教育部科学技术研究重大项目(307025)
- 作品数：1 被引量：30H指数：1
- 相关作者：杨静马莉于钦亮王云月刘林更多>>
- 相关机构：云南农业大学更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划教育部科学技术研究重大项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 禾谷镰刀菌基因组中含寄主靶向模体分泌蛋白功能的初步分析被引量：30
- 2008年
- 基于生物信息学的方法,以SignalP v3.0、TargetP v1.01、Big-PI Predictor和TMHMM v2.0四个分析软件对禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum Schw.)全基因组的11 640个蛋白编码基因的N-端氨基酸序列进行信号肽分析,预测出606个潜在的分泌蛋白编码基因。通过对这些潜在的分泌蛋白进行MEME软件分析,发现其中有157个分泌蛋白的剪切点下游120氨基酸残基范围内具有一个保守的RXLX模体,其中有79个分泌蛋白具有可预测的功能性描述,包括FG00023.1具有与草酸盐氧化酶1有关的功能,FG01588.1具有与1,4-α-葡糖苷酶葡聚糖有关的功能,这些基因可作为禾谷镰刀菌致病相关的候选基因。其中FG04097.1编码的具有与丝氨酸型蛋白酶有关的功能在致病疫霉和疟原虫真核寄生物中具有相似保守的寄主靶标模体的效应蛋白中也观察到,但FG09127.1,FG05287.1编码的蛋白尚未被证明参与致病过程的研究报道。深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制。利用禾谷镰刀菌基因组学研究成果,结合计算机技术和生物信息学的方法,分析其分泌蛋白组学,将有助于全面掌握其致病因子的结构与功能。对于这些蛋白功能的比较研究,将有利于对禾谷镰刀菌致病性的分子机制的探索,并为设计新的防治措施提供理论依据。
- 于钦亮马莉刘林杨静苏源王云月朱有勇李成云
- 关键词：禾谷镰刀菌分泌蛋白生物信息学
