杆菌复合群多态性
- 中国结核分枝杆菌五种特异性抗原人B细胞表位多态性分析被引量：3
- 2016年
- 目的 研究我国结核分枝杆菌复合群（MTBC）抗原mpt83、mpt70、IpqH、pstS3、groES及其人B细胞表位的多态性。方法从中国疾病预防控制中心传染病所结核室菌株库随机选取我国的179株MTBC临床分离株，培养后提取DNA，基因扩增并测序，根据H37Rv标准序列和免疫表位数据库（IEDB）的抗原表位信息，比较、分析各基因B细胞表位序列的变异情况，最后用MEGA6软件计算各基因的非同义突变率（dN）、同义突变率（ds）及其比值。结果在179株MTBC菌株中，mpt83基因有7个单核苷酸多态性（SNP）位点，该基因及其表位区、非表位区的dN／dS分别为0．88、0．34和0．14；mpt70基因有1个SNP位点，为非同义突变；IpqH基因及其B细胞表位区dN／dS均为0．38，非表位区dN、ds均为0；pstS3基因及B细胞非表位区的dN／dS分别为1．74和1．40；groES基因未发现突变位点。结论结核分枝杆菌mpt83、IpqH、pstS3的基因序列及B细胞表位具有较高的多态性，而mpt70和groE基因B细胞表位较保守。
- 徐永娟李马超陈双双肖诗琪刘海灿赵秀芹吴移谋万康林
- 青海省结核分枝杆菌临床分离株可变数目串联重复序列基因多态性研究被引量：4
- 2015年
- 目的 初步了解青海省结核分枝杆菌临床分离株基因多态性和基因分型特征.方法 2009-2012年收集青海省疾病预防控制中心分离的结核分枝杆菌临床分离株,提取DNA,对15个可变数目串联重复序列（VNTR）位点进行PCR扩增和产物电泳分析,使用BioNumerics软件对菌株进行聚类分析.结果 共检测251株结核分枝杆菌临床分离株的15个VNTR位点,显示这些菌株有明显的基因多态性,15个VNTR位点中Hunter-Gaston指数＞0.6的VNTR位点有6个,位点分辨能力最高的是MIRU26,经聚类分析,可分为4个基因群,238个基因型.4个基因群分别占4.9％、91.9％、1.6％和1.6％.结论 青海省流行的结核分枝杆菌菌株存在明显的VNTR基因多态性.
- 李斌刘海灿王兆芬马永成苏效东蒋明霞万康林刘寿赵秀芹瞿述根
- 关键词：结核分枝杆菌
- 结核分枝杆菌抗原Rv2654c、Rv1985c和Rv3868的克隆表达及血清诊断学初步评价被引量：3
- 2016年
- 目的评价结核分枝杆菌蛋白抗原Rv2654c、Rv1985c和Rv3868的血清诊断价值和潜在应用前景。方法以结核分枝杆菌H37Rv标准株全基因组DNA为模板扩增得到Rv2654c、Rv1985c和Rv3868基因的完整序列,并与表达载体p ET-32a构建重组质粒。原核表达Rv2654c、Rv1985c和Rv3868蛋白,利用亲和层析的方法进行纯化。采用棋盘滴定的方法,确定各抗原的酶联免疫吸附试验(ELISA)最佳反应条件,并应用190份血清进行血清Ig G抗体检测,结合受试者工作特征曲线(ROC)对其诊断效能进行分析和评价。通过ROC计算各抗原组合的诊断效能,确定最佳组合方案。结果成功构建了重组蛋白,对重组后的片段进行测序,经BLAST比对与目的基因完全一致,且能够稳定表达。对经纯化后的3种蛋白进行ELISA检测,经统计学分析,Rv2654c、Rv1985c和Rv3868抗原的诊断效能分别达到73.16%、56.84%和71.05%。结合ROC得到最佳的抗原组合方案为Rv2654c+Rv3868,其敏感性、特异性和诊断效能分别达到78.95%、72.63%和75.79%。结论结核分枝杆菌重组抗原Rv2654c、Rv1985c和Rv3868具有作为结核病诊断抗原的潜力,可以作为结核病免疫学快速诊断的候选蛋白。抗原组合Rv2654c+Rv3868具有较高的诊断效能,有较好的潜在应用价值。
- 夏远志王雪枝刘海灿李马超赵秀芹楼永良吕建新万康林
- 关键词：结核分枝杆菌特异性抗原克隆表达酶联免疫吸附试验
- 卡介苗中PE和PPE家族蛋白B细胞抗原表位多态性研究被引量：1
- 2016年
- 目的了解13株卡介苗(bacille calmette-guérin,BCG)基因组中由PE/PPE基因家族编码的B细胞抗原表位分布情况,分析其对BCG免疫保护力的潜在影响。方法从国际免疫表位数据库(Immune Epitope Data base,IEDB)中检索结核分枝杆菌B细胞抗原表位,与结核分枝杆菌参考菌株H37Rv的蛋白质组进行序列比对,确定PE/PPE基因家族编码B细胞抗原表位序列;并与13株BCG基因组进行序列比对,提取表位编码序列,分析其在BCG中的分布与变异。结果 6个PE/PPE基因家族的基因编码28个B细胞抗原表位,21个B细胞抗原表位在13株BCG中高度保守,7个B细胞抗原表位在BCG中发生基因变异,变异表位分别产生于BCG的不同形成期。结论 PE/PPE基因家族所表达的蛋白大多为细菌表面蛋白,PE/PPE蛋白家族中B细胞抗原表位的变化可能对BCG的保护力产生影响,应继续开展基于B细胞表位的BCG遗传特征研究。
- 李马超刘海灿赵秀琴万康林
- 关键词：卡介苗抗原表位
