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国家科技重大专项(2012ZX10004215): 作品数：66 被引量：449H指数：11; 相关作者：阚飙靳淼毕振旺毕振强段招军更多>>; 相关机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所中国疾病预防控制中心山东省疾病预防控制中心更多>>; 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金河南省科技攻关计划更多>>; 相关领域：医药卫生生物学农业科学轻工技术与工程更多>>

双重荧光定量一步RT-PCR法同时检测GⅠ、GⅡ型诺如病毒被引量：14: 2013年; 建立一种可同时检测诺如病毒GⅠ和GⅡ型的双重荧光定量一步法RT-PCR方法。应用针对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的特异性引物以及Taqman探针,优化反应体系及条件,建立双重荧光定量一步法RT-PCR方法。对该方法的灵敏度、特异性、重复性进行评估,并对粪便标本进行检测,以传统RT-PCR方法作为参考评价此方法。结果表明,该方法特异性强,与肠道腺病毒、轮状病毒、星状病毒均无交叉反应,对GⅠ和GⅡ型诺如病毒核酸的最低检出限分别可达103拷贝/μL,具有很好的重复性。对100份粪便标本进行检测,诺如病毒的阳性率为31%,其中GⅠ型为3%,GⅡ型为28%,而传统RT-PCR法的检出率为22%。本文建立的双重荧光定量一步RT-PCR法能同时对GI和GII型诺如病毒进行快速检测,其灵敏度高、特异性好,可应用于胃肠炎病人中检测诺如病毒。; 周冬梅靳淼李慧莹徐子乾段招军; 关键词：诺如病毒一步法 RT-PCR

GII.12型诺如病毒与受体HBGAs结合模式分析被引量：1: 2015年; 为阐明GII.12型诺如病毒与组织血型抗原(Histo-blood group antigens,HBGAs)受体结合模式,本研究首先合成GII.12型诺如病毒毒株Pune株(GenBank登录号:EU921353)P区基因序列,并在原核系统中表达P蛋白,利用快速液相色谱分析鉴定P粒子的形成,将P粒子免疫小鼠,应用HBGAs表型明确的唾液样本分析P粒子的HBGAs结合模式。通过唾液结合分析,GII.12型诺如病毒Pune株与B型、AB型唾液结合较高,与A型、O型分泌型及O型非分泌型唾液结合较低,表明GII.12型诺如病毒与B抗原亲和性更高,这与先前GII.12型诺如病毒晶体结构的研究一致。这些研究提示,B型、AB型个体相对于其他血型个体,可能对GII.12型诺如病毒更具易感性。GII.12型诺如病毒与B抗原有更高的亲和性,为GII.12型诺如病毒的预防和控制提供了科学基础。; 靳淼陈克娜宋敬东李慧莹章青孔翔羽刘娜高基民段招军; 关键词：诺如病毒急性胃肠炎

2013-2015年郑州67株甲型副伤寒沙门菌分子分型与耐药研究被引量：7: 2017年; 目的分析2013—2015年郑州甲型副伤寒沙门菌临床分离株的耐药状况与脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子型别特征。方法于2013—2015年，从郑州发热伴出疹症候群监测系统2个哨点医院内，分离经病例血培养和粪便培养的67株甲型副伤寒沙门菌，其中2013年11株，2014年7株，2015年49株。根据国际PulseNet网络实验室公布的沙门菌PFGE分型操作规程与美国临床实验室标准化协会沙门菌K-B法药敏试验方案，对67株甲型副伤寒沙门菌进行药敏试验与PFGE脉冲场凝胶电泳分子分型分析。结果 67株甲型副伤寒沙门菌对13种抗生素均有不同程度的耐药，有65株为多重耐药株（97.0%），其中耐2~3种的为5株（7.5%），耐5~8种的为41株（61.2%），耐9~10种的为11株（16.4%），耐11~12种的为8株（11.9%）。经XbaⅠ酶切与脉冲场凝胶电泳后，67株甲型副伤寒沙门菌共获得10种带型（PTYA1~10），每种带型包含1~48株菌株，相似度为94.31%~100%。其中PTYA3包含48株菌，为其优势带型；PTYA1、9包含6株菌；PTYA2、4、5、6、7、8、10各包含1株菌。结论郑州市临床分离的甲型副伤寒沙门菌耐药状况普遍比较严重，PFGE带型呈现多样性的同时又具有较显著的优势带型特点，部分带型与其对应的耐药谱具有一定的关联性与聚集性。; 赵嘉咏张胜勇张白帆穆玉姣苏佳黄学勇许汴利; 关键词：沙门菌甲型副伤寒脉冲场

