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基于模块性的检测簇结构的图聚类算法研究被引量：2: 2016年; 从大规模的复杂网络中挖掘重要的簇结构已经成为当今研究的热点之一.对复杂网络中基于密度和模块性的图聚类算法中的边权重定义、种子选择与扩展等问题进行了研究,提出一种检测复杂网络中稠密簇结构的局部模块性图聚类算法LM C.算法首先对网络中的边权重和子图的模块性进行定义,然后选择权重最大的边作为聚类"种子边",最后对种子边进行扩展进而得到新簇.采用计算机构造数据和蛋白质作用网络数据对基于局部模块性的图聚类算法LMC进行实验.结果表明,算法LMC相较于其它聚类算法在检测复杂网络中相对稠密的簇结构的性能较好.; 郑文萍王丹王杰; 关键词：复杂网络模块性

广义Petersen图的最小点覆盖集被引量：1: 2014年; 点覆盖问题是一个著名的NP完全问题.本文对广义Petersen图P(n,2)的精确最小点覆盖数进行研究,讨论并证明了广义Petersen图P(n,2)的最小点覆盖数,给出了最小点覆盖集的构造方法.; 郑文萍郭炳杨贵; 关键词：广义PETERSEN图

一种面向蛋白质复合体检测的图聚类方法被引量：14: 2015年; 蛋白质互作用(protein-protein interaction,PPI)网络是广泛存在的一类复杂生物网络,其网络拓扑特征与功能模块分析密切相关.图聚类是对复杂网络进行分析和处理的一种重要计算方法.传统的PPI网络中蛋白质复合体检测算法通常对网络图中的对象进行硬划分,而寻找网络中的重叠簇的软聚类算法已成为当前研究热点之一.现有的软聚类算法较少关注寻找网络中具有重要生物意义的小规模非稠密簇.对此,基于网络中结点邻域给出了边关联强度的度量方法,并在此基础上提出了一种基于流模拟的PPI网络中复合体检测的图聚类(flow-simulation graph clustering,F-GCL)算法,该算法可以在快速发现PPI网络中的重叠簇的同时找到小规模非稠密簇;同时,与MCODE(molecular complex detection),MCL(Markov clustering),RNSC(restricted neighborhood search clustering)和CPM(clique percolation method)算法在6个酿酒酵母PPI网络上进行比较,该算法在F-measure,Accuracy,Separation方面表现了较好的性能.; 王杰梁吉业郑文萍; 关键词：软聚类蛋白质复合体

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山西省自然科学基金(2011011016-1)