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基于高通量测定肉鸡回肠微生物多样性及PICRUSt基因预测分析: 本试验旨在研究健康肉鸡回肠的微生物群落结构及功能。采用高通量测序技术对15只鸡的回肠内容物进行测序,按照97%的相似度归类OTUs,去除序列数量少的OTUs(n<2),然后进行生物信息学分析及PICRUSt基因预测。结果...; 徐帅林奕岑周梦佳倪学勤曾东曾燕; 关键词：肉鸡回肠高通量测序

基于高通量测定肉鸡回肠微生物多样性及PICRUSt基因预测分析被引量：18: 2016年; 本试验旨在研究健康肉鸡回肠的微生物群落结构及功能。采用高通量测序技术对15只鸡的回肠内容物进行测序,按照97%的相似度归类操作分类单元(OTUs),去除序列数量少的OTUs(n<2),然后进行生物信息学分析及PICRUSt基因预测。结果表明:1)共获得424 062条tags,并归类于1 002个非单OTUs,样品平均tags为(28 271±8 855)条,平均OTUs为(261±82)个。2)所有样品共含有20个菌门,160个菌属。其中,共享核心菌门4个,分别是厚壁菌门(85.35%)、变形菌门(6.09%)、蓝细菌门(2.15%)和放线菌门(0.16%);共享核心菌属19个,占样品微生物总量的93.75%。3)鸡回肠样品预测得出328个功能。从前20个功能热图可知,各样品的效能存在差异。由此可见,鸡回肠微生物群落复杂,但主要菌群相对稳定。本试验为进一步研究鸡回肠微生物群落结构与功能提供了参考依据。; 徐帅林奕岑周梦佳倪学勤曾东曾燕; 关键词：肉鸡回肠高通量测序

基于高通量测定肉鸡回肠微生物多样性及PICRUSt基因预测分析: 本试验旨在研究健康肉鸡回肠的微生物群落结构及功能。采用高通量测序技术对15只鸡的回肠内容物进行测序,按照97%的相似度归类OTUs,去除序列数量少的OTUs(n<2),然后进行生物信息学分析及PICRUSt基因预测。结果...; 徐帅林奕岑周梦佳倪学勤曾东曾燕; 关键词：肉鸡回肠高通量测序; 文献传递

地衣芽孢杆菌对坏死性肠炎雏鸡回肠组织及细胞因子的影响被引量：8: 2013年; 为了探讨地衣芽孢杆菌对坏死性肠炎雏鸡回肠组织及细胞因子的影响,选用1日龄铁脚麻鸡120只,随机将其分为对照组、感染组、预防组（1g/kg菌粉Ⅰ）,治疗组（0.5g/kg菌粉Ⅰ＋4g/kg菌粉Ⅱ）。感染组、预防组、治疗组15日龄灌喂球虫,17~20日龄灌喂产气荚膜梭菌（1×108CFU/mL）1mL,对照组灌喂相同剂量生理盐水。采用Real-time PCR方法检测回肠组织中IFN-α、IFN-γ、IL-1β、IL-6等4种细胞因子的表达水平,切片观察回肠组织变化。结果,产气荚膜梭菌的攻毒使雏鸡外周血白细胞及回肠组织细胞因子显著增加,回肠组织切片可见明显病变。地衣芽孢杆菌的补充减少了肠道病变及外周血白细胞数量。此外,与感染组相比,治疗组IFN-γ、IL-1β、IL-6的表达水平均显著降低,而预防组仅IL-1β显著低于感染组,其他细胞因子的表达无差异。结果表明,地衣芽孢杆菌对试验性雏鸡坏死性肠炎的防治具有促进作用。; 倪学勤刘丽达曾东李洁萍魏豪彭芝榕周梦佳; 关键词：雏鸡地衣芽孢杆菌坏死性肠炎细胞因子

利用Illumina MiSeq测序平台分析肉鸡盲肠微生物多样性被引量：14: 2016年; 为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索,选取15只饲养在相同条件下的科宝-500肉鸡,利用Illumina MiSeq测序平台与Qiime等16srRNA序列分析工具在22日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示:1)测序共获得359 158条有效序列与3 210个OTU,并且由稀释曲线可以证明此次测序结果比较全面的覆盖了肉鸡盲肠微生物群落。2)各样品菌群之间存在差异,得到序列的数量以及菌群多样性差别较大。3)通过核心菌群分析可知,4个共享菌群在门水平上分别为:拟杆菌门Bacteroidetes(70.0%±12.1%)、厚壁菌门Firmicutes(25.4%±11.2%)、变形菌门Proteobacteria(4.3%±3.7%)和蓝菌门Cyanobacteria(0.3%±0.5%)。4)有益菌群如乳酸杆菌属Lactobacillus、双歧杆菌属Bifidobacterium虽然存在于盲肠微生物中,但相对丰度不高。5)PICRUSt分析盲肠菌群对应的基因功能发现:功能转运、嘌呤代谢、DNA修复重组蛋白、氧化磷酸化和甲烷代谢等基因功能丰度最高。由此可见,个体差异虽然对肉鸡盲肠微生物结构影响较大,但是仍然存在不少共性。; 林奕岑徐帅倪学勤曾东周梦佳曾燕; 关键词：肉鸡盲肠微生物 ILLUMINA

地衣芽孢杆菌H2对坏死性肠炎肉鸡生长性能及肠道菌群的影响被引量：8: 2017年; 为研究地衣芽孢杆菌H2对坏死性肠炎肉鸡生长性能及肠道菌群的影响,选取240只1日龄科宝-500肉鸡,随机分为Ⅰ组(空白对照组)、Ⅱ组(造模组)、Ⅲ组(球虫+鱼粉组)和Ⅳ组(地衣芽孢杆菌防治组)。Ⅱ组、Ⅲ组和Ⅳ组从14日龄起饲喂添加30%鱼粉的日粮并于15日龄灌喂球虫,Ⅱ组和Ⅳ组18~20日龄连续灌喂产气荚膜梭菌(2.2×108 cfu/mL)1mL,其余各组灌喂同等剂量的生理盐水,试验期总共为22d。结果表明:坏死性肠炎的发生会显著降低肉鸡体增重升高料重比(P<0.05),地衣芽孢杆菌的添加能提高坏死性肠炎肉鸡体增重。DGGE图谱聚类结果显示,肉鸡回肠内容物菌群主要聚为两簇,Ⅳ组和Ⅰ组聚为一簇,Ⅱ组和Ⅲ组聚为一簇,相似性为0.70。此外,与Ⅱ组相比,Ⅰ组和Ⅳ组回肠内容物中乳杆菌属数量显著增加(P<0.05),Ⅰ组肠杆菌科数量显著降低(P<0.05),Ⅳ组肠杆菌科数量降低且与Ⅰ组无显著差异(P>0.05)。综上所述,在日粮中添加地衣芽孢杆菌能改善坏死性肠炎肉鸡生长性能,调节由坏死性肠炎导致的菌群失调。; 周梦佳曾东倪学勤涂腾王鹤松; 关键词：地衣芽孢杆菌肉鸡坏死性肠炎肠道菌群

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四川省国际科技合作与交流研究计划项目(2013HH0055)