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HIV-1整合酶活性检测方法的研究进展: 2011年; H IV-1整合酶介导病毒DNA与宿主染色体的整合,是病毒复制周期中必不可少的环节,抑制整合酶能有效阻止病毒在体内复制.同时,人体细胞中无整合酶的功能类似物,因此,整合酶是抗H IV-1的理想靶点.近年来,整合酶活性的体外检测方法得到快速发展,并广泛应用于整合酶活性检测、反应机理研究及整合酶抑制剂的体外筛选等研究中.本文综述了整合酶活性检测方法的研究进展.; 王存新陈霞何红秋谭建军; 关键词：艾滋病病毒整合酶

计算机辅助设计抗HIV-1整合酶抑制剂的研究进展被引量：4: 2010年; HIV-1整合酶是HIV-1生命周期中必不可少的酶之一,已成为目前最具潜力的抗HIV药物设计的靶点之一。2007年,Merk公司研发的MK-5108作为首个整合酶抑制剂药物被美国食品药物管理局批准上市,标志着整合酶抑制剂研究的重大突破,也激发了抗HIV-1整合酶抑制剂研究的新一轮高潮。计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CADD)具有效率高、成本低等特点,基于计算机辅助手段合理药物设计已取得了很大的进展。文章综述了近几年来计算机辅助设计抗HIV整合酶抑制剂及耐药机理方面的研究进展。; 刘畅谭建军刘明张小轶陈慰祖王存新; 关键词：HIV-1整合酶抑制剂合理药物设计

人免疫缺陷病毒-1p66蛋白在大肠埃希菌中低温长时间诱导表达和活性鉴定被引量：3: 2011年; 目的人免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)-1逆转录酶是由p66和p51亚单位组成的异二聚体,抑制其活性可阻断HIV-1的复制,是治疗获得性免疫缺陷综合征(acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)的重要靶点。获得大量纯化的HIV-1 p66亚单位蛋白有助于研究其活性,为抗HIV-1药物研究提供药物筛选平台。文中构建HIV-1逆转录酶基因的原核表达系统,获取高纯度高活性的HIV-1 p66亚单位重组蛋白。方法用PCR从含HIV-1 HXB2标准株全基因的质粒中扩增出编码HIV逆转录酶p66亚单位的基因,通过酶切、连接等方法构建重组质粒pET-28a(+)-p66,并转化到宿主菌大肠埃希菌BL21(DE3)中,用异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷(isopropylβ-D-thiogalactoside,IPTG)诱导表达。表达产物经镍柱亲和层析纯化后获得HIV逆转录酶p66亚单位蛋白。结果所构建了pET-28a(+)-p66质粒酶切片段为1680 bp,测序符合HIV逆转录酶p66亚单位编码基因序列。在IPTG诱导下表达相对分子质量为66 000的HIV逆转录酶p66亚单位蛋白。结论成功构建了pET-28a(+)-p66质粒,具有较高的HIV逆转录酶p66亚单位蛋白表达效率及活性。; 张海锋何红秋刘斌杨东张小轶谭建军陈慰祖王存新; 关键词：人免疫缺陷病毒逆转录酶

病毒末端DNA与不同长度HIV-1整合酶四聚体的对接研究(英文)被引量：3: 2010年; 整合酶(integrase,IN)是HIV病毒复制周期中的一个重要酶,一般认为,IN是以四聚体形式发挥其生物活性。本文用DOT软件包研究了IN四聚体与8个不同长度病毒末端DNA的结合模式,以及病毒DNA长度对二者识别的影响。结果表明,IN有3个DNA结合区域,其中两个是病毒DNA结合区域,另外一个是宿主DNA结合区域。模拟结果与实验数据吻合较好,本研究为基于整合酶结构的药物研发及整合酶整合机理的研究提供了良好的基础。; 柯国涛李平胡建平谭建军陈慰祖王存新; 关键词：分子对接 HIV-1整合酶 DNA

