中国博士后科学基金(20090461150)
- 作品数：3 被引量：20H指数：3
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- 豆梨铵转运蛋白基因PcAMT1-1和PcAMT1-2的克隆与功能鉴定被引量：6
- 2013年
- 为探明豆梨(Pyrus calleryana Dcne.)铵转运蛋白基因家族成员的序列特征、生理功能和表达特点,以豆梨幼苗为材料,运用电子克隆与3′-RACE技术获得2个铵转运蛋白基因PcAMT1-1和PcAMT1-2,采用酵母互补和半定量RT-PCR方法研究它们的生理功能与表达特点。结果表明:PcAMT1-1和PcAMT1-2开放阅读框为1 518 bp和1 515 bp,编码的蛋白分别含505和504个氨基酸残基。PcAMT1-1和PcAMT1-2分别与甜橙×枳后代CpAMT(ABI52423)和茶CsAMT1;2(AB114913)的同源性最高(81.96%和78.31%)。PcAMT1-1和PcAMT1-2转入酵母均能使铵转运体缺失突变菌株31019b恢复NH4+吸收能力,在酸性条件下(pH 4.8或5.8)PcAMT1-1和PcAMT1-2对31019b的互补效果均优于中性条件(pH 6.8)。NH4+有毒类似物MeA+可以显著抑制转PcAMT1-1酵母31019b的生长,该物质对转PcAMT1-2酵母31019b无抑制效果;谷氨酰胺合成酶抑制剂MSX可有效抑制PcAMT1-2对酵母31019b的互补效果,对PcAMT1-1的互补效果无显著影响。正常供铵,PcAMT1-1主要在叶中表达,PcAMT1-2主要在根中表达;无氮处理后,PcAMT1-1和PcAMT1-2在根中的表达先上调后下降;重新供铵后,它们的表达量恢复;地上部的表达对上述处理无显著响应。综上所述,PcAMT1-1和PcAMT1-2在豆梨中具有吸收或转运NH4+的功能,并可能具备不同的调控机制。
- 丛郁杨顺瑛金曼郝东利苏彦华
- 关键词：豆梨克隆
- 杜梨铵转运蛋白基因的克隆表达及在梨属植物中的SNP分析被引量：6
- 2011年
- 利用EST并结合RACE方法从杜梨幼苗克隆获得1个AMT基因(PbAMT1;2).分析显示,PbAMT1;2cDNA全长1 811 bp,开放阅读框为1 515 bp,其对应基因组DNA序列不含内含子.PbAMT1;2编码的蛋白由504个氨基酸组成,具有11个跨膜域,1个N-糖基化位点、3个酪蛋白激酶磷酸化位点和8个蛋白激酶C磷酸化位点.同源性分析发现,PbAMT1;2与其他植物的AMT具有较高的一致性,其中与百脉根LjAMT1;2的一致性为80.23%,与拟南芥AtAMT1;2的一致性为78.68%,与番茄LeAMT1;2的一致性为77.80%.系统进化树分析表明,PbAMT1;2属于AMT1亚家族.半定量RT-PCR结果显示,PbAMT1;2主要在根部表达,而在茎和叶中几乎没有表达.以杜梨、豆梨、砂梨、白梨、秋子梨和西洋梨等6种梨属植物的DNA为模板,高保真Taq酶PCR扩增AMT1;2基因ORF区DNA序列,发现6种梨属植物的AMT1;2 ORF区DNA序列长度均为1 515 bp,相似性高达99.48%,但在44个核苷酸位点中存在SNPs,导致18个氨基酸位点发生变异,多态性频率为1SNP/34.43 bp,核苷酸变异度为2.9%,氨基酸变异度为3.57%.
- 丛郁杨顺瑛宋志忠郝东利苏彦华
- 关键词：杜梨克隆梨属植物单核苷酸多态性
- 葡萄AMT基因家族生物信息学分析被引量：10
- 2011年
- 运用隐马尔柯夫模型,对葡萄的蛋白质数据库进行搜索,共找到12个AMT蛋白同源序列。利用生物信息学方法对葡萄12个AMT基因进行染色体定位,进而预测它们的氨基酸组成成分、理化性质以及二级结构,并分析葡萄与拟南芥、水稻和杨树AMT基因家族之间的联系。基因组定位结果发现12个AMT基因分布在6条染色体上,较拟南芥AMT基因在染色体上的分布更为集中。12个葡萄AMT蛋白序列可分成2个亚族,AMT1亚族有3个成员,其余为AMT2亚族成员。研究中发现不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;二级结构预测结果显示,12个AMT氨基酸序列以α-螺旋和无规则卷曲为主要组成部分。基因结构分析表明,仅有2个葡萄AMT基因家族成员不含内含子,其余10个AMT基因含有1～4个内含子。对葡萄AMT蛋白的亚细胞定位分析表明:12个VvAMT均定位于膜结构上。对获得的12个葡萄AMT基因进行EST分析,只有5个有对应的EST序列,而仅有2个有相应的电子表达谱。
- 丛郁杨顺瑛宋志忠郝东利苏彦华
- 关键词：葡萄AMT基因家族生物信息学分析
