中国博士后科学基金(20090461150)
- 作品数:3 被引量:20H指数:3
- 相关作者:丛郁苏彦华郝东利杨顺瑛宋志忠更多>>
- 相关机构:中国科学院更多>>
- 发文基金:中国博士后科学基金国家重点基础研究发展计划国家科技重大专项更多>>
- 相关领域:农业科学生物学更多>>
- 豆梨铵转运蛋白基因PcAMT1-1和PcAMT1-2的克隆与功能鉴定被引量:6
- 2013年
- 为探明豆梨(Pyrus calleryana Dcne.)铵转运蛋白基因家族成员的序列特征、生理功能和表达特点,以豆梨幼苗为材料,运用电子克隆与3′-RACE技术获得2个铵转运蛋白基因PcAMT1-1和PcAMT1-2,采用酵母互补和半定量RT-PCR方法研究它们的生理功能与表达特点。结果表明:PcAMT1-1和PcAMT1-2开放阅读框为1 518 bp和1 515 bp,编码的蛋白分别含505和504个氨基酸残基。PcAMT1-1和PcAMT1-2分别与甜橙×枳后代CpAMT(ABI52423)和茶CsAMT1;2(AB114913)的同源性最高(81.96%和78.31%)。PcAMT1-1和PcAMT1-2转入酵母均能使铵转运体缺失突变菌株31019b恢复NH4+吸收能力,在酸性条件下(pH 4.8或5.8)PcAMT1-1和PcAMT1-2对31019b的互补效果均优于中性条件(pH 6.8)。NH4+有毒类似物MeA+可以显著抑制转PcAMT1-1酵母31019b的生长,该物质对转PcAMT1-2酵母31019b无抑制效果;谷氨酰胺合成酶抑制剂MSX可有效抑制PcAMT1-2对酵母31019b的互补效果,对PcAMT1-1的互补效果无显著影响。正常供铵,PcAMT1-1主要在叶中表达,PcAMT1-2主要在根中表达;无氮处理后,PcAMT1-1和PcAMT1-2在根中的表达先上调后下降;重新供铵后,它们的表达量恢复;地上部的表达对上述处理无显著响应。综上所述,PcAMT1-1和PcAMT1-2在豆梨中具有吸收或转运NH4+的功能,并可能具备不同的调控机制。
- 丛郁杨顺瑛金曼郝东利苏彦华
- 关键词:豆梨克隆
- 杜梨铵转运蛋白基因的克隆表达及在梨属植物中的SNP分析被引量:6
- 2011年
- 利用EST并结合RACE方法从杜梨幼苗克隆获得1个AMT基因(PbAMT1;2).分析显示,PbAMT1;2cDNA全长1 811 bp,开放阅读框为1 515 bp,其对应基因组DNA序列不含内含子.PbAMT1;2编码的蛋白由504个氨基酸组成,具有11个跨膜域,1个N-糖基化位点、3个酪蛋白激酶磷酸化位点和8个蛋白激酶C磷酸化位点.同源性分析发现,PbAMT1;2与其他植物的AMT具有较高的一致性,其中与百脉根LjAMT1;2的一致性为80.23%,与拟南芥AtAMT1;2的一致性为78.68%,与番茄LeAMT1;2的一致性为77.80%.系统进化树分析表明,PbAMT1;2属于AMT1亚家族.半定量RT-PCR结果显示,PbAMT1;2主要在根部表达,而在茎和叶中几乎没有表达.以杜梨、豆梨、砂梨、白梨、秋子梨和西洋梨等6种梨属植物的DNA为模板,高保真Taq酶PCR扩增AMT1;2基因ORF区DNA序列,发现6种梨属植物的AMT1;2 ORF区DNA序列长度均为1 515 bp,相似性高达99.48%,但在44个核苷酸位点中存在SNPs,导致18个氨基酸位点发生变异,多态性频率为1SNP/34.43 bp,核苷酸变异度为2.9%,氨基酸变异度为3.57%.
- 丛郁杨顺瑛宋志忠郝东利苏彦华
- 关键词:杜梨克隆梨属植物单核苷酸多态性
- 葡萄AMT基因家族生物信息学分析被引量:10
- 2011年
- 运用隐马尔柯夫模型,对葡萄的蛋白质数据库进行搜索,共找到12个AMT蛋白同源序列。利用生物信息学方法对葡萄12个AMT基因进行染色体定位,进而预测它们的氨基酸组成成分、理化性质以及二级结构,并分析葡萄与拟南芥、水稻和杨树AMT基因家族之间的联系。基因组定位结果发现12个AMT基因分布在6条染色体上,较拟南芥AMT基因在染色体上的分布更为集中。12个葡萄AMT蛋白序列可分成2个亚族,AMT1亚族有3个成员,其余为AMT2亚族成员。研究中发现不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;二级结构预测结果显示,12个AMT氨基酸序列以α-螺旋和无规则卷曲为主要组成部分。基因结构分析表明,仅有2个葡萄AMT基因家族成员不含内含子,其余10个AMT基因含有1~4个内含子。对葡萄AMT蛋白的亚细胞定位分析表明:12个VvAMT均定位于膜结构上。对获得的12个葡萄AMT基因进行EST分析,只有5个有对应的EST序列,而仅有2个有相应的电子表达谱。
- 丛郁杨顺瑛宋志忠郝东利苏彦华
- 关键词:葡萄AMT基因家族生物信息学分析