HIV-1跨膜蛋白gp41与N-取代吡咯衍生物的结合模式研究(英文)被引量：3: 2010年; 采用分子对接,分子动力学(MD)模拟和分子力学/泊松-波尔兹曼溶剂可有面积方法与分子力学/广义伯恩溶剂可及面积方法(MM-PBSA/MM-GBSA),预测两种N-取代吡咯衍生物与HIV-1跨膜蛋白gp41疏水口袋的结合模式与作用机理.分子对接采用多种受体构象,并从结果中选取几种可能的结合模式进行MD模拟,然后通过MM-PBSA计算结合能的方法识别最优的结合模式.MM-PBSA计算结果表明,范德华相互作用是结合的主要驱动力,而极性相互作用决定了配体在结合过程中的取向.进一步的结合能分解显示,配体的羧基与gp41残基Arg579的静电相互作用对结合有重要贡献.上述工作为进一步优化N-取代吡咯衍生物类的HIV-1融合抑制剂建立了良好的理论基础。; 丛肖静谭建军刘明陈慰祖王存新; 关键词：分子对接分子动力学模拟

T66I突变提高HIV-1整合酶大肠杆菌表达可溶性研究: 2010年; 在研究HIV-1整合酶(IN)抗药性突变T66I时,发现这一突变同时可以提高整合酶的溶解性。原核表达了IN1?288/T66I和野生型(WT),取菌体破碎后的上清,SDS-PAGE和his标签蛋白质染色进行分析,结果表明IN1?288/T66I可溶性约是WT的2.4倍。600ml培养基中诱导表达IN1?288/T66I/BL21,亲和层析纯化共收获蛋白质4.72mg。用改进的ELISA方法测定IN1?288/T66I和IN1-288/F185K/C280S链转移催化活性,结果显示两种蛋白质活性基本相当。提供了有别于F185K/C280S突变的另外一种整合酶可溶性表达的途径,IN1?288/T66I重组蛋白还可以应用到整合酶抑制剂筛选中,以获取避开T66I抗药性突变的抑制剂。; 杨东刘斌何红秋张小轶张海锋许先进陈慰祖王存新; 关键词：整合酶可溶性表达

BtuC-POPC脂膜体系的分子动力学模拟: 2009年; 大肠杆菌的维生素B12转运蛋白(BtuCD)属于ATP结合盒转运蛋白,目前对BtuCD转运底物进入胞质内的确切机制仍不清楚.本研究将BtuCD的跨膜结构域BtuC插入棕榈酰油酸磷脂酰胆碱(POPC)双层膜中,通过MD模拟来研究BtuC的功能性运动.通过超过57ns的MD模拟得到了稳定的蛋白质-脂双层膜体系.模拟结果发现,POPC双层膜能够调整其厚度以适应其中的BtuC.反映脂双层膜性质的两个参数,即每个脂分子的面积和脂双层膜厚度,均与实验测得数据吻合.通过对从MD模拟提取的轨迹进行主成分分析(PCA),使得能从原子水平上了解BtuC的几种主要运动模式.结果表明,尽管BtuC的几种主要运动模式各不相同,却都实现了跨膜通道维度的改变,控制通道开口的打开和闭合.这些BtuC运动模式和与其相互作用的BtuF和BtuD的功能性运动很好的偶合.BtuC的运动主要体现在周质一侧的区域,控制跨膜通道在该侧开口的大小.MD模拟过程中,这一侧开口可以比晶体结构反映的"开放"状态更开放.在胞质一侧,并未观察到通道开口的明显变化.意外的是,尽管BtuC两个结构域具有相同的序列和类似的高级结构,但它们在运动上却有明显差异.这些结果有助于在原子水平上理解底物的转运机制.; 孙庭广刘明陈慰祖王存新; 关键词：主成分分析

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北京市自然科学基金(7082006)