广州市医药卫生科技项目(2007-ZDi-03)
- 作品数：6 被引量：33H指数：4
- 相关作者：陈伟烈唐小平魏绍静唐漾波卓丽更多>>
- 相关机构：广州市第八人民医院广州医学院更多>>
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- 相关领域：医药卫生更多>>
- 实时荧光PCR技术在丙型肝炎病毒基因型检测中的应用被引量：5
- 2011年
- 目的探讨实时荧光PCR技术在丙型肝炎病毒(HCV)基因型检测中的应用价值。方法采用一步法逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)结合TaqMan技术,对HCV基因型进行实时荧光PCR检测;巢式RT-PCR扩增HCV的NS5B基因区域,测序后进行HCV基因亚型分析并与实时荧光PCR分型结果进行比较。结果实时荧光PCR共分型119例,1型71例(59.7%),非1型48例(40.3%)其中110例成功进行测序分型;测序分型的110例中,1型73例(均为1b型),占66.4%,非1型37例(其中2a型7例、3a型6例、3b型3例、4a型1例、4k型1例、5a型1例、6a型17例、6n型1例),占33.6%。与110例测序分型的结果比较,实时荧光PCR分型总的符合率为71.8%(79/110),其中1型的符合率为80.9%(55/68),非1型的符合率为57.1%(24/42)。结论实时荧光PCR进行HCV基因型检测操作简便、快速,但分型结果特异性不高。
- 袁小珍陈伟烈魏绍静唐漾波
- 关键词：实时荧光PCR基因测序丙型肝炎病毒基因型
- 广东省HIV/HCV共感染者及单纯HIV感染者HIV-1基因亚型分析被引量：7
- 2013年
- 目的了解广东地区HIV/HCV共感染患者和单纯HIV感染患者的感染途径及HIV-1病毒基因亚型分布特征,为艾滋病的治疗与预防提供实验室数据。方法采用巢式RT-PCR对广东地区51例HIV/HCV共感染患者和48例单纯HIV感染患者HIV-1 ENV基因c2v3区域及GAG基因p17区域进行扩增,PCR产物测序后所获得序列进行HIV-1病毒基因亚型分析。结果 HIV/HCV共感染患者主要感染途径为静脉注射毒品,约占82%,其HIV-1有4种基因亚型,不同亚型以及比例分别为CRF01_AE(54.9%)、CRF07_BC(33.3%)、CRF08_BC(4%)和B'型(7.8%),CRF01_AE亚型为经静脉注射毒品感染的HIV/HCV共感染患者的主要HIV-1基因亚型,约占54.7%;单纯HIV感染患者主要感染途径为性,约占77%,其HIV-1有5种基因亚型,不同亚型及比例分别为CRF01_AE(77.1%)、CRF07_BC(10.4%)、CRF08_BC(6.2%)、B'型(4.2%)和B型(2.1%),CRF01_AE亚型为经性途径感染的单纯HIV感染患者的主要HIV-1基因亚型,约占78.4%。结论广东省HIV/HCV共感染患者和单纯HIV感染患者中流行的HIV-1病毒基因亚型呈现多样性,尽管HIV/HCV共感染患者的主要感染途径与单纯HIV感染患者的不同,但HIV-1病毒主要基因亚型相同。
- 袁小珍陈伟烈卓丽
- 关键词：人免疫缺陷病毒1型共感染基因亚型
- 广东省单纯丙型肝炎病毒及其与人类免疫缺陷病毒共感染者丙型肝炎病毒的基因亚型分析被引量：13
- 2011年
- 目的了解广东省人类免疫缺陷病毒（HIV）／HCV共感染者与单纯HCV感染者的感染途径、HCV的基因亚型分布及其遗传特征，为丙型肝炎病毒感染的治疗与预防提供依据。方法采用巢式逆转录-聚合酶链反应扩增广东省95例HIV／HCV共感染者及99例单纯HCV感染者HCVNS5B基因区域，扩增产物测序后进行HCV基因亚型分析，遗传分析利用MEGA4软件。不同种基因亚型型内基因距离以碱基置换率表示。结果HIV／HCV共感染者HCV有5种基因亚型，其中6a型占53．7％（51／95）、3a型占17．9％（17／95）、1b型占15．8％（15／95）、3b型占11．6％（11／95）、1a型占1．0％（1／95）；1b亚型内基因距离为6．30％±1．27％，高于其他基因亚型。HIV／HCV共感染者主要通过静脉注射毒品感染（75／95，78．9％），其基因亚型主要为6a型，占60．0％（45／75）。单纯HCV感染者HCV有7种基因亚型，其中1b型占67．7％（67／99）、6a型占17．2％（17／99）、3a型占6．1％（6／99）、2a型占5．0％（5／99）、3b型占2．0％（2／99）、4a型占1．0％（1／99）、5a型占1．0％（1／99）；1b亚型内基因距离为5．17％±1．03％，高于其他基因亚型。单纯HCV感染者主要通过输血或血液制品感染（80／99，80．8％），其HCV基因亚型主要为1b型，占76．2％（61／80）。结论广东地区HIV／HCV共感染者及单纯HCV感染者HCV基因亚型呈现多样性，HIV／HCV共感染者与单纯HCV感染者主要感染途径不同，HCV主要基因亚型也不同。
