国家自然科学基金(31071800)
- 作品数：13 被引量：194H指数：6
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- 相关机构：浙江省农业科学院南京农业大学苏州农业职业技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省自然科学基金浙江省公益性技术应用研究计划项目更多>>
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- 植物实时荧光定量PCR内参基因的特点及选择被引量：103
- 2012年
- 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)具有灵敏度高、特异性强、重复的动态定量范围和高通量等优点,是进行植物基因表达和转录分析最常用的技术手段之一。选择合适的内参基因是正确运用实时荧光定量PCR分析目标基因表达变化的前提。近年来,大量研究表明,内参基因的选择应取决于研究者的实验条件;随着实验条件的变化,内参基因的选择也随之变化。因此,实时荧光定量PCR结果分析的准确性在很大程度上依赖于所选择的内参基因是否适合。该文从内参基因的选择、常用内参基因的特点、新内参基因的挖掘、应用内参基因组合的优点和内参基因的稳定性评价等几方面进行综述,以期为研究者在实验中选择合适的内参基因提供参考和理论依据。
- 袁伟万红建杨悦俭
- 关键词：基因表达分析QRT-PCR内参基因
- 植物类胡萝卜素裂解氧化酶研究进展被引量：11
- 2014年
- 类胡萝卜素是重要的四萜类脂溶性抗氧化剂,普遍存在于整个生物界。植物中类胡萝卜素通过其氧化酶催化裂解形成的脱辅基类胡萝卜素及其衍生物在影响农作物风味,调控植株形态建成,参与脱落酸形成等方面具有重要调控作用。CCOs基因家族编码的酶可以特异性的剪切类胡萝卜素的共轭双键形成不同类型的脱辅基类胡萝卜素产物。因此,参与类胡萝卜素代谢的CCOs酶及其裂解产物得到广泛的研究。本文从CCOs家族的数量与分布,酶结构及其生物功能三方面进行综述,并对CCOs家族未来的研究方向进行展望,以期为该领域研究提供有益参考。
- 韦艳萍庞欣刘云飞李志邈叶青静王荣青阮美颖姚祝平周国治杨悦俭万红建
- 关键词：类胡萝卜素
- 辣椒NBS-LRR类型抗病基因同源序列的克隆及分析被引量：5
- 2012年
- 为研究辣椒NBS-LRR类抗病基因的结构和功能特点,运用前人根据NBS-LRR类抗病基因保守结构域(P-Loop和GLPL)设计的简并引物,以辣椒PBC631B的基因组DNA为模板进行PCR扩增,共获得17个具有完整开放阅读框的辣椒抗病基因同源序列(CaRGA01～CaRGA17)。多重序列比对显示这些序列都含有NBS-LRR类基因的6个保守结构域(P-loop、RNBS-A-nonTIR或RNBS-A-TIR、Kinase-2、RNBS-B、RNBS-C和GLPL)。与已知6个抗病基因(Gpa2、L6、M、N、Prf和RPM1)构建系统进化树,发现这17个序列被分为TIR-NBS-LRR和nonTIR-NBS-LRR2组,进一步划分为4个亚组(CaRGAⅠ～CaRGAⅣ)。其中,CaRGA01和CaRGA13分别与来自番茄Solanum lycop-ersicum抗细菌性斑点病基因Bs4和番茄Solanum sp.VFNT抗线虫基因Mi-1.4相似性最高,分别为90%和91%,推测这2个序列可能是相关抗病基因的一部分或与相关抗病基因属于同一家族。这些结果将为研究辣椒抗病相关基因提供理论依据。
- 赵敬万红建杨悦俭侯喜林
- 关键词：NBS-LRR抗病基因同源序列辣椒克隆
- 番茄查尔酮合成酶基因的鉴定及生物信息学分析被引量：15
- 2013年
- 类黄酮(Flavonoids)是植物体内一类重要的次生代谢产物,它以结合态(黄酮苷)或自由态(黄酮苷元)形式存在于水果、蔬菜、豆类和茶叶等许多植物中,对植物的生长发育有着重要的调节作用。查尔酮合成酶(Chalcone synthase,CHS,EC2.3.1.74)是植物类黄酮合成途径的第一个关键酶,在调控类黄酮的生物合成以及类黄酮的成分起着决定作用。本研究基于番茄全基因组测序数据,利用生物信息学方法,鉴定了查尔酮合成酶基因家族成员,分析其内含子-外显子的结构特征、系统发育关系,序列结构的保守性以及染色体上的分布。研究表明:查尔酮合成酶(SlCHS)是含有8个成员的多家族基因,蛋白质序列编码位于160(SlCHS05)～438(SlCHS08)个氨基酸之间;相似性在33.7%(SlCHS02和SlCHS06)～92.0%(SlCHS04和SlCHS07)之间,表明这些序列之间具有较高的遗传多样性;此外,结构分析发现这些基因均含有较少的内含子(0～2个);序列比对表明这些基因具有较高的保守性;它们不均匀分布在番茄的1、5、6、9和12号染色体上。该研究不仅有助于未来了解该基因家族的进化起源提供参考,而且可为我们进一步分析该基因家族成员的功能奠定基础。
- 阮美颖万红建叶青静王荣青姚祝平周国治俞锞袁伟刘云飞杨悦俭
- 关键词：番茄查尔酮合成酶生物信息学
- 类胡萝卜素及其在番茄果实生长发育中的变化被引量：3