大肠埃希菌的群体基因组学研究被引量：1: 2016年; 将群体遗传学的理论与方法应用于特定种群多个分离株的全基因组序列中，进行数据挖掘和分析的学科称为群体基因组学（population genomics）。近年来，测序技术的迅猛发展使得低成本、快速获得大量个体全基因组序列成为可能，这推动了群体基因组学在进化领域的广泛应用。本文以经典模式生物大肠埃希菌为例，回顾了大肠埃希菌A、B1、B2、D和E五个基因型之间进化关系的确立历程；总结了基因组突变率、选择信号以及适应性进化模式的分析实例；并对群体基因组学在应对O157：H7和O104：H4菌株所致疫情暴发中的应用进行了综述。这些研究结果说明，尽管发展时间较短，群体基因组学在解析细菌种群结构、探索进化规律以及疾病暴发应对等领域已经发挥了重要作用；加强该学科研究对大肠埃希菌以及其他病原细菌的进化与防控研究工作均有积极意义。; 武雅蓉杨瑞馥崔玉军; 关键词：大肠杆菌基因组种群结构

rpoD和gyrA基因对气单胞菌鉴定的比较分析被引量：11: 2016年; 目的使用rpo D和gyr A基因对气单胞菌进行种水平的鉴定,比较两者分类结果的差异,同时对本研究中187株气单胞菌进行较为准确的种水平的分类。方法对生化鉴定的187株气单胞菌进行rpo D和gyr A基因聚合酶链反应扩增并测序,将序列与种特异的参考序列一起构建系统发育树。结果 187株菌经rpo D基因鉴定为7个种,经gyr A基因鉴定为9个种,还有一个未定种。两者鉴定最多的3个种一致,即维氏气单胞菌温和生物变种、豚鼠气单胞菌和水族馆气单胞菌。gyr A基因鉴定增加的2个种是异嗜糖气单胞菌和简氏气单胞菌。rpo D和gyr A基因对气单胞菌鉴定一致的有174株(93%),但有13株菌(7%)两者鉴定不一致。结论 rpo D和gyr A基因能够对大部分气单胞菌进行准确一致的分类,对于两者鉴定不一致的菌株,应增加管家基因进行分析。; 李欣悦李凤娟杜鹏程王瑞白王多春; 关键词：气单胞菌 GYRA基因

细菌基因组同源重组:量化与鉴定被引量：2: 2016年; 同源重组(Homologous recombination)是塑造细菌群体多样性的重要原因之一。遗传物质通过同源重组在细菌不同种系间进行水平转移,打乱了克隆繁殖形成的竖向系统发育结构,从而为系统发育重建和种群结构判定带来困难。本文讨论了同源重组对系统发育分析和进化研究的影响,从实际应用的角度对量化重组程度和鉴定重组事件的常用软件及方法进行了综述,归纳了各软件工具和模型方法的优缺点,旨在对细菌重组分析和种群进化研究有所借鉴。; 杨献伟杨瑞馥崔玉军; 关键词：同源重组克隆基因组系统发育种群结构

北京2008-2009年成人急性胃肠炎病例中札如病毒的检测和分型被引量：11: 2015年; 目的了解北京地区2008-2009年成人急性胃肠炎病例中札如病毒的分子流行病学特征.方法收集2008年8月至2009年7月519例14岁以上急性胃肠炎门诊病例粪便标本和流行病学资料,利用RT-PCR方法检测札如病毒,测定所有阳性毒株序列并进行系统进化分析.结果札如病毒的检出率为3.7％（19/519）,主要在20 -39岁年龄组中检出,5月检出率最高,系统进化分析表明GⅣ札如病毒为主要毒株,其他基因型包括GⅠ.2和GⅡ.3型.结论札如病毒是北京地区成人急性胃肠炎的病原之一,GⅣ基因型是主要流行型别.; 靳淼李慧莹孔翔羽刘娜章青田耕李全瑞康利红段招军; 关键词：札如病毒胃肠炎基因型

