云南省教育厅科研基金(07z11574)
- 作品数：4 被引量：15H指数：3
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- 胸腺嘧啶-巴比妥酸分子间相互作用的密度泛函理论研究被引量：1
- 2011年
- 采用密度泛函理论(DFT)研究胸腺嘧啶-巴比妥酸(B)分子间相互作用,得到了15个稳定二聚体构型.在B3LYP/6-311G**水平上计算了各复合物的全电子波函数(WFN),利用AIM2000软件,通过电子密度拓扑分析法对各复合物进行了详细的拓扑性质分析,同时进行了相对能的计算.结果显示,分子间Y…H存在键鞍点,且电子密度和Laplacian量都落在氢键建议范围之内,由此证明这种弱相互作用主要由氢键贡献.
- 林雪飞王芬张水花
- 关键词：胸腺嘧啶巴比妥酸分子间相互作用DFT
- 6-烷基鸟嘌呤与DNA碱基间氢键作用的理论研究被引量：7
- 2010年
- 用密度泛函B3LYP方法在6-311+G**基组水平上对鸟嘌呤及顺(cis-)、反式(anti-)-6-烷基鸟嘌呤(O6-AlkylG)与DNA碱基(胸腺嘧啶T、胞嘧啶C、腺嘌呤A、鸟嘌呤G)的氢键二聚体结构进行了优化.在MP2/cc-pVXZ(X=D,T)//B3LYP/6-311+G**水平上,采用完全基组外推方法校正了氢键二聚体的相互作用能,并用完全均衡校正法(CP)校正了基组重叠误差(BSSE).在B3LYP/6-311+G**水平上计算了各氢键碱基对的全电子波函数,并用分子中的原子理论(AIM)分析了碱基间的弱相互作用.计算结果显示,鸟嘌呤6-O烷基化改变了碱基间的氢键作用模式,使碱基对发生了明显的螺旋桨式扭转和不同程度的位移,碱基间的电子密度分布和氢键作用能明显减小.O6-AlkylG对DNA碱基间的氢键作用是去稳定化的,去稳定化影响的顺序为GC>GG>GA≈GT.计算结果与文献给出的实验结论基本一致.
- 林雪飞孙成科姚立峰陈益山杨思娅
- 关键词：鸟嘌呤烷基化氢键
- O^6-鸟嘌呤和O^4-胸腺嘧啶甲基化与DNA碱基异常氢键作用的理论研究被引量：7
- 2011年
- 用密度泛函B3LYP方法在6-311+G**基组水平上对顺(cis-)、反式(anti-)O6-甲基鸟嘌呤(O6-MeG)和O4-甲基胸腺嘧啶(O4-MeT)与DNA碱基(腺嘌呤A、鸟嘌呤G)的非Watson-Crick氢键二聚体进行了优化.在MP2/cc-pVXZ(X=D,T)//B3LYP/6-311+G**水平上,采用完全基组外推方法校正了氢键二聚体的相互作用能,并用完全均衡校正法(CP)校正了基组重叠误差(BSSE).此外,在B3LYP/6-311+G**水平上计算了各氢键碱基对的全电子波函数,并用分子中的原子理论(AIM)和电子密度拓扑方法分析了碱基间的弱相互作用.计算结果显示,甲基化使碱基对间的氢键作用模式发生了明显的扭转和不同程度的位移,碱基间的电子密度分布和氢键作用能明显减小,甲基化对O6-MeG和O4-MeT与DNA碱基间的氢键作用是去稳定化的,这种影响主要来自于大体积的甲基的空间效应和给电子效应,且对顺式的影响明显大于反式.计算结果与文献给出的实验结论基本一致.
- 林雪飞孙成科杨思娅余仕问姚立峰陈益山
- 关键词：甲基化氢键AIM
- DNA甲基化-非甲基化碱基间堆积作用的理论研究被引量：4
- 2010年
- 运用二级Mфller-Plesset(MP2)理论方法和cc-pVDZ基组优化了6-甲基鸟嘌呤(O6-MethylG),4-甲基胸腺嘧啶(O4-MethylT)以及5-甲基胞嘧啶(C5-MethylC)与DNA碱基鸟嘌呤(G),腺嘌呤(A),胞嘧啶(C),胸腺嘧啶(T)之间的堆积构型.在MP2/aug-cc-pVXZ//MP2/cc-pVDZ(X=D,T)水平上,采用完全基组外推方法校正了堆积碱基对间的相互作用能,并用完全均衡校正法(CP)校正了基组重叠误差(BSSE).MP2计算结果表明,DNA碱基甲基化使得嘧啶-嘧啶、嘧啶-嘌呤堆积碱基间的平行旋转角发生明显改变,并使堆积碱基间的相互作用能增大.在MP2/cc-pVDZ计算级别上得到了各堆积碱基对的全电子波函数,并用分子中的原子理论(AIM)分析了堆积碱基对间的弱相互作用.AIM分析结果显示,甲基化增强了堆积碱基间的π-π作用,且甲基氢与相邻碱基间形成H2CH…X(X=O,N,CH3,NH2)等类型的氢键.甲基化损伤使碱基间重叠程度增大、π-π作用增强以及堆积碱基间形成多个氢键,是堆积作用能增加的主要原因.
- 陈益山余仕问杨思娅
- 关键词：甲基化碱基对相互作用能