- 陈伟烈聂静敏蔡卫平袁小珍胡凤玉魏绍静唐漾波张复春唐小平
- 关键词：人免疫缺陷病毒共感染基因亚型
- 长期不进展人类免疫缺陷病毒-1感染者准种膜蛋白V3环氨基酸特点分析被引量：1
- 2010年
- 目的 了解长期不进展HIV-1感染者HIV-1准种膜蛋白V3环氨基酸序列特征及变异特点.方法 应用终点有限稀释套式PCR方法,对5例长期不进展HIV-1感染者不同时间点单个HIV-1前病毒env基因c2-v3-c3区域进行扩增和序列测定,用序列确证分析技术分析env基因区V3环氨基酸序列特征.结果 5例患者不同随访时间点获得的准种序列中,V3环35个氨基酸中出现多样性的位点分别有1～10个不等,同一患者不同随访时间点准种优势株序列完全一致或仅有1～2个位点不同;4例患者V3环顶端四肽为GPGR,1例患者为GPGK,同一患者不同随访时间点V3环顶端四肽一致;根据V3环11和25位氨基酸及V3环的电荷推测HIV-1辅助受体均为趋化因子受体（CCR）5.结论 长期不进展HIV-1感染者V3环序列存在不同程度变异,顶端四肽稳定性高,感染的HIV-1毒株可能为非合胞体诱导型毒株.
- 陈伟烈唐小平唐漾波魏绍静
- 关键词：HIV-1病毒包膜蛋白质类氨基酸类
- 广东省艾滋病患者HIV-1基因亚型分析被引量：9
- 2011年
- 目的 了解目前广东省HIV/AIDS患者HIV-1基因型的流行状况.方法 用套式PCR对222例HIV/AIDS患者外周血单核细胞（PBMC）中HIV前病毒DNA膜蛋白env基因C2-V4区及其邻近区域片段进行扩增,并对片段进行序列测定,与国际HIV-1标准毒株序列进行比较,依据同源性确定基因型.结果 222例患者中,111例PCR扩增阳性并得到相应的序列,66例（59-46%）为CRF01-AE重组亚型,18例（16.22%）为BC型,18例（16.22%）为B亚型,9例（8.11%）为C亚型.不同性别、不同年龄组、不同感染来源的HIV-1感染均以CRF01-AE为主（均为50%以上）.对抗逆转录病毒治疗12个月临床有效的57例患者,CD4＋T细胞计数的变化在各基因型分组及各治疗方案分组间的差异无统计学意义（F=95.72、85.61,P＞0.05）.结论 广东省HIV/AIDS患者中,目前流行的HIV-1毒株以CRF01-AE亚型为主,同时有BC（包括CRF07-BC、08-BC重组亚型）及B、C亚型存在,基因型分布与性别、年龄无明显相关性,基因型与抗逆转录病毒治疗方案的选择、疗效均无相关性.
- 卓丽唐小平陈伟烈邓西龙
- 关键词：HIV-1艾滋病基因型
- 检测HIV-1准种的终点有限稀释PCR技术的建立被引量：1
- 2009年
- 目的建立1种基于实时PCR的检测HIV-1准种的终点有限稀释PCR技术并评价其应用价值。方法采用基于第2轮实时和常规PCR的多重有限稀释巢式PCR、终点PCR及测序等技术对3例低病毒载量HIV-1感染者不同时间点PBMC中的HIV-1前病毒准种ew基因e2-v3-c3区域和gag基因p17区域进行扩增和序列测定；序列经确证后进行系统进化树分析并对氨基酸序列进行比对；用QUALITY程序计算HIV-1DNA拷贝数。结果3例患者所有随访时间点标本共进行1207个巢式实时PCR，从第二轮常规巢式PCR共获得65条c2-v3-c3准种序列、101条p17准种序列；HIV-1前病毒水平介于1．34～53．76拷贝／10。个PBMC之间。c2-v3-c3及p17核苷酸序列系统进化树分析表明，不同患者的序列分开、同一患者的序列特异聚集在一起。氨基酸序列比对分析表明，HIV-1感染早期患者体内HIV-1准种序列比较单一，随着感染时间的增加，HIV-1准种趋于复杂化。结论本研究建立的独特终点有限稀释PCR技术检测HIV-1准种灵敏度高、特异性好、高通量，可用于低水平病毒载量HIV-1感染者HIV-1准种研究。
- 陈伟烈唐小平唐漾波魏绍静
- 关键词：HIV-1聚合酶链反应
