国家自然科学基金(20675057)
- 作品数：2 被引量：2H指数：1
- 相关作者：李通化孙江明朱莉熊文炜唐胜男更多>>
- 相关机构：同济大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学一般工业技术金属学及工艺理学更多>>
- 生物信息统计预测中新编码方法的研究
- 随着大规模测序工作的进行,大量蛋白质缺乏必要的结构、功能注释信息,因此基于序列的生物统计预测成为富有挑战性的研究热点。传统的基于知识的生物统计方法,由蛋白质一级序列信息出发,提取特征变量,从而利用机器学习算法进行模式识别...
- 熊文炜李通化
- 关键词：蛋白质序列编码方法
- 文献传递
- 化学计量学方法在生物组学中的应用研究被引量：2
- 2009年
- 近年来，组学研究十分活跃，基因组学、蛋白组学、代谢组学等极大推动了生物学的进展，提高了人们对生命现象的认识，增强了人们与疾病斗争的能力。这些研究产生了海量的数据，促进了生物信息学的蓬勃发展，也提出了许多难点问题，化学计量学者十分关注这个领域，并积极参与研究和创新。这一方面是由于生物信息学中大多数方法与化学计量学相同，另一方面由于生物多样性及复杂性，需要不同的理论和方法，展示了巨大的空间，深深吸引我们进入生物组学研究。本文简单介绍我们研究小组近期做的工作。
- 李通化熊文炜孙江明刘日达吕彦彬唐胜男朱莉
- 关键词：化学计量学方法生物信息学基因组学蛋白组学代谢组学
- 三维非负张量分解及其在反应动力学中的应用
- 高阶数据特别适合用于复杂多组分体系分析,对于多维数据,PARAFAC与Tucker是两种比较有用的模型,基于这些模型的广义秩消失（GRAM）、直接三线性分解（DTLD）以及交替三线性分解（ATLD）等算法得到了广泛的应用...
- 孙江明李通化
- 关键词：非负矩阵分解
- 文献传递
- 新编码方法在人类POL Ⅱ启动子识别中的应用
- ＜正＞1 引言基因表达水平的分析对于研究及了解生物体特性和基因功能起着至关重要的作用。启动子是一段位于结构基因5′端上游的 DNA 序列,能活化 RNA 聚合酶,使之与模板 DNA 准确地结合并具有起始转录的特异性。转录...
- 智慧李通化
- 关键词：启动子识别编码方法SVM
- 文献传递
- 二恶英类有机污染物与芳烃受体蛋白相互作用的分子对接研究
- ＜正＞1．前言二恶英类环境污染物（Dioxins）是多氯代二苯并二恶英（PCDD）和多氯代二苯并呋喃 （PCDF）的总称,广泛存在与环境中,具有很高的致癌、致畸和免疫毒性[1]。二恶英类化合物对生物体的分子毒性作用是通过...
- 田青李通化陈开
- 关键词：二恶英同源建模分子对接定量构效关系
- 文献传递
- 基于环境的编码方法在预测HLA-A*0201结合多肽中的应用
- 2009年
- T淋巴细胞对抗原的识别是产生与调节有效免疫应答的关键,T细胞只识别主要组织相容性复合物(MHC)呈递上来的抗原,因此MHC与抗原多肽的结合就成为一系列免疫应答过程中基础的一环.为了辅助疫苗设计,多种机器学习技术已被普遍应用于MHC结合多肽的预报领域中.本文以支持向量机(SVM)为手段,以HLA-A*0201的实验数据集为对象,对多种肽段编码方法形成的模型进行评价,得到的AUC值的范围在0.932～0.936之间.提出一种新的利用抗原多肽结合环境的编码方法,使预报的AUC值提高到0.953.对独立数据集进行建模预报,同样证明环境编码模型的预报准确率高于传统编码方法的准确率.
- 赵璞李通化
