目的采用新型淬灭剂结合荧光PCR检测幽门螺杆菌克拉霉素耐药基因突变的检测方法。方法根据幽门螺杆菌23S r DNA第2142和2143两个基因多态性位点设计引物和标记新型荧光淬灭剂的探针;提取幽门螺杆菌菌体总DNA,采用实时荧光定量PCR方法对收集的55株幽门螺杆菌临床分离株进行检测,同时与Taq Man探针和直接测序方法结果进行比对,进一步评价其临床实用性。结果本试验建立的方法能特异性地甄别23S r DNA第2142和2143位点的基因多态性,除对应位点的探针出现荧光信号外,其他探针均为阴性。该方法的变异系数小于5%,样本灵敏度可达到1 copy/反应。对收集的55株幽门螺杆菌临床分离株进行检测,检测到AA型菌株36株(65.45%)、AG型菌株15株(27.27%)和GA型菌株4株(7.27%),与Taq Man探针及直接测序结果均一致。结论本试验所建立的方法能有效甄别幽门螺杆菌克拉霉素耐药基因突变位点A2142G和A2143G。
目的比较不同粪便DNA提取试剂盒及粪便样本不同储存时间对粪便人基因组DNA提取效率的影响。方法对18例体检健康者使用QIAamp DNA Stool Mini Kit,MO BIO UltraCleanFecal DNA Isolation Kit,E.Z.N.A.Mag Bind Stool DNA Kit 3种粪便DNA提取试剂盒进行粪便DNA提取,通过紫外分光光度法对总DNA产量和纯度进行分析,通过实时荧光聚合酶链反应(PCR)方法对提取产物中结肠腺瘤性息肉病基因进行定量,并比较人基因组DNA提取效率的差异及不同样本储存时间对其影响。结果在3种试剂盒中,QIAamp DNA Stool Mini Kit对人基因组DNA的提取产量最高(平均67.81 ng/g),E.Z.N.A.Mag Bind Stool DNA Kit提取产物纯度最高(A260/A280平均2.07),MO BIO UltraCleanFecal DNA Isolation Kit操作耗时最短(约40 min);粪便样本在-70℃条件下储存30 d内,不同储存时间对总DNA提取效率差异有统计学意义(P<0.01)。结论 QIAamp DNA Stool Mini Kit对粪便人基因组DNA的提取效率最高,且于-70℃储存粪便样本30 d内对人基因组DNA提取效率无影响。