2013年至2015年河南省肠炎沙门菌耐药状况与分子分型被引量：3: 2017年; 目的了解河南省腹泻患者肠炎沙门菌分离株的病原学、耐药特征与脉冲场凝胶电泳（PFGE）型别。方法收集2013年4月至2015年12月河南省7家腹泻病多病原监测哨点医院腹泻患者82株肠炎沙门菌，参照美国临床与实验室标准化协会（2015）的纸片法（Kirby-Bauer，K—B）药物敏感测试方案与判定标准，进行7类11种抗菌药物的药物敏感试验。根据国际细菌性传染病分子分型监测网络实验室公布的非伤寒沙门菌PFGE分子分型与BioNumerics6．0聚类分析方法对82株肠炎沙门菌进行分型。结果82株肠炎沙门菌47株分离自男性，35株分离自女性。0～5岁低龄儿童共分离到56株，其中6月龄至2岁婴幼儿分离到29株。分离时间集中于每年的5至11月份，其中3至4月份15株（18．3％），5至7月份27株（32．9％），8至10月份34株（41．5％），其余月份6株（7．3％），具有较典型的夏秋季节特征。82株肠炎沙门菌对氨苄西林耐药64株（78．0％），对头孢他啶耐药23株（28．0％），对头孢噻肟耐药39株（47．6％），对头孢吡肟耐药13株（15．9％），对萘啶酸耐药55株（67．1％），对环丙沙星耐药24株（29．3％），对庆大霉素耐药32株（39．0％），对氯霉素耐药14株（17．1％），对甲氧苄氨嘧啶耐药47株（57．3％），对复方新诺明耐药13株（15．9％），对四环素耐药21株（25．6％）。82株肠炎沙门菌均对2种以上抗菌药物耐药，其中耐3～4种的为21株（25．6％），耐5～6种的为32株（39．0％），耐7～8种的为29株（35．4％）。经XbaI酶切和PFGE后82株肠炎沙门菌共分为25种带型（ENI-EN25），各带型包含菌株数为1～26株不等，带型相似度为59．33％～100．00％，EN1、EN2分别包含26和16株菌，为该血清型主要优势带型。结论河南省临床分离的肠炎沙门菌耐药状况较严重，PFGE带型呈现出多样性的同时又具有一�; 赵嘉咏张白帆穆玉姣苏佳黄学勇夏胜利; 关键词：沙门菌肠炎分子分型脉冲场凝胶电泳

河南省2013—2015年病毒性腹泻哨点医院监测结果与分析被引量：7: 2016年; 目的分析2013-2015年河南省监测哨点5岁以下腹泻儿童轮状病毒（HRV）、人感染杯状病毒（HuCV）、人感染星状病毒（HAtV）及肠道腺病毒（EAdV）的感染状况。方法采集4个哨点医院腹泻儿童住院病例粪便样本880份，ELISA法检测A组HRV并进行G/P基因分型；二步法多重RT-PCR检测B/C组HRV、HuCV和HAtV，单重PCR检测EAdV；对阳性病例进行流行病学统计分析。结果共检出阳性样本594份（含混合感染样本24份）：HRV 370份，阳性率42.0%，男性感染率高于女性，农村高于城市，小年龄组高于大年龄组；HuCV 162份，阳性率18.4%；HAtV 69份，阳性率7.8%；EAdV 17份，阳性率1.9%，3种病毒的城市总阳性率高于农村。A组HRV存在以G9P［8］为主的多种型别，秋季和春季有两个显著高峰；HuCV以诺如Ⅱ型为主，存在春季感染高峰。阳性病例以0-12月龄（HRV）和3-5岁（HuCV）为主；临床存在不同程度的发热、腹泻、呕吐等症状，性别及地区分布存在病原学差异。结论河南省监测哨点5岁以下患儿中存在较高的腹泻病毒感染率，不同感染类别呈现不同的流行病学及临床特点。; 赵嘉咏申晓靖张白帆王泽乾夏胜利黄学勇许汴利; 关键词：腹泻病毒婴幼儿基因分型流行病学特征

高通量半自动细菌核酸提取与纯化体系的构建被引量：2: 2016年; 目的建立高通量、半自动化核酸提取与纯化体系,满足病原体网络化监测的应用。方法使用自动液体处理器、可丢弃性机械手枪头以及96孔板型核酸提取试剂盒实现细菌核酸提取与纯化的半自动化;比较构建的体系中,不同仪器参数组合条件下核酸的产量、质量以及样品之间的交叉污染率。结果菌液的浓度与是否能够完成核酸提取以及核酸的质量密切相关。活塞移动速度、液体混匀体积、可丢弃型机械手枪头与液面之间的位置关系与样品之间的交叉污染密切相关;与传统的单个离心柱提取DNA的方法相比,本实验建立的高通量半自动化核酸提取与纯化体系的工作效率提高2.5倍。结论本实验建立的高通量、半自动化核酸提取与纯化体系制备的核酸能够满足绝大多数下游分子生物学应用,该体系在病原体网络化监测实验室中有较好的应用前景。; 赵宏群卢昕逄波; 关键词：交叉污染

国家科技重大专项(2012ZX10004215)

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