江苏省“六大人才高峰”高层次人才项目(07-G-015)
- 作品数：3 被引量：30H指数：3
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- 基于16S rDNA序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究
- 对21种帘蛤科贝类线粒体16S rRNA基因片段的核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发育研究中的应用价值。结果表明:所有物种扩增片段长度504-642bp,具有明显的长度多态性,序列A+T含量59....
- 程汉良周旻纯陈冬勤彭永兴董志国易乐飞孟学平申欣
- 关键词：帘蛤科线粒体DNA
- 文献传递
- 基于16S rDNA序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究被引量：17
- 2012年
- 对21种帘蛤科贝类线粒体16SrRNA基因片段的核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发育研究中的应用价值。试验结果表明,所有物种扩增片段长度504～642bp,具有明显的长度多态性,序列A+T含量59.2%～69.0%,明显高于GC含量。物种间共有变异位点447个,其中简约信息位点351个。以16SrDNA片段序列为标记,以中国蛤蜊做外群,构建了帘蛤科贝类的系统发生树,拓扑结构显示,帘蛤科贝类形成3个明显类群,缀锦蛤亚科的13个种形成一个单系群,其结点自展值为93%。第二类群由雪蛤亚科、帘蛤亚科和镜蛤亚科的种类组成,结点自展值为87%。第三类群由仙女蛤亚科、青蛤亚科、楔形蛤亚科和文蛤亚科的种类组成,结点自展值为100%。结合拓扑结构分析和序列比对分析,本研究支持将短文蛤和丽文蛤订为文蛤的同物异名的观点,建议将丽文蛤和短文蛤订为文蛤的地理亚种;支持将薄片镜蛤和Dosinia angulosa订为2个独立种的观点;宜将波纹巴非蛤和织锦巴非蛤订为2个独立种。
- 程汉良周旻纯陈冬勤彭永兴董志国易乐飞孟学平申欣
- 关键词：帘蛤科线粒体DNARDNA
- 基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究被引量：10
- 2013年
- 对21种帘蛤科贝类线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发生研究中的应用价值。测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为707 bp(含引物),序列A+T含量(62.4%—67.8%)明显高于G+C含量。物种间共有变异位点379个,其中简约信息位点334个;此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点100个。以COI基因片段序列为标记,用中国蛤蜊(Mactra chinensis)作外群,构建了35种帘蛤科贝类(其中14种贝类COI序列从GenBank下载)的系统发生树,结合拓扑结构分析和序列比对分析,结果表明:支持将短文蛤(Meretrix petechinalis)和丽文蛤(M.lusoria)订为文蛤(M.meretrix)的同物异名的观点,建议将丽文蛤和短文蛤订为文蛤的地理亚种;支持将薄片镜蛤(Dosinia corrugata)和D.angulosa订为2个独立种的观点;认为将波纹巴非蛤(Paphia undulata)和织锦巴非蛤(P.textile)订为2个独立种是合适的。COI基因序列含有丰富的遗传信息,适合作为帘蛤科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记。
- 程汉良彭永兴董志国易乐飞孟学平申欣周旻纯陈冬勤
- 关键词：帘蛤科线粒体DNA
- 6种帘蛤科贝类18S rRNA基因全序列比较分析被引量：9
- 2008年
- 对文蛤（Meretrix meretrix）、青蛤（Cyclina sinensis）、江户布目蛤（Protothaca jedoensis）、薄片镜蛤（Dosinia corrugata）、紫石房蛤（Saxidomus purpuraus）和菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）6种帘蛤科（Veneridae）贝类的18S rRNA基因序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA基因序列全长分别为1900bp、1838bp、1831bp、1831bp、1829bp和1833bp。序列中A、T、C和G碱基的平均含量分别为24.0%、24.0%、24.2%和27.8%。用MEGA软件对6种帘蛤18S rRNA基因全序列进行了分析,对位排列后的总长度1 906 bp,其中变异位点210个,简约信息位点28个,si/sv=1.4（46/32）。从GenBank下载了7种帘蛤科贝类18S rDNA全序列,与本研究实测的6种帘蛤一起用MegAlign软件对其18S rDNA序列进行了比对,物种间序列相似百分比为88.7%-99.7%。文蛤与其他12物种间序列差异较大,序列差异百分比均超过了10%,其他各物种间序列差异百分比不超过3%。以异韧带亚纲（Anomalodesmata）笋螂目（Pholadomyoida）的Lyonsia floridana和Cardiomya costellata为外群,采用相邻连接法（NJ）和最大简约法（MP）构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示雪蛤亚科（Chioninae）、帘蛤亚科（Venerinae）和镜蛤亚科（Dosiniinae）的种类首先聚在一起,形成一个聚类簇;缀锦蛤亚科（Tapetinae）、卵蛤亚科（Pitarinae）、仙女蛤亚科（Callistinae）、青蛤亚科（Cyclininae）和文蛤亚科（Meretricinae）的种类先后分别单独聚成一枝;最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,说明18S rDNA序列适合作为帘蛤科系统发育研究的分子标记。
- 程汉良彭永兴王芳孟学平阎斌伦董志国
- 关键词：帘蛤科RRNA基因分子系统发育