- 2012年
- 综述植物中类胡萝卜素的生理作用、理化特性和合成途径,以及番茄果实中类胡萝卜素的研究进展。
- 刘云飞万红建袁伟俞锞杨悦俭
- 关键词：类胡萝卜素Β-胡萝卜素番茄果实发育基因工程
- 番茄WRKY转录因子in silico鉴定及表达分析被引量：6
- 2013年
- WRKY蛋白是植物中最大的转录因子家族之一,对植物的生长发育具有重要调控作用。本研究利用番茄全基因组测序结果鉴定了WRKY基因,分析了其系统发育关系,内含子-外显子结构,染色体上的分布及其表达方式。研究表明:番茄中存在81个WRKY转录因子,分为三类(Ⅰ,Ⅱ和Ⅲ),第Ⅰ和Ⅱ类分别细分为2和5个亚类,这些基因不均匀分布在番茄的11条染色体上;基因结构分析表明番茄WRKY转录因子进化过程中可能发生内含子的缺失/获得事件;不同芯片表达分析表明WRKY基因不仅参与了番茄根、子叶和真叶等不同组织类型的生长发育,而且还参与了一些生物胁迫(盐)和非生物胁迫(真菌激活子)的反应。
- 万红建俞锞袁伟刘云飞叶青静王荣青阮美颖姚祝平杨悦俭
- 关键词：番茄WRKY转录因子生物信息学
- 番茄抗黄化曲叶病毒病基因的AFLP分子标记被引量：3
- 2010年
- 用番茄抗黄化曲叶病毒病品系‘T0727’与高感黄化曲叶病毒病品系‘T9179’配制杂交组合,接种鉴定其F1代及F2代分离群体的黄化曲叶病毒病发生情况。用64对EcoRⅠ/MseⅠ引物组合对‘T0727’、‘T9179’两个亲本及其F1代和F2代抗病和感病基因池进行AFLP分析,共扩增出4 023条可分辨的条带,其中3条为稳定的差异。用‘T0727’和‘T9179’杂交产生的F2代分离群体对3个特异条带与目的基因的遗传连锁性进行分析,发现特异条带E-ACC/M-CAG与抗黄化曲叶病毒病基因紧密连锁,二者之间的遗传距离为9.5 cM。将E-ACC/M-CAG片段回收、克隆和测序,成功地将其转化为SCAR标记,暂定名为Afty-196,可以用于对番茄黄化曲叶病毒病基因的标记辅助选择。
- 姚金晓杨悦俭叶青静王荣青阮美颖周国治姚祝平
- 关键词：番茄番茄黄化曲叶病毒病AFLPSCAR
- 番茄SBP基因家族的全基因组鉴定、结构特征及表达分析被引量：10
- 2013年
- SBP基因家族是植物中一类特有的转录因子家族,广泛参与植物的生长发育以及各种生理生化反应的信号传导。为了揭示番茄SBP基因家族的功能,本研究利用全基因组信息鉴定番茄SBP转录因子家族,分析其结构特征,系统发育关系以及表达模式。结果表明,番茄全基因组共编码17个SBP转录因子成员,分布在8条染色体上;系统发育关系表明SBP基因家族的结构特征变异发生在番茄、拟南芥和水稻分化之前;且它们在番茄、拟南芥和水稻中按照物种特异性的方式进行了扩张。不同芯片分析发现,SlSBP03基因在番茄叶片、子叶和下胚轴中表达量较高,SlSBP13基因果肉中表达量较高,这两个基因在果皮和根中表达量都较低;在大多数非生物胁迫处理条件下,SlSBP11、SlSBP13和SlSBP16的表达量均较低;而SlSBP01基因在干旱和热处理条件下有较高的表达量。
- 万红建袁伟俞锞刘云飞李志邈叶青静王荣青阮美颖周国治姚祝平杨悦俭
- 关键词：番茄生物信息学水稻拟南芥
- 菊分支NCED酶分子特征及进化分析被引量：2
- 2015年
- 为探究9-顺式-环氧类胡萝卜素双加氧酶（NCED）基因家族进化特性,本文利用生物信息学方法,对菊分支类群已完成测序的植物（包括番茄、马铃薯、烟草、甜菜、猴面花）基于全基因组进行NCED基因家族鉴定,并对其蛋白序列特征,保守基序,次级结构以及系统发育关系进行分析。结果表明,NCED酶是由小基因家族编码的酶,其成员为2~4个。蛋白质氨基酸大小在505~652aa之间,分子质量为56.23~71.42 k Da,除Sl NCED6外,其余各蛋白的等电点均表现为酸性,保守基序分析发现各成员均包含10个保守基序,其长度在29~50之间。此外,NCEDs蛋白结构分析显示,一级结构氨基酸序列N端保守性较低,而次级结构均表现为高度保守。系统发育关系发现,来自番茄的Sl NCED5、Sl NCED6与来自马铃薯的St NCED5、St NCED6分别为直系同源蛋白,这与生物学上的亲缘关系一致。
- 韦艳萍刘云飞许桂梅万红建李志邈叶青静王荣青阮美颖姚祝平周国治杨悦俭
- 关键词：生物信息学进化
- cDNA-AFLP技术在番茄及其黄化曲叶病毒互作中的应用被引量：3
- 2013年
- cDNA-AFLP技术是研究基因差异表达的有利工具,广泛用于植物抗病,抗逆和生长发育等研究领域。番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)是番茄生产上最严重的病害,为了研究番茄抗TYLCV机理,本研究利用cDNA-AFLP技术分析番茄抗黄化曲叶病毒病相关基因的差异表达,选用64对引物扩增筛选出287条转录差异片段,其中156条上调表达,131条下调表达。表明cDNA-AFLP技术对于揭示番茄与TYLCV互作机理是一种有效的方法;同时获得的差异片段也可用于番茄抗TYLCV相关基因的克隆,为未来鉴定这些基因的功能奠定基础。
- 袁伟万红建刘云飞俞锞杨悦俭
- 关键词：番茄黄化曲叶病毒CDNA-AFLP
