天津市自然科学基金(043608511)
- 作品数：2 被引量：4H指数：1
- 相关作者：徐垚赵林胜张维铭邢军刘文天更多>>
- 相关机构：天津医科大学总医院天津医科大学更多>>
- 发文基金：天津市自然科学基金天津市高等学校科技发展基金计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 胃癌相关基因gcI的克隆及其功能预测被引量：4
- 2005年
- 目的:应用生物信息学平台对胃癌相关基因表达片段进行cDNA全长克隆及序列分析和蛋白功能预测。方法:选用人胃癌、癌前病变及正常胃粘膜组织经mRNA差异显示技术筛选获得的差异表达片段,对所获得的1条功能未知基因表达片段“I”,利用5'cDNA末端快速扩增方法扩增全长cDNA,结合Northern杂交印迹方法进行验证分析;利用NCBI、EMBL数据库资源分析其编码氨基酸的生物学特征以及预测其编码蛋白的功能。结果:扩增得到序列I的全长cDNA,命名为gcI。分析显示gcI含有2个跨膜区,定位于胞膜;含有3个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N端豆蔻酰化作用位点。结论:克隆的胃癌相关基因表达全长序列gcI、编码与信号转导有关的跨膜蛋白,可能是参与胃癌发生过程中的相关基因。
- 邢军徐垚刘文天赵林胜张维铭
- 关键词：胃癌基因数据库搜索基因克隆
- 胃癌相关基因EST片段的筛选与gcI基因克隆
- 2005年
- 目的:结合生物信息学手段和实验途径研究mRNA差异显示方法得到的胃癌相关差异表达基因片段的特性。方法:mRNA差异显示技术筛选出的9条胃癌相关基因EST片段,通过国际互联网基因组数据库资源,分别使用BLAST软件将所得到的序列与EST数据库和基因组数据库进行比对分析,获得胃癌表达基因片段的特征信息。应用5'RACE方法延伸序列I,BioEdit软件对延伸的序列进行ORF分析,Northern印迹检测其在各种胃组织中的表达。结果:3条序列与已知基因序列同源,1条序列与CD98A的外显子同源,1条与SPTAN1同源,1条与RPS24同源;显示有3条序列与非编码区长散布核元件LINE区域匹配;3条为新的EST序列,其中1条获得cDNA全长序列,具有完整的读码框,编码120个氨基酸,命名为gcI,定位于染色体10q21-22。Northern验证gcI在胃癌组织中表达上调。结论:利用生物信息学方法对胃癌差异显示序列进行筛选,筛选出3条序列与已知基因同源;3条序列为新EST。对其中1条克隆全长序列,它可能参与了胃癌的发病过程。
- 邢军赵林胜徐垚刘文天李艳芸张维铭
- 关键词：胃癌EST生物信息学基因克隆
