宁夏回族自治区自然科学基金(NZ1024)
- 作品数：4 被引量：17H指数：3
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- 基于傅里叶分析的蛋白质编码区预测中功率谱密度计算方法研究被引量：6
- 2011年
- 提出一种新的功率谱算法——多滑动窗周期图法.新算法和传统周期图功率谱密度算法在ALLSEQ和HMR195两个DNA序列集上进行了基因预测实验.以近似相关系数AC作为预测准确率测度,实验结果表明,新算法的预测准确率比基于传统周期图法的傅里叶分析基因预测算法有较大提高.
- 马玉韬车进刘大铭
- 关键词：傅里叶分析
- DNA序列映射方法对蛋白质编码区预测准确率的影响被引量：7
- 2012年
- [目的]探讨当前主要的DNA序列映射方法对蛋白质编码区的预测准确率的影响,寻找有效的映射方法。[方法]以AC(Approxi-mate Correlation)为碱基层的预测准确率的测度,采用FIR(Finite Impulse Response)窄通带滤波器预测算法研究各种映射方法对预测准确率的影响。[结果]在ALLSEQ和HMR195 2个DNA序列集上,Voss法和Z-curve方法是较PN(Paired Numeric)法、EIIP(Electron-IoInteraction Potential)法和复数法更为有效的映射方法。[结论]该研究结果为用预测结果的AC值来验证新映射方法的有效性奠定了基础,对利用生物信息学方法正确揭示DNA序列的结构具有重要意义。
- 马玉韬张成杨泽林李琦杨婷
- 关键词：蛋白质编码区映射方法加窗
- 加窗窄通带滤波器蛋白质编码区预测算法被引量：5
- 2013年
- 改进Gabor小波变换(Modified Gabor wavelet transform,MGWT)蛋白质编码区预测算法给出的预测结果在当前所有的独立预测算法中准确率最高。本文提出了有限脉冲响应(Finite impulse response,FIR)加窗窄通带滤波器蛋白质编码区预测(Windowed narrow pass-band filter,WNPBF)算法。算法的主要部分包括:以F56F11.4序列为例给出了WNPBF阶数选择的依据,并据此设计WNPBF;为消除滤波器群延迟对预测结果产生的不良影响,对信号用边界对称延拓法进行预处理并对窄带滤波器滤波输出信号进行截取;为改善预测结果,设计滑动平均滤波器平滑功率谱密度曲线。在ALLSEQ和HMR195两个DNA序列集上获得预测准确率分别接近或达到独立预测算法的最高水平。通过比较后发现,所提出的WNPBF算法较MGWT算法效率更高,使用该算法可以直观和客观地比较不同滤波器的预测结果。
- 马玉韬车进关欣滕建辅
- 关键词：FIR滤波器窗函数法群延迟
- 基于全相位滤波理论的基因预测被引量：2
- 2013年
- 基于全相位滤波理论,设计了一种新的FIR窄通带滤波器———APNPBF.它能精确控制通带增益,且不需反复进行参数调试.使用频率采样、Chebyshev窗和全相位窄通带滤波器分别作为蛋白质编码区预测算法的核心,在ALLSEQ和HMR195 2个DNA序列集上获得的碱基层预测准确率AC表明,APNPBF效果优于现有方法.
- 马玉韬轩秀巍车进滕建辅
- 关键词：全相位基因预测窗函数
